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- PDB-4b2o: Crystal structure of Bacillus subtilis YmdB, a global regulator o... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4b2o | ||||||
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Title | Crystal structure of Bacillus subtilis YmdB, a global regulator of late adaptive responses. | ||||||
![]() | YMDB PHOSPHODIESTERASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / BIOFILM / SPORULATION / METALLOPROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J.A. / Diethmaier, C. / Kovacs, A.T. / Rodrigues, C. / Kuipers, O.P. / Stulke, J. / Lewis, R.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Ymdb Phosphodiesterase is a Global Regulator of Late Adaptive Responses in Bacillus Subtilis. Authors: Diethmaier, C. / Newman, J.A. / Kovacs, A.T. / Kaever, V. / Herzberg, C. / Rodrigues, C. / Boonstra, M. / Kuipers, O.P. / Lewis, R.J. / Stulke, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 246.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 472.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 484.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 54 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 81.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1t70S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 31771.219 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 168 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-FE2 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.02 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.2 M SODIUM ACETATE, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Feb 27, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.64→19.74 Å / Num. obs: 134017 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.64→1.73 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 79.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1T70 Resolution: 1.64→19.738 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / Phase error: 17.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.61 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.756 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→19.738 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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