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万見
- EMDB-33583: CryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 tail complex applied wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33583
タイトルCryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 tail complex applied with C6 symmetry
マップデータ
試料
  • ウイルス: Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: phage connector protein
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein A
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein B
    • タンパク質・ペプチド: tail adaptor protein
キーワードComplex / Podophage / short non-contractile tail / VIRUS
生物種Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Huang L / Xiang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers
著者: Huang L / Xiang Y
履歴
登録2022年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33583.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.033874143 - 0.07529607
平均 (標準偏差)0.000018101957 (±0.00073455786)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100010001000
Spacing100010001000
セルA=B=C: 1170.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33583_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33583_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Klebsiella phage Kp7

全体名称: Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: phage connector protein
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein A
    • タンパク質・ペプチド: phage tail tubular protein B
    • タンパク質・ペプチド: tail adaptor protein

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超分子 #1: Klebsiella phage Kp7

超分子名称: Klebsiella phage Kp7 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2936515 / 生物種: Klebsiella phage Kp7 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Klebsiella pneumoniae ATCC 43816 (肺炎桿菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 600.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: phage connector protein

分子名称: phage connector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
分子量理論値: 58.339309 KDa
配列文字列: MDIRGGASYS GKKSKIPELW EKLSRKRNEF LDRAKHYARL TLPYLLNEPG NNESAQNGWQ GTGAQATNHL ANKLAQVLFP AQRSFFRVD LTVKGEKALL ERGYQKTKLA TVFAKIETQA MKALDARQFR PAVVEAFKHL LVAGNCMLYK PVKSANDPAG P ISCIPMHH ...文字列:
MDIRGGASYS GKKSKIPELW EKLSRKRNEF LDRAKHYARL TLPYLLNEPG NNESAQNGWQ GTGAQATNHL ANKLAQVLFP AQRSFFRVD LTVKGEKALL ERGYQKTKLA TVFAKIETQA MKALDARQFR PAVVEAFKHL LVAGNCMLYK PVKSANDPAG P ISCIPMHH YAVQRDTNGQ LMDIILLQEK ALRTFEPALR AVIQAARKGK QLKDSDNVKL YTHACYEGDG FWKVQQSADD LP VGKSSRV KADKLPFMVL TWKRSYGEDW GRPLCEDYSG DLFVVQFLSE AVARGAALMA DIKYLIRPGA QTDVEHFVNS GTG EVITGV EEDIHIVQLG KYADLTPIDA VLEKYVRRIG VVFMMESLVR RDAERVTALE IQRDAMEVEQ SLGGAYSLFS VTMQ QPMAI WGLQENAGSF GSEFIDPVII TGIEALGRMA ELDKLAQFSN YMNLPTTWPE WAQDAIKPTE YMDWVRGQIS ADFPF LMSE EEAAAAAEQA QEQQADQTLN EGVAQAIPQV INQGLQEL

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分子 #2: phage tail tubular protein A

分子名称: phage tail tubular protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
分子量理論値: 27.228775 KDa
配列文字列: MPIQSDTPSI MAESQFNSLS TKLDAVNLCM RAIGRSGVDN LTSGDLDAED ADTMIDIVSQ RLQYNDGKGW WFNREPRWSF APDSNGEVV LPNNTLQVLQ AYTLNTRKID ITIRAGRLYS TTLHSFDVSP LVGPDGFIWL DLMLMLPFEH MPLNVLQAIA Y QAAAEFIV ...文字列:
MPIQSDTPSI MAESQFNSLS TKLDAVNLCM RAIGRSGVDN LTSGDLDAED ADTMIDIVSQ RLQYNDGKGW WFNREPRWSF APDSNGEVV LPNNTLQVLQ AYTLNTRKID ITIRAGRLYS TTLHSFDVSP LVGPDGFIWL DLMLMLPFEH MPLNVLQAIA Y QAAAEFIV SKDADQTKLQ MHMQMAANLH TGMQVEESKQ NRLNMLVHNP TQRNFGIMAG GPNNTAGFDH SPYDRYPVRP WR W

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分子 #3: phage tail tubular protein B

分子名称: phage tail tubular protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
分子量理論値: 87.904539 KDa
配列文字列: MEVQGSLGRQ IQGISQQPAS VRLPGQCTDA INCSMDVVEG TKSRPGTVHI ARLGDLGLIQ DNTNIHHYRR GDDVEEYWMI TNPLGIPDI FDKQGRKCTV TETEGAASYF NSNNPRVDYK FFTVGDTTFV VNRTKIVRAR ADKTPAVGGT ALVFSAYGQY G TNYQIIIN ...文字列:
MEVQGSLGRQ IQGISQQPAS VRLPGQCTDA INCSMDVVEG TKSRPGTVHI ARLGDLGLIQ DNTNIHHYRR GDDVEEYWMI TNPLGIPDI FDKQGRKCTV TETEGAASYF NSNNPRVDYK FFTVGDTTFV VNRTKIVRAR ADKTPAVGGT ALVFSAYGQY G TNYQIIIN GVKAAEYKTA SGGSASDVET IRTEVIAEQL YTNLLTWAGA SDYSISRMGT TIVISSLSGA SFTVDTEDGS KG KDLVAIQ YKVTSTDLLP SKAPVGYLVQ VWPTGSKPES RYWLKAEAAD GNLVTWQETL GADEVLGFDG STMPYIIERT NIV GGIAQF TIKQGYWDDR AVGDELTNPM PSFVDQSLSD IFMVQNRLCL AAGESCIMSR TSYFFQFFRQ TVLSAVDTDP IDVF ADASE VYALKHAKVL DGDTVLFSDN AQFILPGDKP LTKATALLRP TTTFEVDTNV APVVTGEAVM FATKDGAYSN IREFY TDSY SDTKKAQPVT SHVNKLIRGG IYHMASSTNF NRLFALSEDN RSRVFVYDWL WQGTDKVQSA WHKWEFYGAT IGGLYY SGE TLYLIIKRND GVFLEAMYMG DPLLSGSDQV RMDRTVTVSL TWDEATLSWK SSPLPWVPTQ VEMLEAVLTN GDPAYLG GA FLFEYDANTR ILSTKYGLGD TSQIWAAKVG QMYKVEFVPT DVIIRDSQDR VSYQDVPVIG LVHLNLDRYP DFTVEITN R KSGAVRVAKA SNRVGGARNN VVGYVKPTSG TFSFPLRALS TDVEYRIISI SPHTFQLRDI EWSGSYNPTR KRV

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分子 #4: tail adaptor protein

分子名称: tail adaptor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage Kp7 (ファージ)
分子量理論値: 36.062914 KDa
配列文字列: MSYSYVERTG DGVATTFNFA FTGKGKGYLL ANQIYVERWD GASWQSATGW SLSGTNQITF LTPLANGQVI RIRRIAGKDY PFAQFEPGV MLDMASLNNT FIHLLEITQE LLDGFYPDGF YLKQDLNMGW NKIVNLMPGT DGGHAVNKTQ LDTLSSHVDD V DQKHTIWN ...文字列:
MSYSYVERTG DGVATTFNFA FTGKGKGYLL ANQIYVERWD GASWQSATGW SLSGTNQITF LTPLANGQVI RIRRIAGKDY PFAQFEPGV MLDMASLNNT FIHLLEITQE LLDGFYPDGF YLKQDLNMGW NKIVNLMPGT DGGHAVNKTQ LDTLSSHVDD V DQKHTIWN DRQDQQIDGL LKAFDSNISY RTAPWTYEAA GGETMVFPPF YFASALVWRD GAYQDQQAGA FEIDNNVITL AD PPLRAGE RVSVLVGSYI TPADPGSWEW IHVAANGTTT SVDLGVSVSD IDDVTLDGLS QGRSNYTLTG TVLDFGEVIP ECT VGARVQ LA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 26075
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 47
得られたモデル

PDB-7y22:
CryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 tail complex applied with C6 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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