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万見
- EMDB-35211: In situ structure of B-tubule of axonemal doublet microtubules in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35211
タイトルIn situ structure of B-tubule of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
マップデータB-tubule of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
試料
  • 細胞: mouse sperm
キーワードmicrotubules / axoneme / sperm / filament / PROTEIN TRANSPORT
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Zhu Y / Tai LH / Yin GL / Sun F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925026 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: In-cell structural insight into the stability of sperm microtubule doublet.
著者: Linhua Tai / Guoliang Yin / Xiaojun Huang / Fei Sun / Yun Zhu /
要旨: The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. ...The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. However, the intricate molecular architecture of intact sperm DMT remains elusive. Here, by in situ cryo-electron tomography, we solved the in-cell structure of mouse sperm DMT at 4.5-7.5 Å resolutions, and built its model with 36 kinds of MIPs in 48 nm periodicity. We identified multiple copies of Tektin5 that reinforce Tektin bundle, and multiple MIPs with different periodicities that anchor the Tektin bundle to tubulin wall. This architecture contributes to a superior stability of A-tubule than B-tubule of DMT, which was revealed by structural comparison of DMTs from the intact and deformed axonemes. Our work provides an overall molecular picture of intact sperm DMT in 48 nm periodicity that is essential to understand the molecular mechanism of sperm motility as well as the related ciliopathies.
履歴
登録2023年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35211.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-tubule of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.76 Å/pix.
x 256 pix.
= 450.56 Å		1.76 Å/pix.
x 256 pix.
= 450.56 Å		1.76 Å/pix.
x 256 pix.
= 450.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.0049504875 - 0.01148391
平均 (標準偏差)0.0002990387 (±0.0018085211)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 450.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35211_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_35211_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_35211_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse sperm

全体名称: mouse sperm
要素
  • 細胞: mouse sperm

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超分子 #1: mouse sperm

超分子名称: mouse sperm / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 37018
抽出トモグラム数: 689 / 使用した粒子像数: 37018
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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