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- PDB-1ltl: THE DODECAMER STRUCTURE OF MCM FROM ARCHAEAL M. THERMOAUTOTROPHICUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltl
タイトルTHE DODECAMER STRUCTURE OF MCM FROM ARCHAEAL M. THERMOAUTOTROPHICUM
要素DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
キーワードREPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Archaeal MCM, winged-helix / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain ...: / Archaeal MCM, winged-helix / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fletcher, R.J. / Bishop, B.E. / Leon, R.P. / Sclafani, R.A. / Ogata, C.M. / Chen, X.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Structure and function of MCM from archaeal M. Thermoautotrophicum
著者: Fletcher, R.J. / Bishop, B.E. / Leon, R.P. / Sclafani, R.A. / Ogata, C.M. / Chen, X.S.
履歴
登録2002年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
B: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
C: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
D: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
E: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
F: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,41212
ポリマ－194,0206
非ポリマー3926
水00
1
A: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
B: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,82524
ポリマ－388,04012
非ポリマー78512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_565x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
2
C: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
D: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
E: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
F: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
ヘテロ分子

C: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
D: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
E: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
F: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
ヘテロ分子

C: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
D: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
E: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
F: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,82524
ポリマ－388,04012
非ポリマー78512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)192.321, 192.321, 365.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)


分子量: 32336.662 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27798
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化詳細: Hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
20.8 Msodium citrate1reservoir
310 %(v/v)glycerol1reservoir
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI-111, DOUBLE CRYSTAL SI-220
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.83 Å / Num. obs: 58151 / Observed criterion σ(I): -3
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 56524 / Num. measured all: 835966 / Rmerge(I) obs: 99.9 / Rmerge F obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, 単波長異常分散
解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.295 -RANDOM
Rwork0.245 --
all-53766 -
obs-53766 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11627 0 6 0 11633
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg4.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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