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- EMDB-32355: Cryo-EM structure of MCM double hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32355
タイトルCryo-EM structure of MCM double hexamer
マップデータ
試料
  • 複合体: MCM double hexamer (DH)
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードDNA replication initiation / Complex / Replicative helicase / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex ...MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA strand elongation involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 ...: / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Cheng J / Li N / Tye B / Zhai Y / Gao N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into the MCM double hexamer activation by Dbf4-Cdc7 kinase.
著者: Jiaxuan Cheng / Ningning Li / Yunjing Huo / Shangyu Dang / Bik-Kwoon Tye / Ning Gao / Yuanliang Zhai /
要旨: The Dbf4-dependent kinase Cdc7 (DDK) regulates DNA replication initiation by phosphorylation of the MCM double hexamer (MCM-DH) to promote helicase activation. Here, we determine a series of cryo ...The Dbf4-dependent kinase Cdc7 (DDK) regulates DNA replication initiation by phosphorylation of the MCM double hexamer (MCM-DH) to promote helicase activation. Here, we determine a series of cryo electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast DDK bound to the MCM-DH. These structures, occupied by one or two DDKs, differ primarily in the conformations of the kinase core. The interactions of DDK with the MCM-DH are mediated exclusively by subunit Dbf4 straddling across the hexamer interface on the three N-terminal domains (NTDs) of subunits Mcm2, Mcm6, and Mcm4. This arrangement brings Cdc7 close to its only essential substrate, the N-terminal serine/threonine-rich domain (NSD) of Mcm4. Dbf4 further displaces the NSD from its binding site on Mcm4-NTD, facilitating an immediate targeting of this motif by Cdc7. Moreover, the active center of Cdc7 is occupied by a unique Dbf4 inhibitory loop, which is disengaged when the kinase core assumes wobbling conformations. This study elucidates the versatility of Dbf4 in regulating the ordered multisite phosphorylation of the MCM-DH by Cdc7 kinase during helicase activation.
履歴
登録2021年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32355.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378.72 Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378.72 Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.15757665 - 0.28695172
平均 (標準偏差)0.00031403804 (±0.0061406414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 378.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MCM double hexamer (DH)

全体名称: MCM double hexamer (DH)
要素
  • 複合体: MCM double hexamer (DH)
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: MCM double hexamer (DH)

超分子名称: MCM double hexamer (DH) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 98.911539 KDa
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL LSDMDIDPLR EELTLESLSN VKANSYSEWI TQPNVSRTIA RELKSFLLEY TDETGRSVYG ARIRTLGEMN SE SLEVNYR HLAESKAILA LFLAKCPEEM LKIFDLVAME ATELHYPDYA RIHSEIHVRI SDFPTIYSLR ELRESNLSSL VRV TGVVTR RTGVFPQLKY VKFNCLKCGS ILGPFFQDSN EEIRISFCTN CKSKGPFRVN GEKTVYRNYQ RVTLQEAPGT VPPG RLPRH REVILLADLV DVSKPGEEVE VTGIYKNNYD GNLNAKNGFP VFATIIEANS IKRREGNTAN EGEEGLDVFS WTEEE EREF RKISRDRGII DKIISSMAPS IYGHRDIKTA VACSLFGGVP KNVNGKHSIR GDINVLLLGD PGTAKSQILK YVEKTA HRA VFATGQGASA VGLTASVRKD PITKEWTLEG GALVLADKGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTTL QA RCSIIAAANP NGGRYNSTLP LAQNVSLTEP ILSRFDILCV VRDLVDEEAD ERLATFVVDS HVRSHPENDE DREGEELK N NGESAIEQGE DEINEQLNAR QRRLQRQRKK EEEISPIPQE LLMKYIHYAR TKIYPKLHQM DMDKVSRVYA DLRRESIST GSFPITVRHL ESILRIAESF AKMRLSEFVS SYDLDRAIKV VVDSFVDAQK VSVRRQLRRS FAIYTLGH

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 107.653508 KDa
配列文字列: MEGSTGFDGD ATTFFAPDAV FGDRVRRFQE FLDTFTSYRD SVRSIQVYNS NNAANYNDDQ DDADERDLLG DDDGDDLEKE KKAASSTSL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEPA YFIPPAEKAL TDLADSMDDV PHPNASAVSS RHPWKLSFKG S FGAHALSP ...文字列:
MEGSTGFDGD ATTFFAPDAV FGDRVRRFQE FLDTFTSYRD SVRSIQVYNS NNAANYNDDQ DDADERDLLG DDDGDDLEKE KKAASSTSL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEPA YFIPPAEKAL TDLADSMDDV PHPNASAVSS RHPWKLSFKG S FGAHALSP RTLTAQHLNK LVSVEGIVTK TSLVRPKLIR SVHYAAKTGR FHYRDYTDAT TTLTTRIPTP AIYPTEDTEG NK LTTEYGY STFIDHQRIT VQEMPEMAPA GQLPRSIDVI LDDDLVDKTK PGDRVNVVGV FKSLGAGGMN QSNSNTLIGF KTL ILGNTV YPLHARSTGV AARQMLTDFD IRNINKLSKK KDIFDILSQS LAPSIYGHDH IKKAILLMLM GGVEKNLENG SHLR GDINI LMVGDPSTAK SQLLRFVLNT ASLAIATTGR GSSGVGLTAA VTTDRETGER RLEAGAMVLA DRGVVCIDEF DKMTD VDRV AIHEVMEQQT VTIAKAGIHT TLNARCSVIA AANPVFGQYD VNRDPHQNIA LPDSLLSRFD LLFVVTDDIN EIRDRS ISE HVLRTHRYLP PGYLEGEPVR ERLNLSLAVG EDADINPEEH SNSGAGVENE GEDDEDHVFE KFNPLLQAGA KLAKNKG NY NGTEIPKLVT IPFLRKYVQY AKERVIPQLT QEAINVIVKN YTDLRNDDNT KKSPITARTL ETLIRLATAH AKVRLSKT V NKVDAKVAAN LLRFALLGED IGNDIDEEES EYEEALSKRS PQKSPKKRQR VRQPASNSGS PIKSTPRRST ASSVNATPS SARRILRFQD DEQNAGEDDN DIMSPLPADE EAELQRRLQL GLRVSPRRRE HLHAPEEGSS GPLTEVGTPR LPNVSSAGQD DEQQQSVIS FDNVEPGTIS TGRLSLISGI IARLMQTEIF EEESYPVASL FERINEELPE EEKFSAQEYL AGLKIMSDRN N LMVADDKV WRV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 105.138375 KDa
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA PPSEASEPLR IIWGTNVSIQ ECTTNFRNFL MSFKYKFRKI LDEREEFINN TTDEELYYIK QLNEMRELGT SN LNLDARN LLAYKQTEDL YHQLLNYPQE VISIMDQTIK DCMVSLIVDN NLDYDLDEIE TKFYKVRPYN VGSCKGMREL NPN DIDKLI NLKGLVLRST PVIPDMKVAF FKCNVCDHTM AVEIDRGVIQ EPARCERIDC NEPNSMSLIH NRCSFADKQV IKLQ ETPDF VPDGQTPHSI SLCVYDELVD SCRAGDRIEV TGTFRSIPIR ANSRQRVLKS LYKTYVDVVH VKKVSDKRLD VDTST IEQE LMQNKVDHNE VEEVRQITDQ DLAKIREVAA REDLYSLLAR SIAPSIYELE DVKKGILLQL FGGTNKTFTK GGRYRG DIN ILLCGDPSTS KSQILQYVHK ITPRGVYTSG KGSSAVGLTA YITRDVDTKQ LVLESGALVL SDGGVCCIDE FDKMSDS TR SVLHEVMEQQ TISIAKAGII TTLNARSSIL ASANPIGSRY NPNLPVTENI DLPPPLLSRF DLVYLVLDKV DEKNDREL A KHLTNLYLED KPEHISQDDV LPVEFLTMYI SYAKEHIHPI ITEAAKTELV RAYVGMRKMG DDSRSDEKRI TATTRQLES MIRLAEAHAK MKLKNVVELE DVQEAVRLIR SAIKDYATDP KTGKIDMNLV QTGKSVIQRK LQEDLSREIM NVLKDQASDS MSFNELIKQ INEHSQDRVE SSDIQEALSR LQQEDKVIVL GEGVRRSVRL NNRV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #4: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 86.505734 KDa
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UniProtKB: Minichromosome maintenance protein 5

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 113.110211 KDa
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM AISEQYYRFL PFLQKGLRRV VRKYAPELLN TSDSLKRSEG DEGQADEDEQ QDDDMNGSSL PRDSGSSAAP GN GTSAMAT RSITTSTSPE QTERVFQISF FNLPTVHRIR DIRSEKIGSL LSISGTVTRT SEVRPELYKA SFTCDMCRAI VDN VEQSFK YTEPTFCPNP SCENRAFWTL NVTRSRFLDW QKVRIQENAN EIPTGSMPRT LDVILRGDSV ERAKPGDRCK FTGV EIVVP DVTQLGLPGV KPSSTLDTRG ISKTTEGLNS GVTGLRSLGV RDLTYKISFL ACHVISIGSN IGASSPDANS NNRET ELQM AANLQANNVY QDNERDQEVF LNSLSSDEIN ELKEMVKDEH IYDKLVRSIA PAVFGHEAVK KGILLQMLGG VHKSTV EGI KLRGDINICV VGDPSTSKSQ FLKYVVGFAP RSVYTSGKAS SAAGLTAAVV RDEEGGDYTI EAGALMLADN GICCIDE FD KMDISDQVAI HEAMEQQTIS IAKAGIHATL NARTSILAAA NPVGGRYNRK LSLRGNLNMT APIMSRFDLF FVILDDCN E KIDTELASHI VDLHMKRDEA IEPPFSAEQL RRYIKYARTF KPILTKEARS YLVEKYKELR KDDAQGFSRS SYRITVRQL ESMIRLSEAI ARANCVDEIT PSFIAEAYDL LRQSIIRVDV DDVEMDEEFD NIESQSHAAS GNNDDNDDGT GSGVITSEPP ADIEEGQSE ATARPGTSEK KKTTVTYDKY VSMMNMIVRK IAEVDREGAE ELTAVDIVDW YLLQKENDLG SLAEYWEERR L AFKVIKRL VKDRILMEIH GTRHNLRDLE NEENENNKTV YVIHPNCEVL DQLEPQDSS

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 95.049875 KDa
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQET NKSKEDESPT TKIFTIIKKM LQETGKNTLS YENIVKTVRL RGFTMLQLSN CIQEYSYLNV WHLINEGNT LKFVDDGTMD TDQEDSLVST PKLAPQTTAS ANVSAQDSDI DLQDA

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #7: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 10 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
糖包埋材質: Ice
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3ja8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94859
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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