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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3430 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of human P-glycoprotein: ADP bound state - open conformation #3 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of human P-glycoprotein in an ADP-binding state, and bound to UIC2 Fab | |||||||||
試料 |
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キーワード | human P-Glycoprotein / ABCB1 / MDR-1 / open conformation / ADP bound state / UIC2 Fab | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of anion channel activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / terpenoid transport / ceramide floppase activity / regulation of response to osmotic stress / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / ceramide translocation / external side of apical plasma membrane ...positive regulation of anion channel activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / terpenoid transport / ceramide floppase activity / regulation of response to osmotic stress / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / ceramide translocation / external side of apical plasma membrane / Atorvastatin ADME / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / transepithelial transport / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / Prednisone ADME / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / regulation of chloride transport / stem cell proliferation / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / G2/M transition of mitotic cell cycle / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Frank GA / Shukla S / Rao P / Borgnia MJ / Bartesaghi A / Merk A / Mobin A / Esser L / Earl LA / Gottesman MM ...Frank GA / Shukla S / Rao P / Borgnia MJ / Bartesaghi A / Merk A / Mobin A / Esser L / Earl LA / Gottesman MM / Xia D / Ambudkar SV / Subramaniam S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Pharmacol / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM Analysis of the Conformational Landscape of Human P-glycoprotein (ABCB1) During its Catalytic Cycle. 著者: Gabriel A Frank / Suneet Shukla / Prashant Rao / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Alan Merk / Aerfa Mobin / Lothar Esser / Lesley A Earl / Michael M Gottesman / Di Xia / Suresh V ...著者: Gabriel A Frank / Suneet Shukla / Prashant Rao / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Alan Merk / Aerfa Mobin / Lothar Esser / Lesley A Earl / Michael M Gottesman / Di Xia / Suresh V Ambudkar / Sriram Subramaniam / 要旨: The multidrug transporter P-glycoprotein (P-gp, ABCB1) is an ATP-dependent pump that mediates the efflux of structurally diverse drugs and xenobiotics across cell membranes, affecting drug ...The multidrug transporter P-glycoprotein (P-gp, ABCB1) is an ATP-dependent pump that mediates the efflux of structurally diverse drugs and xenobiotics across cell membranes, affecting drug pharmacokinetics and contributing to the development of multidrug resistance. Structural information about the conformational changes in human P-gp during the ATP hydrolysis cycle has not been directly demonstrated, although mechanistic information has been inferred from biochemical and biophysical studies conducted with P-gp and its orthologs, or from structures of other ATP-binding cassette transporters. Using single-particle cryo-electron microscopy, we report the surprising discovery that, in the absence of the transport substrate and nucleotides, human P-gp can exist in both open [nucleotide binding domains (NBDs) apart; inward-facing] and closed (NBDs close; outward-facing) conformations. We also probe conformational states of human P-gp during the catalytic cycle, and demonstrate that, following ATP hydrolysis, P-gp transitions through a complete closed conformation to a complete open conformation in the presence of ADP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3430.map.gz | 9.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3430-v30.xml emd-3430.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3430.png | 994.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3430 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3430_validation.pdf.gz | 190.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3430_full_validation.pdf.gz | 189.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3430_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of human P-glycoprotein in an ADP-binding state, and bound to UIC2 Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.403 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human P-glycoprotein in an ADP bound state and bound to UIC2 Fab
全体 | 名称: human P-glycoprotein in an ADP bound state and bound to UIC2 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1000: human P-glycoprotein in an ADP bound state and bound to UIC2 Fab
超分子 | 名称: human P-glycoprotein in an ADP bound state and bound to UIC2 Fab タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One monomer of P-glycoprotein bound to one UIC2 Fab Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 190 KDa |
-分子 #1: P-glycoprotein
分子 | 名称: P-glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: P-gp, Pgp, ABCB1, MDR1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma membrane |
分子量 | 理論値: 141 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: BTI-TN-5B1-4 / 組換細胞: High Five insect cells |
配列 | UniProtKB: ATP-dependent translocase ABCB1 InterPro: AAA+ ATPase domain, ABC transporter type 1, transmembrane domain, ABC transporter-like, ATP-binding domain, ABC transporter-like, conserved site, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase |
-分子 #2: UIC2 Fab
分子 | 名称: UIC2 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse / 組織: Spleen / 細胞: B cells |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: hybridoma |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.09% n-Dodecyl Betta-D-maltoside |
グリッド | 詳細: 200 mesh Cu R1.2/1.3 holey carbon grids from Quantifoil, plasma-cleaned |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 83 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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Cs | 0 |
日付 | 2015年7月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1106 / 平均電子線量: 30 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 47000 / Cs: mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using an automatic selection program. |
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CTF補正 | 詳細: CTF parameters obtained from whole micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Relion, 1.3 / 使用した粒子像数: 5074 |
最終 2次元分類 | クラス数: 5 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap |
-原子モデル構築 4
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap |