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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3381 | |||||||||
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タイトル | Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC4-focused) | |||||||||
![]() | sharpened OC4-focused map | |||||||||
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![]() | Gene expression / Transcription initiation | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.09 Å | |||||||||
![]() | Plaschka C / Hantsche M / Dienemann C / Burzinski C / Plitzko J / Cramer P | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening. 著者: C Plaschka / M Hantsche / C Dienemann / C Burzinski / J Plitzko / P Cramer / ![]() 要旨: Transcription of eukaryotic protein-coding genes begins with assembly of the RNA polymerase (Pol) II initiation complex and promoter DNA opening. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...Transcription of eukaryotic protein-coding genes begins with assembly of the RNA polymerase (Pol) II initiation complex and promoter DNA opening. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast initiation complexes containing closed and open DNA at resolutions of 8.8 Å and 3.6 Å, respectively. DNA is positioned and retained over the Pol II cleft by a network of interactions between the TATA-box-binding protein TBP and transcription factors TFIIA, TFIIB, TFIIE, and TFIIF. DNA opening occurs around the tip of the Pol II clamp and the TFIIE 'extended winged helix' domain, and can occur in the absence of TFIIH. Loading of the DNA template strand into the active centre may be facilitated by movements of obstructing protein elements triggered by allosteric binding of the TFIIE 'E-ribbon' domain. The results suggest a unified model for transcription initiation with a key event, the trapping of open promoter DNA by extended protein-protein and protein-DNA contacts. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 94.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 40 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened OC4-focused map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
全体 | 名称: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA) |
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要素 |
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-超分子 #1000: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
超分子 | 名称: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA) タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 7 |
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分子量 | 理論値: 890 KDa |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase II / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 513 KDa |
-分子 #2: Transcription Factor IIA
分子 | 名称: Transcription Factor IIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TFIIA / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #3: Transcription Factor IIB
分子 | 名称: Transcription Factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TFIIB / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #4: TATA-box-binding protein
分子 | 名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: TBP, SPT15 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #5: Transcription Factor IIE
分子 | 名称: Transcription Factor IIE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: TFIIE / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 91 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #6: Transcription Factor IIF
分子 | 名称: Transcription Factor IIF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: TFIIF / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 129 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #7: synthetic promoter DNA construct (open)
分子 | 名称: synthetic promoter DNA construct (open) / タイプ: dna / ID: 7 / 詳細: Contains a 15 nucleotide mismatch bubble / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 44 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM HEPES-KOH pH 7.5, 150 mM potassium acetate, 2 mM MgCl2, 5 mM DTT |
グリッド | 詳細: R3.5/1 holey carbon grids (Quantifoil) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Quantifoil R 3.5/1 holey carbon grids were glow-discharged before deposition of 4.5 microliters of sample. Grids were then blotted for 8.5 s and plunge-frozen in liquid ethane. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2016年4月26日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1756 / 平均電子線量: 33 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.09 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 109466 |