[日本語] English
万見
- PDB-5foj: Cryo electron microscopy structure of Grapevine Fanleaf Virus com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5foj
タイトルCryo electron microscopy structure of Grapevine Fanleaf Virus complex with Nanobody
要素
  • Nanobody
  • RNA2 polyprotein
キーワードVIRUS / NANOBODY / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / viral capsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Nepovirus subgroup A, RNA2 polyprotein, Protein 2A / Nepovirus subgroup A polyprotein / Nepovirus coat protein / Nepovirus coat protein, C-terminal / Nepovirus coat protein, N-terminal / Nepovirus coat protein, central domain / Nepovirus coat protein, C-terminal domain / Nepovirus coat protein, N-terminal domain / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit ...Nepovirus subgroup A, RNA2 polyprotein, Protein 2A / Nepovirus subgroup A polyprotein / Nepovirus coat protein / Nepovirus coat protein, C-terminal / Nepovirus coat protein, N-terminal / Nepovirus coat protein, central domain / Nepovirus coat protein, C-terminal domain / Nepovirus coat protein, N-terminal domain / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Grapevine fanleaf virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Orlov, I. / Hemmer, C. / Ackerer, L. / Lorber, B. / Ghannam, A. / Poignavent, V. / Hleibieh, K. / Sauter, C. / Schmitt-Keichinger, C. / Belval, L. ...Orlov, I. / Hemmer, C. / Ackerer, L. / Lorber, B. / Ghannam, A. / Poignavent, V. / Hleibieh, K. / Sauter, C. / Schmitt-Keichinger, C. / Belval, L. / Hily, J.M. / Marmonier, A. / Komar, V. / Gersch, S. / Schellenberger, P. / Bron, P. / Vigne, E. / Muyldermans, S. / Lemaire, O. / Demangeat, G. / Ritzenthaler, C. / Klaholz, B.P.
資金援助1件
組織認可番号国
French National Research Agency
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structural basis of nanobody recognition of grapevine fanleaf virus and of virus resistance loss.
著者: Igor Orlov / Caroline Hemmer / Léa Ackerer / Bernard Lorber / Ahmed Ghannam / Vianney Poignavent / Kamal Hleibieh / Claude Sauter / Corinne Schmitt-Keichinger / Lorène Belval / Jean-Michel ...著者: Igor Orlov / Caroline Hemmer / Léa Ackerer / Bernard Lorber / Ahmed Ghannam / Vianney Poignavent / Kamal Hleibieh / Claude Sauter / Corinne Schmitt-Keichinger / Lorène Belval / Jean-Michel Hily / Aurélie Marmonier / Véronique Komar / Sophie Gersch / Pascale Schellenberger / Patrick Bron / Emmanuelle Vigne / Serge Muyldermans / Olivier Lemaire / Gérard Demangeat / Christophe Ritzenthaler / Bruno P Klaholz /
要旨: Grapevine fanleaf virus (GFLV) is a picorna-like plant virus transmitted by nematodes that affects vineyards worldwide. Nanobody (Nb)-mediated resistance against GFLV has been created recently, and ...Grapevine fanleaf virus (GFLV) is a picorna-like plant virus transmitted by nematodes that affects vineyards worldwide. Nanobody (Nb)-mediated resistance against GFLV has been created recently, and shown to be highly effective in plants, including grapevine, but the underlying mechanism is unknown. Here we present the high-resolution cryo electron microscopy structure of the GFLV-Nb23 complex, which provides the basis for molecular recognition by the Nb. The structure reveals a composite binding site bridging over three domains of one capsid protein (CP) monomer. The structure provides a precise mapping of the Nb23 epitope on the GFLV capsid in which the antigen loop is accommodated through an induced-fit mechanism. Moreover, we uncover and characterize several resistance-breaking GFLV isolates with amino acids mapping within this epitope, including C-terminal extensions of the CP, which would sterically interfere with Nb binding. Escape variants with such extended CP fail to be transmitted by nematodes linking Nb-mediated resistance to vector transmission. Together, these data provide insights into the molecular mechanism of Nb23-mediated recognition of GFLV and of virus resistance loss.
履歴
登録2015年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 2.02020年5月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Data processing / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / cell / citation / citation_author / em_3d_fitting / em_3d_reconstruction / em_buffer / em_crystal_formation / em_ctf_correction / em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / em_experiment / em_image_recording / em_image_scans / em_imaging / em_imaging_optics / em_software / em_virus_entity / em_virus_shell / em_vitrification / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine_ls_restr / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _cell.Z_PDB / _citation.journal_abbrev ..._cell.Z_PDB / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year / _em_3d_fitting.details / _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size / _em_3d_reconstruction.algorithm / _em_3d_reconstruction.magnification_calibration / _em_3d_reconstruction.method / _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size / _em_3d_reconstruction.num_particles / _em_3d_reconstruction.resolution_method / _em_3d_reconstruction.software / _em_3d_reconstruction.symmetry_type / _em_buffer.details / _em_buffer.name / _em_ctf_correction.details / _em_ctf_correction.em_image_processing_id / _em_ctf_correction.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly.source / _em_experiment.specimen_type / _em_image_recording.average_exposure_time / _em_image_recording.detector_mode / _em_image_scans.dimension_height / _em_image_scans.dimension_width / _em_image_scans.frames_per_image / _em_image_scans.number_digital_images / _em_imaging.alignment_procedure / _em_imaging.calibrated_magnification / _em_imaging.cryogen / _em_imaging.date / _em_imaging.details / _em_imaging.electron_dose / _em_imaging.specimen_holder_model / _em_vitrification.details / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
解説: Polymer geometry
詳細: Further atomic model refinement including temperature factors
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.02021年8月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / em_software / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / refine / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_software.category / _em_software.image_processing_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Model orientation/position / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12024年11月20日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3246
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nanobody
B: RNA2 polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8892
ポリマ－70,8892
非ポリマー00
水00
1
A: Nanobody
B: RNA2 polyprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,253,369120
ポリマ－4,253,369120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
Buried area1620 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area29990 Å2
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: 抗体 Nanobody


分子量: 14816.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#2: タンパク質 RNA2 polyprotein / P2


分子量: 56073.141 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 606-1109 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grapevine fanleaf virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P18474
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Grapevine fanleaf virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Grapevine fanleaf virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
ウイルス殻名称: pseudo-T = 3 / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 8.3 / 詳細: 100 mM TRIS pH 8.3, 50 MM NaCl.
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs-corrected microscope
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 倍率（補正後）: 127272 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
電子光学装置球面収差補正装置: Cs-corrected microscope
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
5IMAGICCTF補正
9IMAGIC３次元再構成
10PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3246. (DEPOSITION ID: 14064).
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial atomic model building was done by a rigid body fitting, followed by extensive manual model building in Coot and real space refinement of the atomic model against the experimental map ...詳細: Initial atomic model building was done by a rigid body fitting, followed by extensive manual model building in Coot and real space refinement of the atomic model against the experimental map using Phenix including restrained temperature factor refinement.
原子モデル構築PDB-ID: 4V5T

4v5t


Accession code: 4V5T / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4929 0 0 0 4929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0095056
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8256872
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.3311791
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052760
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006877

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る