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- EMDB-3246: Electron cryo-microscopy of Grapevine Fanleaf Virus complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3246
タイトルElectron cryo-microscopy of Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobody
マップデータGrapevine Fanleaf Virus reconstruction
試料
  • 試料: Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobodies
  • ウイルス: Grapevine fanleaf virus (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Nanobody
キーワードvirus / nanobody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / viral capsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Nepovirus subgroup A, RNA2 polyprotein, Protein 2A / Nepovirus subgroup A polyprotein / Nepovirus coat protein / Nepovirus coat protein, C-terminal / Nepovirus coat protein, N-terminal / Nepovirus coat protein, central domain / Nepovirus coat protein, C-terminal domain / Nepovirus coat protein, N-terminal domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物) / Grapevine fanleaf virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hemmer C / Orlov I / Ackerer L / Marmonier A / Hleibieh K / Schmitt-Keichinger C / Vigne E / Gersch S / Komar V / Belval L ...Hemmer C / Orlov I / Ackerer L / Marmonier A / Hleibieh K / Schmitt-Keichinger C / Vigne E / Gersch S / Komar V / Belval L / Berthold F / Monsion B / Bron P / Lemaire O / Lorber B / Sgro JY / Gutierrez C / Muyldermans S / Demangeat G / Klaholz BP / Ritzenthaler C
引用ジャーナル: Plant Biotechnol J / 年: 2018
タイトル: Nanobody-mediated resistance to Grapevine fanleaf virus in plants.
著者: Caroline Hemmer / Samia Djennane / Léa Ackerer / Kamal Hleibieh / Aurélie Marmonier / Sophie Gersch / Shahinez Garcia / Emmanuelle Vigne / Véronique Komar / Mireille Perrin / Claude Gertz ...著者: Caroline Hemmer / Samia Djennane / Léa Ackerer / Kamal Hleibieh / Aurélie Marmonier / Sophie Gersch / Shahinez Garcia / Emmanuelle Vigne / Véronique Komar / Mireille Perrin / Claude Gertz / Lorène Belval / François Berthold / Baptiste Monsion / Corinne Schmitt-Keichinger / Olivier Lemaire / Bernard Lorber / Carlos Gutiérrez / Serge Muyldermans / Gérard Demangeat / Christophe Ritzenthaler /
要旨: Since their discovery, single-domain antigen-binding fragments of camelid-derived heavy-chain-only antibodies, also known as nanobodies (Nbs), have proven to be of outstanding interest as ...Since their discovery, single-domain antigen-binding fragments of camelid-derived heavy-chain-only antibodies, also known as nanobodies (Nbs), have proven to be of outstanding interest as therapeutics against human diseases and pathogens including viruses, but their use against phytopathogens remains limited. Many plant viruses including Grapevine fanleaf virus (GFLV), a nematode-transmitted icosahedral virus and causal agent of fanleaf degenerative disease, have worldwide distribution and huge burden on crop yields representing billions of US dollars of losses annually, yet solutions to combat these viruses are often limited or inefficient. Here, we identified a Nb specific to GFLV that confers strong resistance to GFLV upon stable expression in the model plant Nicotiana benthamiana and also in grapevine rootstock, the natural host of the virus. We showed that resistance was effective against a broad range of GFLV isolates independently of the inoculation method including upon nematode transmission but not against its close relative, Arabis mosaic virus. We also demonstrated that virus neutralization occurs at an early step of the virus life cycle, prior to cell-to-cell movement. Our findings will not only be instrumental to confer resistance to GFLV in grapevine, but more generally they pave the way for the generation of novel antiviral strategies in plants based on Nbs.
履歴
登録2015年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年4月13日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5foj
  • 表面レベル: 2.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5foj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3246.png

emd_3246_1.png

emd_3246_2.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Grapevine Fanleaf Virus reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.344 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.344 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.344 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.066 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.67 / ムービー #1: 2.2
最小 - 最大-9.91243362 - 13.45023823
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-192
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 409.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0661.0661.066
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z409.344409.344409.344
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-192
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-9.91213.4500.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobodies

全体名称: Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobodies
要素
  • 試料: Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobodies
  • ウイルス: Grapevine fanleaf virus (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Nanobody

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超分子 #1000: Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobodies

超分子名称: Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobodies / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Grapevine fanleaf virus

超分子名称: Grapevine fanleaf virus / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: Nanobodies were bound the virus surface. / NCBI-ID: 12274 / 生物種: Grapevine fanleaf virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: grapevine (unknown) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8.3 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.3, 50 mM NaCl.
グリッド詳細: 300 mesh 2/2 Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年12月14日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1055 / 平均電子線量: 50 e/Å2
詳細: Every image is the average of seven frames recorded by the direct electron detector.
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 120000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each Image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 6139

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4v5t

ソフトウェア名称: Chimera, Coot
詳細iterative manual model building (Coot) and structure refinement (Phenix) against the cryo-EM map.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5foj:
Cryo electron microscopy structure of Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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