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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3601 | |||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of the conjugative relaxes TraI of the F/R1 plasmid system | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Relaxase / Cryo EM / Helicase / translocase / Transferase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / DNA helicase activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zanetti G / Ilangovan A / Waksman G | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM Structure of a Relaxase Reveals the Molecular Basis of DNA Unwinding during Bacterial Conjugation. 著者: Aravindan Ilangovan / Christopher W M Kay / Sandro Roier / Hassane El Mkami / Enrico Salvadori / Ellen L Zechner / Giulia Zanetti / Gabriel Waksman / 要旨: Relaxases play essential roles in conjugation, the main process by which bacteria exchange genetic material, notably antibiotic resistance genes. They are bifunctional enzymes containing a trans- ...Relaxases play essential roles in conjugation, the main process by which bacteria exchange genetic material, notably antibiotic resistance genes. They are bifunctional enzymes containing a trans-esterase activity, which is responsible for nicking the DNA strand to be transferred and for covalent attachment to the resulting 5'-phosphate end, and a helicase activity, which is responsible for unwinding the DNA while it is being transported to a recipient cell. Here we show that these two activities are carried out by two conformers that can both load simultaneously on the origin of transfer DNA. We solve the structure of one of these conformers by cryo electron microscopy to near-atomic resolution, elucidating the molecular basis of helicase function by relaxases and revealing insights into the mechanistic events taking place in the cell prior to substrate transport during conjugation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3601.map.gz | 25.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3601-v30.xml emd-3601.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3601_fsc.xml | 6.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3601.png | 155.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3601.cif.gz | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3601 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3601 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3601_validation.pdf.gz | 190.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3601_full_validation.pdf.gz | 189.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3601_validation.xml.gz | 502 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_3601_validation.cif.gz | 371 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3601 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3601 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TraI-22mer complex
全体 | 名称: TraI-22mer complex |
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要素 |
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-超分子 #1: TraI-22mer complex
超分子 | 名称: TraI-22mer complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 193 KDa |
-超分子 #2: TraI protein
超分子 | 名称: TraI protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: 22-mer DNA/RNA hybrid
超分子 | 名称: 22-mer DNA/RNA hybrid / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: DNA helicase I
分子 | 名称: DNA helicase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 191.996734 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMSIAQVRSA GSAGNYYTDK DNYYVLGSMG ERWAGKGAEQ LGLQGSVDKD VFTRLLEGRL PDGADLSRMQ DGSNKHRPGY DLTFSAPKS VSMMAMLGGD KRLIDAHNQA VDFAVRQVEA LASTRVMTDG QSETVLTGNL VMALFNHDTS RDQEPQLHTH A VVANVTQH ...文字列: MMSIAQVRSA GSAGNYYTDK DNYYVLGSMG ERWAGKGAEQ LGLQGSVDKD VFTRLLEGRL PDGADLSRMQ DGSNKHRPGY DLTFSAPKS VSMMAMLGGD KRLIDAHNQA VDFAVRQVEA LASTRVMTDG QSETVLTGNL VMALFNHDTS RDQEPQLHTH A VVANVTQH NGEWKTLSSD KVGKTGFIEN VYANQIAFGR LYREKLKEQV EALGYETEVV GKHGMWEMPG VPVEAFSGRS QA IREAVGE DASLKSRDVA ALDTRKSKQH VDPEIRMAEW MQTLKETGFD IRAYRDAADQ RTEIRTQAPG PASQDGPDVQ QAV TQAIAG LSERKVQFTY TDVLARTVGI LPPENGVIER ARAGIDEAIS REQLIPLDRE KGLFTSGIHV LDELSVRALS RDIM KQNRV TVHPEKSVPR TAGYSDAVSV LAQDRPSLAI VSGQGGAAGQ RERVAELVMM AREQGREVQI IAADRRSQMN LKQDE RLSG ELITGRRQLL EGMAFTPGST VIVDQGEKLS LKETLTLLDG AARHNVQVLI TDSGQRTGTG SALMAMKDAG VNTYRW QGG EQRPATIISE PDRNVRYARL AGDFAASVKA GEESVAQVSG VREQAILTQA IRSELKTQGV LGHPEVTMTA LSPVWLD SR SRYLRDMYRP GMVMEQWNPE TRSHDRYVID RVTAQSHSLT LRDAQGETQV VRISSLDSSW SLFRPEKMPV ADGERLRV T GKIPGLRVSG GDRLQVASVS EDAMTVVVPG RAEPASLPVS DSPFTALKLE NGWVETPGHS VSDSATVFAS VTQMAMDNA TLNGLARSGR DVRLYSSLDE TRTAEKLARH PSFTVVSEQI KARAGETLLE TAISLQKAGL HTPAQQAIHL ALPVLESKNL AFSMVDLLT EAKSFAAEGT GFTELGGEIN AQIKRGDLLY VDVAKGYGTG LLVSRASYEA EKSILRHILE GKEAVTPLME R VPGELMET LTSGQRAATR MILETSDRFT VVQGYAGVGK TTQFRAVMSA VNMLPASERP RVVGLGPTHR AVGEMRSAGV DA QTLASFL HDTQLQQRSG ETPDFSNTLF LLDESSMVGN TEMARAYALI AAGGGRAVAS GDTDQLQAIA PGQSFRLQQT RSA ADVVIM KEIVRQTPEL REAVYSLINR DVERALSGLE SVKPSQVPRL EGAWAPEHSV TEFSHSQEAK LAEAQQKAML KGEA FPDIP MTLYEAIVRD YTGRTPEARE QTLIVTHLNE DRRVLNSMIH DAREKAGELG KEQVMVPVLN TANIRDGELR RLSTW EKNP DALALVDNVY HRIAGISKDD GLITLQDAEG NTRLISPREA VAEGVTLYTP DKIRVGTGDR MRFTKSDRER GYVANS VWT VTAVSGDSVT LSDGQQTRVI RPGQERAEQH IDLAYAITAH GAQGASETFA IALEGTEGNR KLMAGFESAY VALSRMK QH VQVYTDNRQG WTDAINNAVQ KGTAHDVLEP KPDREVMNAQ RLFSTARELR DVAAGRAVLR QAGLAGGDSP ARFIAPGR K YPQPYVALPA FDRNGKSAGI WLNPLTTDDG NGLRGFSGEG RVKGSGDAQF VALQGSRNGE SLLADNMQDG VRIARDNPD SGVVVRIAGE GRPWNPGAIT GGRVWGDIPD NSVQPGAGNG EPVTAEVLAQ RQAEEAIRRE TERRADEIVR KMAENKPDLP DGKTELAVR DIAGQERDRS AISERETALP ESVLRESQRE REAVREVARE NLLQERLQQM ERDMVRDLQK EKTLGGD UniProtKB: DNA helicase I |
-分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 6.647284 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot time 4 sec force 1. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2900 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2 / 詳細: Total exposure 8 sec for a total dose of 50 e- |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 47619 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Please see article for details of model building and refinement |
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精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-5n8o: |