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- EMDB-31475: eIF2B-SFSV NSs-2-eIF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31475
タイトルeIF2B-SFSV NSs-2-eIF2
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of eIF2B, eIF2, and SFSV NSs
    • 複合体: eIF2B, eIF2
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: eIF2beta
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
    • 複合体: SFSV NSs
      • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein NS-S
キーワードtranslation initiation factor / viral protein / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / HRI-mediated signaling / response to kainic acid / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / negative regulation of translational initiation in response to stress ...regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / HRI-mediated signaling / response to kainic acid / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / negative regulation of translational initiation in response to stress / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / PERK-mediated unfolded protein response / methionyl-initiator methionine tRNA binding / PERK regulates gene expression / regulation of translational initiation in response to stress / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / protein-synthesizing GTPase / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / formation of translation preinitiation complex / astrocyte development / eukaryotic 48S preinitiation complex / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / mitophagy / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / stress granule assembly / translation initiation factor binding / response to endoplasmic reticulum stress / myelination / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / hippocampus development / central nervous system development / translational initiation / PKR-mediated signaling / ABC-family proteins mediated transport / response to peptide hormone / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / ribosome binding / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / response to heat / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / GTPase activity / synapse / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus, non structural protein / Rift valley fever virus non structural protein-like / Rift valley fever virus non structural protein (NSs) like / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : ...Phlebovirus, non structural protein / Rift valley fever virus non structural protein-like / Rift valley fever virus non structural protein (NSs) like / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Trimeric LpxA-like superfamily / S1 domain profile. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Non-structural protein NS-S / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sandfly fever sicilian virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Kashiwagi K / Ito T
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H03172 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21gm1410001 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18K14644 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: eIF2B-capturing viral protein NSs suppresses the integrated stress response.
著者: Kazuhiro Kashiwagi / Yuichi Shichino / Tatsuya Osaki / Ayako Sakamoto / Madoka Nishimoto / Mari Takahashi / Mari Mito / Friedemann Weber / Yoshiho Ikeuchi / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito /
要旨: Various stressors such as viral infection lead to the suppression of cap-dependent translation and the activation of the integrated stress response (ISR), since the stress-induced phosphorylated ...Various stressors such as viral infection lead to the suppression of cap-dependent translation and the activation of the integrated stress response (ISR), since the stress-induced phosphorylated eukaryotic translation initiation factor 2 [eIF2(αP)] tightly binds to eIF2B to prevent it from exchanging guanine nucleotide molecules on its substrate, unphosphorylated eIF2. Sandfly fever Sicilian virus (SFSV) evades this cap-dependent translation suppression through the interaction between its nonstructural protein NSs and host eIF2B. However, its precise mechanism has remained unclear. Here, our cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis reveals that SFSV NSs binds to the α-subunit of eIF2B in a competitive manner with eIF2(αP). Together with SFSV NSs, eIF2B retains nucleotide exchange activity even in the presence of eIF2(αP), in line with the cryo-EM structures of the eIF2B•SFSV NSs•unphosphorylated eIF2 complex. A genome-wide ribosome profiling analysis clarified that SFSV NSs expressed in cultured human cells attenuates the ISR triggered by thapsigargin, an endoplasmic reticulum stress inducer. Furthermore, SFSV NSs introduced in rat hippocampal neurons and human induced-pluripotent stem (iPS) cell-derived motor neurons exhibits neuroprotective effects against the ISR-inducing stress. Since ISR inhibition is beneficial in various neurological disease models, SFSV NSs may be a promising therapeutic ISR inhibitor.
履歴
登録2021年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7f67
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31475.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31475.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.05 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.05 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.05 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-9.217663999999999 - 26.602509000000001
平均 (標準偏差)0.000000000002172 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 373.05 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8290.8290.829
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z373.050373.050373.050
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-9.21826.6030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of eIF2B, eIF2, and SFSV NSs

全体名称: Complex of eIF2B, eIF2, and SFSV NSs
要素
  • 複合体: Complex of eIF2B, eIF2, and SFSV NSs
    • 複合体: eIF2B, eIF2
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: eIF2beta
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
    • 複合体: SFSV NSs
      • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein NS-S

+
超分子 #1: Complex of eIF2B, eIF2, and SFSV NSs

超分子名称: Complex of eIF2B, eIF2, and SFSV NSs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: eIF2B, eIF2

超分子名称: eIF2B, eIF2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #7-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: SFSV NSs

超分子名称: SFSV NSs / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Sandfly fever sicilian virus (ウイルス)

+
分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.754148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL ...文字列:
MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL CHLNVPVTVV LDAAVGYIME KADLVIVGAE GVVENGGIIN KIGTNQMAVC AKAQNKPFYV VAESFKFVRL FP LNQQDVP DKFKYKADTL KVAQTGQDLK EEHPWVDYTA PSLITLLFTD LGVLTPSAVS DELIKLYL

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit alpha

+
分子 #2: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.039547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMTA AQPSETTVGN MVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN EDFSFHYAQL QSNIIEAINE LLVELEGTME NIAAQALEHI H SNEVIMTI ...文字列:
MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMTA AQPSETTVGN MVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN EDFSFHYAQL QSNIIEAINE LLVELEGTME NIAAQALEHI H SNEVIMTI GFSRTVEAFL KEAARKRKFH VIVAECAPFC QGHEMAVNLS KAGIETTVMT DAAIFAVMSR VNKVIIGTKT IL ANGALRA VTGTHTLALA AKHHSTPLIV CAPMFKLSPQ FPNEEDSFHK FVAPEEVLPF TEGDILEKVS VHCPVFDYVP PEL ITLFIS NIGGNAPSYI YRLMSELYHP DDHVL

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit beta

+
分子 #3: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.30423 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL ...文字列:
MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL FMANEADLDE ELVIKGSILQ KHPRIRFHTG LVDAHLYCLK KYIVDFLMEN GSITSIRSEL IPYLVRKQFS SA SSQQGQE EKEEDLKKKE LKSLDIYSFI KEANTLNLAP YDACWNACRG DRWEDLSRSQ VRCYVHIMKE GLCSRVSTLG LYM EANRQV PKLLSALCPE EPPVHSSAQI VSKHLVGVDS LIGPETQIGE KSSIKRSVIG SSCLIKDRVT ITNCLLMNSV TVEE GSNIQ GSVICNNAVI EKGADIKDCL IGSGQRIEAK AKRVNEVIVG NDQLMEI

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit gamma

+
分子 #4: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.640168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP ...文字列:
MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP TRKDYGSKVS LFSHLPQYSR QNSLTQFMSI PSSVIHPAMV RLGLQYSQGL VSGSNARCIA LLRALQQVIQ DY TTPPNEE LSRDLVNKLK PYMSFLTQCR PLSASMHNAI KFLNKEITSV GSSKREEEAK SELRAAIDRY VQEKIVLAAQ AIS RFAYQK ISNGDVILVY GCSSLVSRIL QEAWTEGRRF RVVVVDSRPW LEGRHTLRSL VHAGVPASYL LIPAASYVLP EVSK VLLGA HALLANGSVM SRVGTAQLAL VARAHNVPVL VCCETYKFCE RVQTDAFVSN ELDDPDDLQC KRGEHVALAN WQNHA SLRL LNLVYDVTPP ELVDLVITEL GMIPCSSVPV VLRVKSSDQ

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit delta

+
分子 #5: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.466609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH ...文字列:
MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH RLRRKLEKNV SVMTMIFKES SPSHPTRCHE DNVVVAVDST TNRVLHFQKT QGLRRFAFPL SLFQGSSDGV EV RYDLLDC HISICSPQVA QLFTDNFDYQ TRDDFVRGLL VNEEILGNQI HMHVTAKEYG ARVSNLHMYS AVCADVIRRW VYP LTPEAN FTDSTTQSCT HSRHNIYRGP EVSLGHGSIL EENVLLGSGT VIGSNCFITN SVIGPGCHIG DNVVLDQTYL WQGV RVAAG AQIHQSLLCD NAEVKERVTL KPRSVLTSQV VVGPNITLPE GSVISLHPPD AEEDEDDGEF SDDSGADQEK DKVKM KGYN PAEVGAAGKG YLWKAAGMNM EEEEELQQNL WGLKINMEEE SESESEQSMD SEEPDSRGGS PQMDDIKVFQ NEVLGT LQR GKEENISCDN LVLEINSLKY AYNISLKEVM QVLSHVVLEF PLQQMDSPLD SSRYCALLLP LLKAWSPVFR NYIKRAA DH LEALAAIEDF FLEHEALGIS MAKVLMAFYQ LEILAEETIL SWFSQRDTTD KGQQLRKNQQ LQRFIQWLKE AEEESSED D

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon

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分子 #6: Non-structural protein NS-S

分子名称: Non-structural protein NS-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sandfly fever sicilian virus (ウイルス)
分子量理論値: 29.695385 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSQYMFDYP AINIDVRCHR LLSSVSYVAY NKFHTHDVST YEHCEIPLEK LRLGFGRRNS LADFYSLGEL PASWGPACYF SSVKPMMYT FQGMASDLSR FDLTSFSRKG LPNVLKALSW PLGIPDCEIF SICSDRFVRG LQTRDQLMSY ILRMGDSHSL D ECIVQAHK ...文字列:
MNSQYMFDYP AINIDVRCHR LLSSVSYVAY NKFHTHDVST YEHCEIPLEK LRLGFGRRNS LADFYSLGEL PASWGPACYF SSVKPMMYT FQGMASDLSR FDLTSFSRKG LPNVLKALSW PLGIPDCEIF SICSDRFVRG LQTRDQLMSY ILRMGDSHSL D ECIVQAHK KILQEARRLG LSDEHYNGYD LFREIGSLVC LRLINAEPFD TASSGEALDV RTVIRSYRAS DPSTGLTEYG NS LWTPIHS HVDENDESSS DSDF

UniProtKB: Non-structural protein NS-S

+
分子 #7: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.16118 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL ...文字列:
MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL NEDEREVLIN NINRRLTPQA VKIRADIEVA CYGYEGIDAV KEALRAGLNC STENMPIKIN LIAPPRYVMT TT TLERTEG LSVLSQAMAV IKEKIEEKRG VFNVQMEPKV VTDTDETELA RQMERLEREN AEVDGDDDAE EMEAKAED

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

+
分子 #8: eIF2beta

分子名称: eIF2beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.209482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #9: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-synthesizing GTPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.178406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRFK NELERNITIK LGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG TKGNFKLVRH VSFVDCPGHD ILMATMLNGA AVMDAALLLI A GNESCPQP ...文字列:
MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRFK NELERNITIK LGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG TKGNFKLVRH VSFVDCPGHD ILMATMLNGA AVMDAALLLI A GNESCPQP QTSEHLAAIE IMKLKHILIL QNKIDLVKES QAKEQYEQIL AFVQGTVAEG APIIPISAQL KYNIEVVCEY IV KKIPVPP RDFTSEPRLI VIRSFDVNKP GCEVDDLKGG VAGGSILKGV LKVGQEIEVR PGIVSKDSEG KLMCKPIFSK IVS LFAEHN DLQYAAPGGL IGVGTKIDPT LCRADRMVGQ VLGAVGALPE IFTELEISYF LLRRLLGVRT EGDKKAAKVQ KLSK NEVLM VNIGSLSTGG RVSAVKADLG KIVLTNPVCT EVGEKIALSR RVEKHWRLIG WGQIRRGVTI KPTVDDD

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8106
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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