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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31326 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of particulate methane monooxygenase associated with Cu(I) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 methane monooxygenase (particulate) / methane monooxygenase complex / methane monooxygenase activity / methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase NADH activity / methane monooxygenase NADPH activity / methane metabolic process / monooxygenase activity / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang WH / Lin HH / Huang SH / Chung SC | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2021 タイトル: Copper Centers in the Cryo-EM Structure of Particulate Methane Monooxygenase Reveal the Catalytic Machinery of Methane Oxidation. 著者: W-H Chang / H-H Lin / I-K Tsai / S-H Huang / S-C Chung / I-P Tu / S S-F Yu / S I Chan / 要旨: The particulate methane monooxygenase (pMMO) is the first enzyme in the C1 metabolic pathway in methanotrophic bacteria. As this enzyme converts methane into methanol efficiently near room ...The particulate methane monooxygenase (pMMO) is the first enzyme in the C1 metabolic pathway in methanotrophic bacteria. As this enzyme converts methane into methanol efficiently near room temperature, it has become the paradigm for developing an understanding of this difficult C1 chemistry. pMMO is a membrane-bound protein with three subunits (PmoB, PmoA, and PmoC) and 12-14 coppers distributed among different sites. X-ray crystal structures that have revealed only three mononuclear coppers at three sites have neither disclosed the location of the active site nor the catalytic mechanism of the enzyme. Here we report a cyro-EM structure of -pMMO from (Bath) at 2.5 Å, and develop quantitative electrostatic-potential profiling to scrutinize the nonprotein densities for signatures of the copper cofactors. Our results confirm a mononuclear Cu at the site, resolve two Cus at the site, and uncover additional Cu clusters at the PmoA/PmoC interface within the membrane ( site) and in the water-exposed -terminal subdomain of the PmoB ( clusters). These findings complete the minimal set of copper factors required for catalytic turnover of pMMO, offering a glimpse of the catalytic machinery for methane oxidation according to the chemical principles underlying the mechanism proposed earlier. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31326.map.gz | 306.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31326-v30.xml emd-31326.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31326_fsc.xml | 15.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31326.png | 133.9 KB | ||
その他 | emd_31326_half_map_1.map.gz emd_31326_half_map_2.map.gz | 301.5 MB 301.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31326 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31326 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31326.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31326_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31326_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : particulate methane monooxygenase (pMMO)
全体 | 名称: particulate methane monooxygenase (pMMO) |
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要素 |
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-超分子 #1: particulate methane monooxygenase (pMMO)
超分子 | 名称: particulate methane monooxygenase (pMMO) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 細胞中の位置: membrane |
分子量 | 理論値: 312 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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糖包埋 | 材質: vitrified ice |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 278 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 実像数: 23484 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |