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万見
- EMDB-3145: Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3145
タイトルMechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit
マップデータReconstruction of 60S-eIF6-SBDS complex
試料
  • 試料: Dictyostelium 60S carrying endogenous eIF6 with recombinant human SBDS
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 6
  • タンパク質・ペプチド: Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein
キーワードribosome / ribosomopathy / SBDS / cryo-EM / eIF6 / Dictyostelium / EFL1 / GTPase / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Separation of Sister Chromatids / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Degradation of DVL / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / Translesion synthesis by POLK / Regulation of RAS by GAPs / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / Ub-specific processing proteases / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interleukin-1 signaling / Peroxisomal protein import / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Pexophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Regulation of pyruvate metabolism / Orc1 removal from chromatin / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Neddylation / Iron uptake and transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Aggrephagy / Regulation of necroptotic cell death / leukocyte chemotaxis / bone marrow development / maturation of 5.8S rRNA / inner cell mass cell proliferation / bone mineralization / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / hematopoietic progenitor cell differentiation / ribosomal subunit export from nucleus / phagocytic vesicle / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / extracellular matrix / lipid droplet / assembly of large subunit precursor of preribosome / mitotic spindle organization / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / spindle pole / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / microtubule binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II / SBDS protein, C-terminal domain / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal ...Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II / SBDS protein, C-terminal domain / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / : / Ubiquitin family / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Zinc-binding ribosomal protein / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Ribosome maturation protein SBDS
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Weis F / Giudice E / Churcher M / Jin L / Hilcenko C / Wong CC / Traynor D / Kay RR / Warren AJ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit.
著者: Félix Weis / Emmanuel Giudice / Mark Churcher / Li Jin / Christine Hilcenko / Chi C Wong / David Traynor / Robert R Kay / Alan J Warren /
要旨: SBDS protein (deficient in the inherited leukemia-predisposition disorder Shwachman-Diamond syndrome) and the GTPase EFL1 (an EF-G homolog) activate nascent 60S ribosomal subunits for translation by ...SBDS protein (deficient in the inherited leukemia-predisposition disorder Shwachman-Diamond syndrome) and the GTPase EFL1 (an EF-G homolog) activate nascent 60S ribosomal subunits for translation by catalyzing eviction of the antiassociation factor eIF6 from nascent 60S ribosomal subunits. However, the mechanism is completely unknown. Here, we present cryo-EM structures of human SBDS and SBDS-EFL1 bound to Dictyostelium discoideum 60S ribosomal subunits with and without endogenous eIF6. SBDS assesses the integrity of the peptidyl (P) site, bridging uL16 (mutated in T-cell acute lymphoblastic leukemia) with uL11 at the P-stalk base and the sarcin-ricin loop. Upon EFL1 binding, SBDS is repositioned around helix 69, thus facilitating a conformational switch in EFL1 that displaces eIF6 by competing for an overlapping binding site on the 60S ribosomal subunit. Our data reveal the conserved mechanism of eIF6 release, which is corrupted in both inherited and sporadic leukemias.
履歴
登録2015年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2015年10月21日-
更新2015年12月2日-
現状2015年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.14
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  • 原子モデル: PDB-5an9
  • 表面レベル: 0.14
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  • 原子モデル: PDB-6qkl
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5an9
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6qkl
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3145.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of 60S-eIF6-SBDS complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-1.08271897 - 1.55436504
平均 (標準偏差)0.00300644 (±0.05095459)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 399.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.0831.5540.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dictyostelium 60S carrying endogenous eIF6 with recombinant human SBDS

全体名称: Dictyostelium 60S carrying endogenous eIF6 with recombinant human SBDS
要素
  • 試料: Dictyostelium 60S carrying endogenous eIF6 with recombinant human SBDS
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 6
  • タンパク質・ペプチド: Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein

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超分子 #1000: Dictyostelium 60S carrying endogenous eIF6 with recombinant human SBDS

超分子名称: Dictyostelium 60S carrying endogenous eIF6 with recombinant human SBDS
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3

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超分子 #1: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 別称: Slime Mold
分子量実験値: 3 MDa / 理論値: 3 MDa

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分子 #1: Eukaryotic translation initiation factor 6

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF6
詳細: endogenous dictyostelium protein purified bound the 60S ribosomal subunit
コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株: HM2917 / 別称: Slime Mold
分子量実験値: 26 KDa / 理論値: 26 KDa
配列UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 6

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分子 #2: Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein

分子名称: Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: SBDS / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 29 KDa / 理論値: 29 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: C41 / 組換プラスミド: pRSETA
配列UniProtKB: Ribosome maturation protein SBDS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES-KOH, 100 mM K(CH3COO), 10 mM Mg(CH3COO)2, 6 mM beta-mercaptoethanol
グリッド詳細: quantifoil R2/2 glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: 6.5s blot

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2013年9月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 3844 / 平均電子線量: 30 e/Å2
詳細: Every image is the average of 16 frames recorded by the direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 105263 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2013年9月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 3844 / 平均電子線量: 30 e/Å2
詳細: Every image is the average of 16 frames recorded by the direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 105263 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 43063

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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