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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31906 | |||||||||
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タイトル | Structure of S1M1-type FCPII complex from diatom | |||||||||
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![]() | Photosystem / PSII / ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / chlorophyll binding / chloroplast / membrane / Chlorophyll a/b-binding protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Nagao R / Kato K | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for different types of hetero-tetrameric light-harvesting complexes in a diatom PSII-FCPII supercomplex 著者: Nagao R / Kato K / Kumazawa M / Ifuku K / Yokono M / Suzuki T / Dohmae N / Akita F / Akimoto S / Miyazaki N / Shen JR | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 29.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 111.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 356 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 355.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.113 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : S1M1-type FCPII complex
+超分子 #1: S1M1-type FCPII complex
+分子 #1: Chlorophyll a/b-binding protein
+分子 #2: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
+分子 #3: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
+分子 #4: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
+分子 #5: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
+分子 #6: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
+分子 #7: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
+分子 #8: CHLOROPHYLL A
+分子 #9: Chlorophyll c1
+分子 #10: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...
+分子 #11: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #12: UNKNOWN LIGAND
+分子 #13: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...
+分子 #14: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #15: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #16: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #17: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.256 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |