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- PDB-3tor: Crystal structure of Escherichia coli NrfA with Europium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tor
タイトルCrystal structure of Escherichia coli NrfA with Europium bound
要素Cytochrome c nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Multihaem cytochrome / decaheme / reductase / Electron transport / Iron / Metal-binding / Nitrite / Calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase activity / nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle ...Formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EUROPIUM ION / HEME C / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lockwood, C.W.J. / Clarke, T.A. / Butt, J.N. / Hemmings, A.M. / Richardson, D.J.
引用ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 2011
タイトル: Characterization of the active site and calcium binding in cytochrome c nitrite reductases.
著者: Lockwood, C.W. / Clarke, T.A. / Butt, J.N. / Hemmings, A.M. / Richardson, D.J.
履歴
登録2011年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c nitrite reductase
B: Cytochrome c nitrite reductase
C: Cytochrome c nitrite reductase
D: Cytochrome c nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,57137
ポリマ－202,6724
非ポリマー13,89833
水36,9312050
1
A: Cytochrome c nitrite reductase
D: Cytochrome c nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,20918
ポリマ－101,3362
非ポリマー6,87316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16210 Å2
ΔGint-304 kcal/mol
Surface area33390 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome c nitrite reductase
C: Cytochrome c nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,36119
ポリマ－101,3362
非ポリマー7,02517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16300 Å2
ΔGint-306 kcal/mol
Surface area33520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.884, 90.489, 292.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c nitrite reductase / Ammonia-forming cytochrome c nitrite reductase / Cytochrome c-552


分子量: 50668.117 Da / 分子数: 4 / 断片: Cytochrome c nitrite reductase / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Periplasm / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: LCB 2048
参照: UniProt: P0ABK9, nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EU / EUROPIUM ION


分子量: 151.964 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#4: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2050 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were obtained in 100 mM HEPES pH 7.5, 20 % PEG 10 K. Soaked in mother liqour containing 10 mM Eu(II)Cl, 20 % Ethylene glycol for 2 minutes before immersion in liquid nitrogen., VAPOR ...詳細: Crystals were obtained in 100 mM HEPES pH 7.5, 20 % PEG 10 K. Soaked in mother liqour containing 10 mM Eu(II)Cl, 20 % Ethylene glycol for 2 minutes before immersion in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月17日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→146.1 Å / Num. obs: 139682 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.01 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2→2.053 Å / 冗長度: 2.72 % / Mean I/σ(I) obs: 8.73 / Num. unique all: 9181 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 93.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RDZ

2rdz


解像度: 2→146.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.86 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22194 6985 5 %RANDOM
Rwork0.16355 ---
obs0.16646 132196 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.28 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→146.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13904 0 873 2050 16827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02215261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8542.11420932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41351760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50324.964699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.058152475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4941572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.22016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02111892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0821.58808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.825214116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23736453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7594.56816
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 445 -
Rwork0.223 9181 -
obs--93.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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