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万見
- EMDB-31906: Structure of S1M1-type FCPII complex from diatom -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31906
タイトルStructure of S1M1-type FCPII complex from diatom
マップデータ
試料
  • 複合体: S1M1-type FCPII complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 10種
キーワードPhotosystem / PSII / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / chlorophyll binding / chloroplast / membrane / Chlorophyll a/b-binding protein
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nagao R / Kato K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for different types of hetero-tetrameric light-harvesting complexes in a diatom PSII-FCPII supercomplex
著者: Nagao R / Kato K / Kumazawa M / Ifuku K / Yokono M / Suzuki T / Dohmae N / Akita F / Akimoto S / Miyazaki N / Shen JR
履歴
登録2021年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vd6
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31906.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 512 pix.
= 569.856 Å		1.11 Å/pix.
x 512 pix.
= 569.856 Å		1.11 Å/pix.
x 512 pix.
= 569.856 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.113 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.10695298 - 0.2962924
平均 (標準偏差)0.00012687691 (±0.0032981518)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 569.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1131.1131.113
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z569.856569.856569.856
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.1070.2960.000

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添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : S1M1-type FCPII complex

全体名称: S1M1-type FCPII complex
要素
  • 複合体: S1M1-type FCPII complex
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: S1M1-type FCPII complex

超分子名称: S1M1-type FCPII complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 240 KDa

+
分子 #1: Chlorophyll a/b-binding protein

分子名称: Chlorophyll a/b-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.098182 KDa
配列文字列: MKLAVAALLV ASAAAFAPAP ASKASTSLKV SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YLSPSNNLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK L NVELNNGR ...文字列:
MKLAVAALLV ASAAAFAPAP ASKASTSLKV SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YLSPSNNLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK L NVELNNGR AAMMGIMGNM VAEVLTGQTM YEQYASGHIS PFGDGQGVF

UniProtKB: Chlorophyll a/b-binding protein

+
分子 #2: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.162188 KDa
配列文字列: MKLAIAALLC ASAAAFAPAP ASKVSTALNV NELEIGATAP LGVYDPLGWL DGEPENFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHITFDG YLSPSANLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLLQ ILFFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGWFGSN IEDPEEKARK L NVELNNGR ...文字列:
MKLAIAALLC ASAAAFAPAP ASKVSTALNV NELEIGATAP LGVYDPLGWL DGEPENFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHITFDG YLSPSANLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLLQ ILFFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGWFGSN IEDPEEKARK L NVELNNGR AAMMGIMGNM VTECITGQTM YEQYAAGHFS PFGDGQGAF

+
分子 #3: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.627543 KDa
配列文字列: MKTAILAAML GSAAAFVPAQ QSKVSTSLAA SELEDGIGAV APLGYFDPLG YIKDEETFIR YRAVERKHGR VAMMAMLGTF VHNNGWTFD GYLSPSQGLK FSDIDSGIGG LFQVPPAGLA QIILLCGFVE LAWWPASNLS GDYGVRLGTL NDWEEQPAKY Y RQKNAELN ...文字列:
MKTAILAAML GSAAAFVPAQ QSKVSTSLAA SELEDGIGAV APLGYFDPLG YIKDEETFIR YRAVERKHGR VAMMAMLGTF VHNNGWTFD GYLSPSQGLK FSDIDSGIGG LFQVPPAGLA QIILLCGFVE LAWWPASNLS GDYGVRLGTL NDWEEQPAKY Y RQKNAELN NGRAAMMGIL GTFTHEVITG QNFAEQAAAG HFSPFGDGQG FF

+
分子 #4: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.298115 KDa
配列文字列: MKLAIAALLA TSAAAFTTSP ASRATTSLQV SEIELGATEP LGVFDPLGWL ETEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YISPSNNLKF SDIPTGIDGI FSVPTAGLAQ IIAFLGFVEL AWLPASQYDG DYGVGYFGND ILDPEEKARK L NAELNNGR ...文字列:
MKLAIAALLA TSAAAFTTSP ASRATTSLQV SEIELGATEP LGVFDPLGWL ETEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YISPSNNLKF SDIPTGIDGI FSVPTAGLAQ IIAFLGFVEL AWLPASQYDG DYGVGYFGND ILDPEEKARK L NAELNNGR AAMMGIMGNM VAEKITGQTM YEQYAAGHFN PFNDGEGFF

+
分子 #5: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 29.014037 KDa
配列文字列: MKLALAALLA TSAAAFQAPT MTFSLGKKAA AKKAVKAPAP SGASPSADAW ANSIESKALP FARAPATLDG TMLGDFGFDP LGFSTVPVG PWFTGIEGRN GQIGNLNWYR EAELIHGRIA QVAVVGFIAP GLFGTLPGNE WTGVDAYSNL NPLEAFSQVP G LAILQIFL ...文字列:
MKLALAALLA TSAAAFQAPT MTFSLGKKAA AKKAVKAPAP SGASPSADAW ANSIESKALP FARAPATLDG TMLGDFGFDP LGFSTVPVG PWFTGIEGRN GQIGNLNWYR EAELIHGRIA QVAVVGFIAP GLFGTLPGNE WTGVDAYSNL NPLEAFSQVP G LAILQIFL FMSYLEVRRI NIIKEEGENY MPGDLRIGQG EGRWNPFGLD YSPEAYEEKR LQELKHCRLA MIGVFGLWAQ AQ ASGVGVT EQIGAALTTP DYYAKAGYFL PEGI

+
分子 #6: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 23.934375 KDa
配列文字列: MKSIAALLAL ASAAAAFTPQ SQSTSSTALK ERISPLDPSI GVTEPLGLYD PLGWLDPEKD PASKFATFHA NFERRRAVER KHGRIAMVA VVGMLFHNAD IEFPGYLSKE LGIRFSDVPN GMNGLFSIPL AGLTQIVFAI GVMELAIWPA SNYSGDYGTG Y GRPFVPNV ...文字列:
MKSIAALLAL ASAAAAFTPQ SQSTSSTALK ERISPLDPSI GVTEPLGLYD PLGWLDPEKD PASKFATFHA NFERRRAVER KHGRIAMVA VVGMLFHNAD IEFPGYLSKE LGIRFSDVPN GMNGLFSIPL AGLTQIVFAI GVMELAIWPA SNYSGDYGTG Y GRPFVPNV LEGDELKYKL DMEINQGRAA MMGIMGALVG EAVTGQTLAE QIASNNLGLF SALFE

+
分子 #7: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.143453 KDa
配列文字列: MKLALLASLV ASAAAFAPSK VAQTSTALKA FENELGAQPP LGFFDPLGLV EDGNQAKFDR LRYVELKHGR ISMLAVVGYL IEKAGIRLP GNISYDGTSF ADIPDGFAAL SKIPDAGLFQ LFAFIGFLEV FVMKDITGGE FVGDFRNGFI DFGWDSFDEE T KLKKRAIE ...文字列:
MKLALLASLV ASAAAFAPSK VAQTSTALKA FENELGAQPP LGFFDPLGLV EDGNQAKFDR LRYVELKHGR ISMLAVVGYL IEKAGIRLP GNISYDGTSF ADIPDGFAAL SKIPDAGLFQ LFAFIGFLEV FVMKDITGGE FVGDFRNGFI DFGWDSFDEE T KLKKRAIE LNQGRAAMMG ILALMVHEKL GVSLLPQ

+
分子 #8: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 71 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #9: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 35 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #10: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 54 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #11: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #12: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 19 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #13: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #14: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #15: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #16: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #17: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 13 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.256 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMMES-NaOH
0.02 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 8093924
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 373897
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6j40


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7vd6:
Structure of S1M1-type FCPII complex from diatom

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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