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万見
- EMDB-37256: Tomato spotted wilt virus L protein (apo state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37256
タイトルTomato spotted wilt virus L protein (apo state)
マップデータ
試料
  • 複合体: Tomato spotted wilt virus Lprotein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
キーワードTomato spotted wilt virus / L protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, tospovirus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Cao L / Wang X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein.
著者: Cao L / Wang X
履歴
登録2023年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37256.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37256.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.037838247 - 0.07116922
平均 (標準偏差)-0.0000011950425 (±0.0016292034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 374.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37256_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37256_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tomato spotted wilt virus Lprotein

全体名称: Tomato spotted wilt virus Lprotein
要素
  • 複合体: Tomato spotted wilt virus Lprotein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L

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超分子 #1: Tomato spotted wilt virus Lprotein

超分子名称: Tomato spotted wilt virus Lprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
分子量理論値: 204.394062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVFFSHWTSK YKERNPTEIA YSEDIERIID SLVTDEITKE EIIHFLFGNF CFHIETMNDQ HIADKFKGYQ SSCINLKIEP KVDLADLKD HLIQKQQIWE SLYGKHLEKI MLRIREKKKK EKEIPDITTA FNQNAAEYEE KYPNCFTNDL SETKTNFSMT W SPSFEKIE ...文字列:
DVFFSHWTSK YKERNPTEIA YSEDIERIID SLVTDEITKE EIIHFLFGNF CFHIETMNDQ HIADKFKGYQ SSCINLKIEP KVDLADLKD HLIQKQQIWE SLYGKHLEKI MLRIREKKKK EKEIPDITTA FNQNAAEYEE KYPNCFTNDL SETKTNFSMT W SPSFEKIE LSSEVDYNNA IINKFRESFK SSSRVIYNSP YSCINNQTNK ARDITNLVRL CLTELSCDTT KMEKQELEDE ID INTGSIK VERTKKSKEW NKQGSCLTRN KNEFCMKETG RENKTIYFKG LAVMNIGMSS KKRILKKEEI KERISKGLEY DTS ERQADP NDDYSSIDMS SLTHMKKLIR HDNEDSLSWC ERIKDSLFVL HNGDIREEGK ITSVYNNYAK NPECLYIQDS VLKT ELETC KKINKLCNDL AIYHYSEDMM QFSKGLMVAD RYMTKESFKI LTTANTSMML LAFKGDGMNT GGSGVPYIAL HIVDE DMSD QFNICYTKEI YSYFRNGSNY IYIMRPQRLN QVRLLSLFKT PSKVPVCFAQ FSKKANEMEK WLKNKDIEKV NVFSMT MTV KQILINIVFS SVMIGTVTKL SRMGIFDFMR YAGFLPLSDY SNIKEYIRDK FDPDITNVAD IYFVNGIKKL LFRMEDL NL STNAKPVVVD HENDIIGGIT DLNIKCPITG STLLTLEDLY NNVYLAIYMM PKSLHNHVHN LTSLLNVPAE WELKFRKE L GFNIFEDIYP KKAMFDDKDL FSINGALNVK ALSDYYLGNI ENVGLMRSEI ENKEDFLSPC YKISTLKSSK KCSQSNIIS TDEIIECLQN AKIQDIENWK GNNLAIIKGL IRTYNEEKNR LVEFFEDNCV NSLYLVEKLK EIINSGSITV GKSVTSKFIR NNHPLTVET YLKTKLYYRN NVTVLKSKKV SEELYDLVKQ FHNMMEIDLD SVMNLGKGTE GKKHTFLQML EFVMSKAKNV T GSVDFLVS VFEKMQRTKT DREIYLMSMK VKMMLYFIEH TFKHVAQSDP SEAISISGDN KIRALSTLSL DTITSYNDIL NK NSKKSRL AFLSADQSKW SASDLTYKYV LAIILNPILT TGEASLMIEC ILMYVKLKKV CIPTDIFLNL RKAQGTFGQN ETA IGLLTK GLTTNTYPVS MNWLQGNLNY LSSVYHSCAM KAYHKTLECY KDCDFQTRWI VHSDDNATSL IASGEVDKML TDFS SSSLP EMLFRSIEAH FKSFCITLNP KKSYASSSEV EFISERIVNG AIIPLYCRHL ANCCTESSHI SYFDDLMSLS IHVTM LLRK GCPNEVIPFA YGAVQVQALS IYSMLPGEVN DSIRIFKKLG VSLKSNEIPT NMGGWLTSPI EPLSILGPSS NDQIIY YNV IRDFLNKKSL EEVKDSVSSS SYLQMRFREL KGKYEKGTLE EKDKKMIFLI NLFEKASVSE DSDVLTIGMK FQTMLTQ II KLPNFINENA LNKMSSYKDF SKLYPNLKKN EDLYKSTKNL KIDEDAILEE DELYEKIASS LEMESVHDIM IKNPETIL I APLNDRDFLL SQLFMYTSPS KRNQLSNQST EKLALDRVLR SKARTFVDIS STVKMTYEEN MEKKILEMLK FDLDSYCSF KTCVNLVIKD VNFSMLIPIL DSAYPCESRK RDNYNFRWFQ TEKWIPVVEG SPGLVVMHAV YGSNYIENLG LKNIPLTDDS INVLTSTFG TGLIMEDVKS LVKGKDSFET EAFSNSNECQ RLVKACNYMI AAQNRLLAIN TCFTRKSFPF YSKFNLGRGF I SNTLALLS TIYSKEES

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 359068
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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