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- EMDB-3462: negative-stain 3D reconstruction of Sso heterotrimeric holo DNA-PolB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3462
タイトルnegative-stain 3D reconstruction of Sso heterotrimeric holo DNA-PolB1
マップデータFinal map for holo-PolB1* - no masked.Contoured in Chimera at 0.03 threshold. FSC have been calculated for this map at convergence.
試料
  • 複合体: archaeal heterotrimeric DNA polymerase B1 holo-complex
    • タンパク質・ペプチド: Sulfolobus solfataricus DNA polymerase B1 enzime holo-complex
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase Binding Protein 1 - delta CTD
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase Binding Protein 2
    • DNA: DNA fragment
生物種Archaea (unknown)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.2 Å
データ登録者Abrescia NGA / Bell SD
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Identification and characterization of a heterotrimeric archaeal DNA polymerase holoenzyme.
著者: Jiangyu Yan / Thomas R Beattie / Adriana L Rojas / Kelly Schermerhorn / Tamzin Gristwood / Jonathan C Trinidad / Sonja V Albers / Pietro Roversi / Andrew F Gardner / Nicola G A Abrescia / Stephen D Bell /
要旨: Since their initial characterization over 30 years ago, it has been believed that the archaeal B-family DNA polymerases are single-subunit enzymes. This contrasts with the multi-subunit B-family ...Since their initial characterization over 30 years ago, it has been believed that the archaeal B-family DNA polymerases are single-subunit enzymes. This contrasts with the multi-subunit B-family replicative polymerases of eukaryotes. Here we reveal that the highly studied PolB1 from Sulfolobus solfataricus exists as a heterotrimeric complex in cell extracts. Two small subunits, PBP1 and PBP2, associate with distinct surfaces of the larger catalytic subunit and influence the enzymatic properties of the DNA polymerase. Thus, multi-subunit replicative DNA polymerase holoenzymes are present in all three domains of life. We reveal the architecture of the assembly by a combination of cross-linking coupled with mass spectrometry, X-ray crystallography and single-particle electron microscopy. The small subunits stabilize the holoenzyme assembly and the acidic tail of one small subunit mitigates the ability of the enzyme to perform strand-displacement synthesis, with important implications for lagging strand DNA synthesis.
履歴
登録2016年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月7日-
マップ公開2017年5月17日-
更新2017年9月20日-
現状2017年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3462.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map for holo-PolB1* - no masked.Contoured in Chimera at 0.03 threshold. FSC have been calculated for this map at convergence.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 128 pix.
= 212.48 Å		1.66 Å/pix.
x 128 pix.
= 212.48 Å		1.66 Å/pix.
x 128 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.047942128 - 0.09896218
平均 (標準偏差)0.0005669667 (±0.008588606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.480212.480212.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0480.0990.001

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添付データ

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ハーフマップ: half1 map for holo-PolB1*. Contoured in Chimera at 0.028 threshold

ファイルemd_3462_half_map_1.map
注釈half1 map for holo-PolB1*. Contoured in Chimera at 0.028 threshold
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2 map for holo-PolB1*. Contoured in Chimera at 0.028 threshold

ファイルemd_3462_half_map_2.map
注釈half2 map for holo-PolB1*. Contoured in Chimera at 0.028 threshold
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : archaeal heterotrimeric DNA polymerase B1 holo-complex

全体名称: archaeal heterotrimeric DNA polymerase B1 holo-complex
要素
  • 複合体: archaeal heterotrimeric DNA polymerase B1 holo-complex
    • タンパク質・ペプチド: Sulfolobus solfataricus DNA polymerase B1 enzime holo-complex
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase Binding Protein 1 - delta CTD
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase Binding Protein 2
    • DNA: DNA fragment

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超分子 #1: archaeal heterotrimeric DNA polymerase B1 holo-complex

超分子名称: archaeal heterotrimeric DNA polymerase B1 holo-complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET33b/pET30a
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Sulfolobus solfataricus DNA polymerase B1 enzime holo-complex

分子名称: Sulfolobus solfataricus DNA polymerase B1 enzime holo-complex
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The sample sequence contemplates the DNA polB1 but complex investigated by negative stain EM is formed by the PBP1, PBP2 and DNA. > DNA-oligo1 fragment ACAGGTAAGCAGTCCGCG > DNA-oligo2 fragment GCGGACTGCTTACDDC
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKQLTLFD IPSSKPAKSE QNTQQSQQSA PVEEKKVVRR EWLEEAQENK IYFLLQVDYD GKKGKAVCKL FDKETQKIYA LYDNTGHKPY FLVDLEPDKV GKIPKIVRDP SFDHIETVSK IDPYTWNKFK LTKIVVRDPL AVRRLRNDVP KAYEAHIKYF NNYMYDIGLI ...文字列:
MAKQLTLFD IPSSKPAKSE QNTQQSQQSA PVEEKKVVRR EWLEEAQENK IYFLLQVDYD GKKGKAVCKL FDKETQKIYA LYDNTGHKPY FLVDLEPDKV GKIPKIVRDP SFDHIETVSK IDPYTWNKFK LTKIVVRDPL AVRRLRNDVP KAYEAHIKYF NNYMYDIGLI PGMPYVVKNG KLESVYLSLD EKDVEEIKKA FADSDEMTRQ MAVDWLPIFE TEIPKIKRVA IDIEVYTPVK GRIPDSQKAE FPIISIALAG SDGLKKVLVL NRNDVNEGSV KLDGISVERF NTEYELLGRF FDILLEYPIV LTFNGDDFDL PYIYFRALKL GYFPEEIPID VAGKDEAKYL AGLHIDLYKF FFNKAVRNYA FEGKYNEYNL DAVAKALLGT SKVKVDTLIS FLDVEKLIEY NFRDAEITLQ LTTFNNDLTM KLIVLFSRIS RLGIEELTRT EISTWVKNLY YWEHRKRNWL IPLKEEILAK SSNIRTSALI KGKGYKGAVV IDPPAGIFFN ITVLDFASLY PSIIRTWNLS YETVDIQQCK KPYEVKDETG EVLHIVCMDR PGITAVITGL LRDFRVKIYK KKAKNPNNSE EQKLLYDVVQ RAMKVFINAT YGVFGAETFP LYAPAVAESV TALGRYVITS TVKKAREEGL TVLYGDTDSL FLLNPPKNSL ENIIKWVKTT FNLDLEVDKT YKFVAFSGLK KNYFGVYQDG KVDIKGMLVK KRNTPEFVKK VFNEVKELMI SINSPNDVKE IKRKIVDVVK GSYEKLKNKG YNLDELAFKV MLSKPLDAYK KNTPQHVKAA LQLRPFGVNV LPRDIIYYVK VRSKDGVKPV QLAKVTEIDA EKYLEALRST FEQILRAFGV SWDEIAATMS IDSFFSYPSK GNS

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分子 #2: Polymerase Binding Protein 1 - delta CTD

分子名称: Polymerase Binding Protein 1 - delta CTD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ISHMSTRWLP KWKAIEIDYN NKKVTVCYDE VTRLYVCPIC SPNCAKGVST DYSTYFFNLE DLKRHLDAHK YGLWLQKKTR T

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分子 #3: Polymerase Binding Protein 2

分子名称: Polymerase Binding Protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSVNQKEIEI AIEYFKNYIS VGEIVATMDL KARGISNPQA VISKLIEMGI IEKGEGCYNL VRKSTDKKle hhhhhh

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分子 #4: DNA fragment

分子名称: DNA fragment / タイプ: dna / ID: 4 / 詳細: oligonucleotide primer-template junction / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)
配列文字列:
ACAGGTAAGC AGTCCGCG G CGGACTGCTT ACDDC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHepesHepes
100.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMDTTDithiothreitol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using carbon-coated grids and stained with 2% of uranyl formate solution.
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 400 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 90201 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

粒子像選択選択した数: 110000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) / 詳細: phase flipping was performed using XMIPP software
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1s5j


詳細: The initial reference map was generated using the atomic model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: RELION through SCIPION
詳細: Calculated for the converged iteration 13 in Relion using Scipion
使用した粒子像数: 11758
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 3.75 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: RELION through SCIPION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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