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- EMDB-31963: Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL3 in complex with a 40-bp RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31963
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis DCL3 in complex with a 40-bp RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: DCL3 in complex with a 40-bp RNA
    • 複合体: DCL3
      • タンパク質・ペプチド: Dicer-like 3
    • 複合体: RNA
      • RNA: TAS1a forward strand (5'-phosphorylation)
      • RNA: TAS1a reverse strand
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDCL3 / RNA / RdDM / Dicer / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA processing / RNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain ...Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang Q / Du J
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism of siRNA production by a plant Dicer-RNA complex in dicing-competent conformation.
著者: Qian Wang / Yan Xue / Laixing Zhang / Zhenhui Zhong / Suhua Feng / Changshi Wang / Lifan Xiao / Zhenlin Yang / C Jake Harris / Zhe Wu / Jixian Zhai / Maojun Yang / Sisi Li / Steven E Jacobsen / Jiamu Du /
要旨: In eukaryotes, small RNAs (sRNAs) play critical roles in multiple biological processes. Dicer endonucleases are a central part of sRNA biogenesis. In plants, DICER-LIKE PROTEIN 3 (DCL3) produces 24- ...In eukaryotes, small RNAs (sRNAs) play critical roles in multiple biological processes. Dicer endonucleases are a central part of sRNA biogenesis. In plants, DICER-LIKE PROTEIN 3 (DCL3) produces 24-nucleotide (nt) small interfering RNAs (siRNAs) that determine the specificity of the RNA-directed DNA methylation pathway. Here, we determined the structure of a DCL3–pre-siRNA complex in an active dicing-competent state. The 5′-phosphorylated A1 of the guide strand and the 1-nt 3′ overhang of the complementary strand are specifically recognized by a positively charged pocket and an aromatic cap, respectively. The 24-nt siRNA length dependence relies on the separation between the 5′-phosphorylated end of the guide RNA and dual cleavage sites formed by the paired ribonuclease III domains. These structural studies, complemented by functional data, provide insight into the dicing principle for Dicers in general.
履歴
登録2021年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月27日-
マップ公開2021年10月27日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0436
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0436
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  • 原子モデル: PDB-7vg2
  • 表面レベル: 0.0436
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31963.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 180 pix.
= 198. Å		1.1 Å/pix.
x 180 pix.
= 198. Å		1.1 Å/pix.
x 180 pix.
= 198. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0436 / ムービー #1: 0.0436
最小 - 最大-0.16598125 - 0.23955989
平均 (標準偏差)0.00033877045 (±0.0067217574)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 198.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z198.000198.000198.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.1660.2400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DCL3 in complex with a 40-bp RNA

全体名称: DCL3 in complex with a 40-bp RNA
要素
  • 複合体: DCL3 in complex with a 40-bp RNA
    • 複合体: DCL3
      • タンパク質・ペプチド: Dicer-like 3
    • 複合体: RNA
      • RNA: TAS1a forward strand (5'-phosphorylation)
      • RNA: TAS1a reverse strand
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: DCL3 in complex with a 40-bp RNA

超分子名称: DCL3 in complex with a 40-bp RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 210 KDa

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超分子 #2: DCL3

超分子名称: DCL3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

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分子 #1: Dicer-like 3

分子名称: Dicer-like 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 182.176766 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGARGGSGGG SWSHPQFEKG FDYKDDDDKG SGSENLYFQG SMHSSLEPEK MEEGGGSNSL KRKFSEIDGD QNLDSVSSP MMTDSNGSYE LKVYEVAKNR NIIAVLGTGI DKSEITKRLI KAMGSSDTDK RLIIFLAPTV NLVKQQCCEI R ALVNLKVE ...文字列:
MWSHPQFEKG GGARGGSGGG SWSHPQFEKG FDYKDDDDKG SGSENLYFQG SMHSSLEPEK MEEGGGSNSL KRKFSEIDGD QNLDSVSSP MMTDSNGSYE LKVYEVAKNR NIIAVLGTGI DKSEITKRLI KAMGSSDTDK RLIIFLAPTV NLVKQQCCEI R ALVNLKVE EYFGAKGVDK WTSQRWDEEF SKHDVLVMTP QILLDVLRSA FLKLEMVCLL IIDECHHTTG NHPYAKLMKE FY HESTSKP KIFGLTASAV IRKAQVSELE RLMDSKIFNP EEREGVEKFA TTVKEGPILY NPSPSCSLEL KEKLETSHLK FDA SLRRLQ ELGKDSFLNM DNKFETYQKR LSIDYREILH CLDNLGLICA HLAAEVCLEK ISDTKEESET YKECSMVCKE FLED ILSTI GVYLPQDDKS LVDLQQNHLS AVISGHVSPK LKELFHLLDS FRGDKQKQCL ILVERIITAK VIERFVKKEA SLAYL NVLY LTENNPSTNV SAQKMQIEIP DLFQHGKVNL LFITDVVEEG FQVPDCSCMV CFDLPKTMCS YSQSQKHAKQ SNSKSI MFL ERGNPKQRDH LHDLMRREVL IQDPEAPNLK SCPPPVKNGH GVKEIGSMVI PDSNITVSEE AASTQTMSDP PSRNEQL PP CKKLRLDNNL LQSNGKEKVA SSKSKSSSSA AGSKKRKELH GTTCANALSG TWGENIDGAT FQAYKFDFCC NISGEVYS S FSLLLESTLA EDVGKVEMDL YLVRKLVKAS VSPCGQIRLS QEELVKAKYF QQFFFNGMFG KLFVGSKSQG TKREFLLQT DTSSLWHPAF MFLLLPVETN DLASSATIDW SAINSCASIV EFLKKNSLLD LRDSDGNQCN TSSGQEVLLD DKMEETNLIH FANASSDKN SLEELVVIAI HTGRIYSIVE AVSDSSAMSP FEVDASSGYA TYAEYFNKKY GIVLAHPNQP LMKLKQSHHA H NLLVDFNE EMVVKTEPKA GNVRKRKPNI HAHLPPELLA RIDVPRAVLK SIYLLPSVMH RLESLMLASQ LREEIDCSID NF SISSTSI LEAVTTLTCP ESFSMERLEL LGDSVLKYVA SCHLFLKYPD KDEGQLSRQR QSIISNSNLH RLTTSRKLQG YIR NGAFEP RRWTAPGQFS LFPVPCKCGI DTREVPLDPK FFTENMTIKI GKSCDMGHRW VVSKSVSDCA EALIGAYYVS GGLS ASLHM MKWLGIDVDF DPNLVVEAIN RVSLRCYIPK EDELIELERK IQHEFSAKFL LKEAITHSSL RESYSYERLE FLGDS VLDF LITRHLFNTY EQTGPGEMTD LRSACVNNEN FAQVAVKNNL HTHLQRCATV LETQINDYLM SFQKPDETGR SIPSIQ GPK ALGDVVESIA GALLIDTRLD LDQVWRVFEP LLSPLVTPDK LQLPPYRELN ELCDSLGYFF RVKCSNDGVK AQATIQL QL DDVLLTGDGS EQTNKLALGK AASHLLTQLE KRNISRKTSL GDNQSSMDVN LACNHSDRET LTSETTEIQS IVIPFIGP I NMKKGGPRGT LHEFCKKHLW PMPTFDTSEE KSRTPFEFID GGEKRTSFSS FTSTITLRIP NREAVMYAGE ARPDKKSSF DSAVVELLYE LERRKIVIIQ K

UniProtKB: Dicer-like 3

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分子 #2: TAS1a forward strand (5'-phosphorylation)

分子名称: TAS1a forward strand (5'-phosphorylation) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 12.81268 KDa
配列文字列:
AACAAGCGAA UGAGUCAUUC AUCCUAAGUC UGCAUAAAGU

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分子 #3: TAS1a reverse strand

分子名称: TAS1a reverse strand / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.042688 KDa
配列文字列:
ACUUUAUGCA GACUUAGGAU GAAUGACUCA UUCGCUUGUU C

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HCl,Tris hydrochloride
100.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMCaCl2calcium chloride
1.0 mMDTTDithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 220948
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7vg2:
Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL3 in complex with a 40-bp RNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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