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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3718 | |||||||||
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タイトル | 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase AroY from Enterobacter cloacae in the apo state | |||||||||
マップデータ | Single-particle cryo-EM map of the 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase AroY from Enterobacter cloacae in the apo state. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Enterobacter cloacae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Baerland N / Kaltwasser S / Vonck J / Pavkov-Keller T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2017 タイトル: Regioselective para-Carboxylation of Catechols with a Prenylated Flavin Dependent Decarboxylase. 著者: Stefan E Payer / Stephen A Marshall / Natalie Bärland / Xiang Sheng / Tamara Reiter / Andela Dordic / Georg Steinkellner / Christiane Wuensch / Susann Kaltwasser / Karl Fisher / Stephen E J ...著者: Stefan E Payer / Stephen A Marshall / Natalie Bärland / Xiang Sheng / Tamara Reiter / Andela Dordic / Georg Steinkellner / Christiane Wuensch / Susann Kaltwasser / Karl Fisher / Stephen E J Rigby / Peter Macheroux / Janet Vonck / Karl Gruber / Kurt Faber / Fahmi Himo / David Leys / Tea Pavkov-Keller / Silvia M Glueck / 要旨: The utilization of CO as a carbon source for organic synthesis meets the urgent demand for more sustainability in the production of chemicals. Herein, we report on the enzyme-catalyzed para- ...The utilization of CO as a carbon source for organic synthesis meets the urgent demand for more sustainability in the production of chemicals. Herein, we report on the enzyme-catalyzed para-carboxylation of catechols, employing 3,4-dihydroxybenzoic acid decarboxylases (AroY) that belong to the UbiD enzyme family. Crystal structures and accompanying solution data confirmed that AroY utilizes the recently discovered prenylated FMN (prFMN) cofactor, and requires oxidative maturation to form the catalytically competent prFMN species. This study reports on the in vitro reconstitution and activation of a prFMN-dependent enzyme that is capable of directly carboxylating aromatic catechol substrates under ambient conditions. A reaction mechanism for the reversible decarboxylation involving an intermediate with a single covalent bond between a quinoid adduct and cofactor is proposed, which is distinct from the mechanism of prFMN-associated 1,3-dipolar cycloadditions in related enzymes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3718.map.gz | 39.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3718-v30.xml emd-3718.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3718_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3718.png | 203.9 KB | ||
その他 | emd_3718_half_map_1.map.gz emd_3718_half_map_2.map.gz | 33 MB 33 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3718 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3718_validation.pdf.gz | 470.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3718_full_validation.pdf.gz | 469.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3718_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3718 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single-particle cryo-EM map of the 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase AroY from Enterobacter cloacae in the apo state. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half-map2 of 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase AroY
ファイル | emd_3718_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map2 of 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase AroY | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map1 of 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase AroY
ファイル | emd_3718_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map1 of 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase AroY | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase
全体 | 名称: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase |
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要素 |
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-超分子 #1: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase
超分子 | 名称: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacter cloacae (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 320 KDa |
-分子 #1: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase
分子 | 名称: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MQNPINDLRS AIALLQRHPG HYIETDHPVD PNAELAGVYR HIGAGGTVKR PTRTGPAMMF NSVKGYPGS RILVGMHASR ERAALLLGCV PSKLAQHVGQ AVKNPVAPVV VPASQAPCQE Q VFYADDPD FDLRKLLPAP TNTPIDAGPF FCLGLVLASD PEDTSLTDVT ...文字列: MQNPINDLRS AIALLQRHPG HYIETDHPVD PNAELAGVYR HIGAGGTVKR PTRTGPAMMF NSVKGYPGS RILVGMHASR ERAALLLGCV PSKLAQHVGQ AVKNPVAPVV VPASQAPCQE Q VFYADDPD FDLRKLLPAP TNTPIDAGPF FCLGLVLASD PEDTSLTDVT IHRLCVQERD EL SMFLAAG RHIEVFRKKA EAAGKPLPVT INMGLDPAIY IGACFEAPTT PFGYNELGVA GAL RQQPVE LVQGVAVKEK AIARAEIIIE GELLPGVRVR EDQHTNTGHA MPEFPGYCGE ANPS LPVIK VKAVTMRNHA ILQTLVGPGE EHTTLAGLPT EASIRNAVEE AIPGFLQNVY AHTAG GGKF LGILQVKKRQ PSDEGRQGQA ALIALATYSE LKNIILVDED VDIFDSDDIL WAMTTR MQG DVSITTLPGI RGHQLDPSQS PDYSTSIRGN GISCKTIFDC TVPWALKARF ERAPFME VD PTPWAPELFS DKK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 11 second blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: JEOL in-column filter with a width of 20eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 / 詳細: 40-frame movies in 8 seconds |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 44643 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | The crystal structure of the same molecule was rigid-body fitted in the map. |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |