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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31907 | |||||||||
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タイトル | Telomeric Dinucleosome at 4.6 angstroms | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Soman A | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Columnar structure of human telomeric chromatin. 著者: Aghil Soman / Sook Yi Wong / Nikolay Korolev / Wahyu Surya / Simon Lattmann / Vinod K Vogirala / Qinming Chen / Nikolay V Berezhnoy / John van Noort / Daniela Rhodes / Lars Nordenskiöld / 要旨: Telomeres, the ends of eukaryotic chromosomes, play pivotal parts in ageing and cancer and are targets of DNA damage and the DNA damage response. Little is known about the structure of telomeric ...Telomeres, the ends of eukaryotic chromosomes, play pivotal parts in ageing and cancer and are targets of DNA damage and the DNA damage response. Little is known about the structure of telomeric chromatin at the molecular level. Here we used negative stain electron microscopy and single-molecule magnetic tweezers to characterize 3-kbp-long telomeric chromatin fibres. We also obtained the cryogenic electron microscopy structure of the condensed telomeric tetranucleosome and its dinucleosome unit. The structure displayed close stacking of nucleosomes with a columnar arrangement, and an unusually short nucleosome repeat length that comprised about 132 bp DNA wound in a continuous superhelix around histone octamers. This columnar structure is primarily stabilized by the H2A carboxy-terminal and histone amino-terminal tails in a synergistic manner. The columnar conformation results in exposure of the DNA helix, which may make it susceptible to both DNA damage and the DNA damage response. The conformation also exists in an alternative open state, in which one nucleosome is unstacked and flipped out, which exposes the acidic patch of the histone surface. The structural features revealed in this work suggest mechanisms by which protein factors involved in telomere maintenance can access telomeric chromatin in its compact form. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31907.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31907-v30.xml emd-31907.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31907_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31907.png | 72 KB | ||
マスクデータ | emd_31907_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_31907_half_map_1.map.gz emd_31907_half_map_2.map.gz | 11.1 MB 11.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31907 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31907_validation.pdf.gz | 778 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31907_full_validation.pdf.gz | 777.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31907_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31907_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31907 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31907_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31907_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31907_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Telomeric Dinucleosome
全体 | 名称: Telomeric Dinucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Telomeric Dinucleosome
超分子 | 名称: Telomeric Dinucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Telomeric Dinucleosome
分子 | 名称: Telomeric Dinucleosome / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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配列 | 文字列: MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSAV MALQEACEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA MSG RGKGGKGLGK GGAKRHRKVL RDNIQGITKP ...文字列: MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSAV MALQEACEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA MSG RGKGGKGLGK GGAKRHRKVL RDNIQGITKP AIRRLARRGG VKRISGLIYE ETRGVLKVFL ENVIRDAVTY TEHAKRKTVT AMDVVYALKR QGRTLYGFGG MSGRGKQGG KARAKAKTRS SRAGLQFPVG RVHRLLRKGN YSERVGAGAP VYLAAVLEYL TAEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K MPEPAKSA PAPKKGSKKA VTKAQKKDGK KRKRSRKESY SVYVYKVLKQ VHPDTGISSK AMGIMNSFVN DIFERIAGEA SRLAHYNKRS TITSREIQTA VRLLLPGELA KHAVSEGTKA VTKYTSAK G GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTTAGGGTT AGGGTTAGGG TTAGGGTTAG GGTT AACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC TAACCCTAAC CCTAACCCTA ACCCTAACCC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |