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- EMDB-3281: Antigenic and cryo-electron microscopy structure analysis of a ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3281
タイトルAntigenic and cryo-electron microscopy structure analysis of a chimeric sapovirus capsid
マップデータChimeric human sapovirus capsid
試料
  • 試料: Chimera human sapovirus capsid
  • ウイルス: Sapovirus (ウイルス)
キーワードnon-envelope virus / VLP / calicivirus
生物種Sapovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Miyazaki N / Taylor DW / Hansman GS / Murata K
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: Antigenic and Cryo-Electron Microscopy Structure Analysis of a Chimeric Sapovirus Capsid.
著者: Naoyuki Miyazaki / David W Taylor / Grant S Hansman / Kazuyoshi Murata /
要旨: The capsid protein (VP1) of all caliciviruses forms an icosahedral particle with two principal domains, shell (S) and protruding (P) domains, which are connected via a flexible hinge region. The S ...The capsid protein (VP1) of all caliciviruses forms an icosahedral particle with two principal domains, shell (S) and protruding (P) domains, which are connected via a flexible hinge region. The S domain forms a scaffold surrounding the nucleic acid, while the P domains form a homodimer that interacts with receptors. The P domain is further subdivided into two subdomains, termed P1 and P2. The P2 subdomain is likely an insertion in the P1 subdomain; consequently, the P domain is divided into the P1-1, P2, and P1-2 subdomains. In order to investigate capsid antigenicity, N-terminal (N-term)/S/P1-1 and P2/P1-2 were switched between two sapovirus genotypes GI.1 and GI.5. The chimeric VP1 constructs were expressed in insect cells and were shown to self-assemble into virus-like particles (VLPs) morphologically similar to the parental VLPs. Interestingly, the chimeric VLPs had higher levels of cross-reactivities to heterogeneous antisera than the parental VLPs. In order to better understand the antigenicity from a structural perspective, we determined an intermediate-resolution (8.5-Å) cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a chimeric VLP and developed a VP1 homology model. The cryo-EM structure revealed that the P domain dimers were raised slightly (∼5 Å) above the S domain. The VP1 homology model allowed us predict the S domain (67-229) and P1-1 (229-280), P2 (281-447), and P1-2 (448-567) subdomains. Our results suggested that the raised P dimers might expose immunoreactive S/P1-1 subdomain epitopes. Consequently, the higher levels of cross-reactivities with the chimeric VLPs resulted from a combination of GI.1 and GI.5 epitopes.
IMPORTANCE: We developed sapovirus chimeric VP1 constructs and produced the chimeric VLPs in insect cells. We found that both chimeric VLPs had a higher level of cross-reactivity against ...IMPORTANCE: We developed sapovirus chimeric VP1 constructs and produced the chimeric VLPs in insect cells. We found that both chimeric VLPs had a higher level of cross-reactivity against heterogeneous VLP antisera than the parental VLPs. The cryo-EM structure of one chimeric VLP (Yokote/Mc114) was solved to 8.5-Å resolution. A homology model of the VP1 indicated for the first time the putative S and P (P1-1, P2, and P1-2) domains. The overall structure of Yokote/Mc114 contained features common among other caliciviruses. We showed that the P2 subdomain was mainly involved in the homodimeric interface, whereas a large gap between the P1 subdomains had fewer interactions.
履歴
登録2015年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年2月10日-
更新2017年2月8日-
現状2017年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2681
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2681
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3281.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 127.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chimeric human sapovirus capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度
表面レベル登録者による: 2681.0 / ムービー #1: 2681
最小 - 最大-5821.080566409999847 - 12061.328125
平均 (標準偏差)384.011596680000025 (±1160.938354489999938)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-162-162-162
サイズ325325325
Spacing325325325
セルA=B=C: 526.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z325325325
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z526.500526.500526.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-162-162-162
NC/NR/NS325325325
D min/max/mean-5821.08112061.328384.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chimera human sapovirus capsid

全体名称: Chimera human sapovirus capsid
要素
  • 試料: Chimera human sapovirus capsid
  • ウイルス: Sapovirus (ウイルス)

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超分子 #1000: Chimera human sapovirus capsid

超分子名称: Chimera human sapovirus capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1
分子量実験値: 10 MDa / 理論値: 10 MDa

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超分子 #1: Sapovirus

超分子名称: Sapovirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: human sapovirus / NCBI-ID: 95341 / 生物種: Sapovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: human sapovirus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
分子量実験値: 10 MDa / 理論値: 10 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 38 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: ice-embedding
グリッド詳細: quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 90 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega-type
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 15.0 eV
日付2012年7月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 80 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 5 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 91463 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 6000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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