PDB-5o3m: Crystal structure of apo Klebsiella pneumoniae 3,4-dihydroxybenzo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o3m

タイトル

Crystal structure of apo Klebsiella pneumoniae 3,4-dihydroxybenzoic acid decarboxylase (AroY)

要素

Protocatechuate decarboxylase

キーワード

LYASE / Decarboxylase / prFMN / UbiD

機能・相同性

UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / carboxy-lyase activity / pentane-1,5-diol / Putative carboxylyase-related protein / Protocatechuate decarboxylase

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Marshall, S.A. / Leys, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2017
タイトル: Regioselective para-Carboxylation of Catechols with a Prenylated Flavin Dependent Decarboxylase.
著者: Stefan E Payer / Stephen A Marshall / Natalie Bärland / Xiang Sheng / Tamara Reiter / Andela Dordic / Georg Steinkellner / Christiane Wuensch / Susann Kaltwasser / Karl Fisher / Stephen E J ...
要旨: The utilization of CO as a carbon source for organic synthesis meets the urgent demand for more sustainability in the production of chemicals. Herein, we report on the enzyme-catalyzed para- ...

履歴

登録	2017年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o3m.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o3m.ent.gz	942.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o3m_validation.pdf.gz	509.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o3m_full_validation.pdf.gz	546.1 KB	表示
XML形式データ	5o3m_validation.xml.gz	113.1 KB	表示
CIF形式データ	5o3m_validation.cif.gz	159.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/5o3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/5o3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3718C 5ny5C 5o3nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o3n-1 5ny5-1 4c56-d 6h6v-d 20301 5m1d-1 5m1c-1 5vjq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protocatechuate decarboxylase

B: Protocatechuate decarboxylase

C: Protocatechuate decarboxylase

D: Protocatechuate decarboxylase

E: Protocatechuate decarboxylase

F: Protocatechuate decarboxylase

ヘテロ分子

338 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.880, 209.700, 116.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protocatechuate decarboxylase / 3 / 4-dihydroxybenzoic acid decarboxylase 分子量: 56239.926 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: aroY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9A9M6, UniProt: A6T7M3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-9JE / pentane-1,5-diol / 1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 104.148 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus II (Molecular Dimensions) H3 40 mM Polyamines (Spermine tetrahydrochloride, Spermidine trihydrochloride, 1,4-Diaminobutane dihydrochloride, DL-Ornithine monohydrochloride) 0.1 M ...詳細: Morpheus II (Molecular Dimensions) H3 40 mM Polyamines (Spermine tetrahydrochloride, Spermidine trihydrochloride, 1,4-Diaminobutane dihydrochloride, DL-Ornithine monohydrochloride) 0.1 M Buffer system 4 (MOPSO/Bis-Tris) 50% precipitant mix 7 (20% w/v PEG 8000, 40% w/v 1,5-Pentanediol)

結晶

マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.28 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus II (Molecular Dimensions) H3 40 mM Polyamines (Spermine tetrahydrochloride, Spermidine trihydrochloride, 1,4-Diaminobutane dihydrochloride, DL-Ornithine monohydrochloride) 0.1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→38.08 Å / Num. obs: 180400 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.1145 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.8952 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique all: 17981 / CC_1/2: 0.566 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2689)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.23→38.08 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	8846	4.91 %
R_work	0.1625	-	-
obs	0.1647	180312	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→38.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22261	0	70	1246	23577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	22844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.836	31115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.557	13854
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	3521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.2553	0.3565	294	0.2837	5691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2553-2.2819	0.3072	298	0.2605	5704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2819-2.3097	0.3315	302	0.2588	5686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3097-2.3389	0.3072	295	0.2512	5709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3389-2.3697	0.2927	319	0.2467	5685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3697-2.4022	0.3003	295	0.2367	5730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4022-2.4365	0.2765	336	0.23	5609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4365-2.4728	0.3278	314	0.2258	5748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4728-2.5115	0.2782	268	0.2189	5700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5115-2.5526	0.2568	291	0.2053	5745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5526-2.5966	0.2578	280	0.1924	5695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5966-2.6439	0.2483	275	0.1871	5779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6439-2.6947	0.2459	310	0.1784	5643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6947-2.7497	0.2358	299	0.1789	5714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7497-2.8095	0.2233	291	0.1728	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8095-2.8748	0.2447	296	0.1742	5707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8748-2.9467	0.2301	299	0.1685	5678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9467-3.0263	0.2455	263	0.1718	5776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0263-3.1153	0.2156	309	0.1718	5689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1153-3.2158	0.2403	349	0.1657	5687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2158-3.3307	0.2244	289	0.1753	5740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3307-3.464	0.2238	298	0.1692	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.464-3.6215	0.2037	288	0.1673	5747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6215-3.8123	0.1867	305	0.1592	5709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8123-4.0509	0.1845	299	0.1455	5721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0509-4.3633	0.1652	268	0.126	5768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3633-4.8017	0.1285	270	0.1104	5782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8017-5.4949	0.1591	292	0.1202	5747	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4949-6.9167	0.1709	299	0.1309	5729	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9167-39.0231	0.1293	255	0.1221	5719	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0154	-0.9054	-0.5771	2.0318	-0.0696	1.0023	-0.0894	0.205	-0.4008	0.0171	0.0811	-0.2485	0.0908	0.1262	-0.0053	0.2258	-0.0237	-0.0057	0.4179	-0.094	0.3688	25.3785	-16.8407	-7.1333
2	1.4628	-0.3346	-0.5693	0.946	-0.0634	1.5733	-0.0251	0.3343	-0.1129	-0.1215	0.0096	-0.0298	0.0221	-0.0061	0.0257	0.1765	-0.0175	-0.0168	0.2916	-0.0505	0.2145	-5.389	-11.8718	-2.7746
3	1.2852	-0.1059	0.3931	1.6821	0.9909	3.0116	0.0101	0.2799	0.285	-0.5304	-0.2639	0.3631	-1.2205	-0.8167	0.216	0.7517	0.3149	-0.1055	0.7486	0.0344	0.3787	-19.648	16.9499	-22.4201
4	1.3383	-0.1188	-0.3908	1.041	-0.023	1.5516	0.0444	0.1921	0.0535	-0.1101	-0.0092	-0.1192	-0.1585	0.0641	-0.0342	0.2401	-0.0184	-0.0114	0.2746	0.0093	0.226	-2.804	6.999	2.637
5	1.0283	-0.2679	-0.3669	1.4546	0.8155	1.6909	-0.076	0.0784	-0.4375	0.2446	-0.124	0.3567	0.466	-0.1682	0.1901	0.5539	-0.0292	0.1578	0.2581	-0.0755	0.621	-20.2058	-52.3653	8.1513
6	1.3975	-0.362	-0.0549	1.604	0.0661	1.2061	-0.1557	-0.1117	-0.3433	0.2848	0.0876	-0.0293	0.369	0.1529	0.0744	0.3164	0.0672	0.0375	0.2165	0.0096	0.3046	-5.3481	-28.0593	22.3317
7	2.4462	0.2789	-0.6045	1.239	-0.3303	1.6605	-0.0571	-0.0576	-0.0339	-0.0464	0.0573	0.0506	0.0583	-0.2838	0.0028	0.2163	0.0505	-0.0326	0.2754	-0.0122	0.2078	-51.9772	5.4895	45.3948
8	1.3986	0.1356	-0.2522	0.7955	0.2029	1.0262	-0.0424	-0.1738	0.0453	0.1279	0.0397	0.0206	-0.1016	0.0541	0.0086	0.2502	0.0405	-0.0197	0.2364	0.006	0.2141	-20.9254	5.3087	38.6539
9	1.3145	0.2238	-0.1574	1.1761	-0.4713	1.7462	0.0429	-0.0387	0.5319	0.0544	-0.0773	-0.1144	-0.4554	0.0632	0.0291	0.4142	-0.0096	0.022	0.218	-0.0242	0.468	-5.9784	39.3842	31.5003
10	1.6647	-0.0157	-0.4775	0.9439	0.2181	0.9167	0.068	0.1752	0.1861	-0.0218	0.0053	0.0999	-0.1886	-0.1272	-0.0843	0.2553	0.0357	-0.024	0.2271	0.0282	0.2314	-23.8557	15.2959	21.8241
11	1.8602	-0.0704	-0.509	1.1513	-0.2654	2.0724	-0.0485	-0.8045	-0.3012	0.9429	0.0492	0.0444	0.1115	0.3624	-0.0053	1.2072	0.2235	0.048	0.7354	0.1605	0.4564	-6.0404	-30.1641	60.7138
12	0.9284	0.0035	-0.1418	1.1786	0.1821	1.5073	-0.1786	-0.0971	-0.3157	0.3113	0.0381	0.1302	0.4496	-0.0389	0.1206	0.3663	0.0381	0.0998	0.2129	0.0182	0.3281	-21.0437	-23.6083	33.7978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:334)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 335:496)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 4:333)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 334:493)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 4:334)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 335:492)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 4:334)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 335:493)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resid 4:333)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain E and resid 334:494)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain F and resid 5:326)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain F and resid 327:492)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)