+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3236 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Electron cryo-microscopy of filamentous flexible virus PepMV (Pepino Mosaic Virus) | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of PepMV, a Potexvirus. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | PepMV / filamentous plant virus / Potexvirus / helical symmetry | |||||||||
機能・相同性 | Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / viral capsid / structural molecule activity / Coat protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pepino mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Agirrezabala X / Mendez-Lopez E / Lasso G / Sanchez-Pina MA / Aranda MA / Valle M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: The near-atomic cryoEM structure of a flexible filamentous plant virus shows homology of its coat protein with nucleoproteins of animal viruses. 著者: Xabier Agirrezabala / Eduardo Méndez-López / Gorka Lasso / M Amelia Sánchez-Pina / Miguel Aranda / Mikel Valle / 要旨: Flexible filamentous viruses include economically important plant pathogens. Their viral particles contain several hundred copies of a helically arrayed coat protein (CP) protecting a (+)ssRNA. We ...Flexible filamentous viruses include economically important plant pathogens. Their viral particles contain several hundred copies of a helically arrayed coat protein (CP) protecting a (+)ssRNA. We describe here a structure at 3.9 Å resolution, from electron cryomicroscopy, of Pepino mosaic virus (PepMV), a representative of the genus Potexvirus (family Alphaflexiviridae). Our results allow modeling of the CP and its interactions with viral RNA. The overall fold of PepMV CP resembles that of nucleoproteins (NPs) from the genus Phlebovirus (family Bunyaviridae), a group of enveloped (-)ssRNA viruses. The main difference between potexvirus CP and phlebovirus NP is in their C-terminal extensions, which appear to determine the characteristics of the distinct multimeric assemblies - a flexuous, helical rod or a loose ribonucleoprotein. The homology suggests gene transfer between eukaryotic (+) and (-)ssRNA viruses. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3236.map.gz | 7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3236-v30.xml emd-3236.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3236_pepmv_500.jpg | 700.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3236 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3236 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3236_validation.pdf.gz | 291 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_3236_full_validation.pdf.gz | 290.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3236_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3236 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3236 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CryoEM map of PepMV, a Potexvirus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pepino Mosaic Virus, PepMV
全体 | 名称: Pepino Mosaic Virus, PepMV |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Pepino Mosaic Virus, PepMV
超分子 | 名称: Pepino Mosaic Virus, PepMV / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical symmetry / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 35 MDa |
-超分子 #1: Pepino mosaic virus
超分子 | 名称: Pepino mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 112229 / 生物種: Pepino mosaic virus / Sci species strain: PepMV-Sp13 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Solanum lycopersicum (トマト) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS) |
Host system | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
分子量 | 理論値: 35 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris-citric acid |
グリッド | 詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
日付 | 2014年2月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 100 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: Every image is the average of 25 frames recorded by direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 102987 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Spring software used |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.95 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 41.1 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spring, EMAN2, CTFTILT |
CTF補正 | 詳細: Each partcile phase flipping |