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- EMDB-3121: cryoEM reconstruction of bnAb PGT128 in complex with BG505 SOSIP.... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3121
タイトルcryoEM reconstruction of bnAb PGT128 in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer at 4.4 Angstrom resolution
マップデータReconstruction of PGT128 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer at 4.4 Angstrom resolution.
試料
  • 試料: PGT128 Fab bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT128
キーワードHIV-1 / Env / bnAb / antibody / PGT128
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å
データ登録者Lee JH / de Val N / Lyumkis D / Ward AB
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Model Building and Refinement of a Natively Glycosylated HIV-1 Env Protein by High-Resolution Cryoelectron Microscopy.
著者: Jeong Hyun Lee / Natalia de Val / Dmitry Lyumkis / Andrew B Ward /
要旨: Secretory and membrane proteins from mammalian cells undergo post-translational modifications, including N-linked glycosylation, which can result in a large number of possible glycoforms. This sample ...Secretory and membrane proteins from mammalian cells undergo post-translational modifications, including N-linked glycosylation, which can result in a large number of possible glycoforms. This sample heterogeneity can be problematic for structural studies, particularly X-ray crystallography. Thus, crystal structures of heavily glycosylated proteins such as the HIV-1 Env viral spike protein have been determined by removing the majority of glycans. This step is most frequently carried out using Endoglycosidase H (EndoH) and requires that all expressed glycans be in the high-mannose form, which is often not the native glycoform. With significantly improved technologies in single-particle cryoelectron microscopy, we demonstrate that it is now possible to refine and build natively glycosylated HIV-1 Env structures in solution to 4.36 Å resolution. At this resolution we can now analyze the complete epitope of a broadly neutralizing antibody (bnAb), PGT128, in the context of the trimer expressed with native glycans.
履歴
登録2015年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月16日-
マップ公開2015年9月30日-
更新2015年10月21日-
現状2015年10月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.041
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.041
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5aco
  • 表面レベル: 0.041
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of PGT128 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer at 4.4 Angstrom resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.041 / ムービー #1: 0.041
最小 - 最大-0.07047713 - 0.1443055
平均 (標準偏差)0.00008823 (±0.00531572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.360335.360335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0700.1440.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PGT128 Fab bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer

全体名称: PGT128 Fab bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
要素
  • 試料: PGT128 Fab bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT128

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超分子 #1000: PGT128 Fab bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer

超分子名称: PGT128 Fab bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Three monomers of PGT128 Fab bind one Env trimer
Number unique components: 2
分子量理論値: 570 KDa

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分子 #1: HIV-1 Envelope glycoprotein

分子名称: HIV-1 Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Env
詳細: The Env sequence is from the clade A virus BG505, truncated at residue 664 of gp41, and contains stabilizing SOSIP mutations.
コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505 / 別称: HIV-1
分子量理論値: 420 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #2: Immunoglobulin G PGT128

分子名称: Immunoglobulin G PGT128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IgG PGT128
詳細: The fragment antigen binding (Fab) of PGT128 was used to form the complex.
コピー数: 3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 500 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.675 mM DDM
グリッド詳細: 400 mesh C-Flat CF-2/2-4C, plasma treated for 5 seconds
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 160 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: Grids were frozen using a manual plunger at 4 degrees.

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected at 22,500x magnification
日付2014年10月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 2111 / 平均電子線量: 33 e/Å2
詳細: Each full dose image is an aligned stack of frames recorded each using a dose of ~10 e-/Angstrom^2/sec.
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected at 22,500x magnification
日付2014年11月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 2111 / 平均電子線量: 35 e/Å2
詳細: Each full dose image is an aligned stack of frames recorded each using a dose of ~10 e-/Angstrom^2/sec.
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic, Relion
詳細: At the end of refinement which gave the 4.47 Angstrom resolution structure, a mask excluding the Fab constant domain (flexible region) was applied, and refined for an additional 3 iterations.
使用した粒子像数: 92095

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3tyg


Chain - #0 - Chain ID: H / Chain - #1 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5aco:
Cryo-EM structure of PGT128 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4tvp


Chain - #0 - Chain ID: B / Chain - #1 - Chain ID: G
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5aco:
Cryo-EM structure of PGT128 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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