+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31153 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Yeast Dmc1 presynaptic complex | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | 3.21 angstrom resolution cryoEM structure of yeast Dmc1-ssDNA presynaptic complex | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||
キーワード | Yeast meiotic recombination protein DMC1 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhao LY / Xu JF / Wang HW | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 7件
| ||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Mechanisms of distinctive mismatch tolerance between Rad51 and Dmc1 in homologous recombination. 著者: Jingfei Xu / Lingyun Zhao / Sijia Peng / Huiying Chu / Rui Liang / Meng Tian / Philip P Connell / Guohui Li / Chunlai Chen / Hong-Wei Wang / 要旨: Homologous recombination (HR) is a primary DNA double-strand breaks (DSBs) repair mechanism. The recombinases Rad51 and Dmc1 are highly conserved in the RecA family; Rad51 is mainly responsible for ...Homologous recombination (HR) is a primary DNA double-strand breaks (DSBs) repair mechanism. The recombinases Rad51 and Dmc1 are highly conserved in the RecA family; Rad51 is mainly responsible for DNA repair in somatic cells during mitosis while Dmc1 only works during meiosis in germ cells. This spatiotemporal difference is probably due to their distinctive mismatch tolerance during HR: Rad51 does not permit HR in the presence of mismatches, whereas Dmc1 can tolerate certain mismatches. Here, the cryo-EM structures of Rad51-DNA and Dmc1-DNA complexes revealed that the major conformational differences between these two proteins are located in their Loop2 regions, which contain invading single-stranded DNA (ssDNA) binding residues and double-stranded DNA (dsDNA) complementary strand binding residues, stabilizing ssDNA and dsDNA in presynaptic and postsynaptic complexes, respectively. By combining molecular dynamic simulation and single-molecule FRET assays, we identified that V273 and D274 in the Loop2 region of human RAD51 (hRAD51), corresponding to P274 and G275 of human DMC1 (hDMC1), are the key residues regulating mismatch tolerance during strand exchange in HR. This HR accuracy control mechanism provides mechanistic insights into the specific roles of Rad51 and Dmc1 in DNA double-strand break repair and may shed light on the regulatory mechanism of genetic recombination in mitosis and meiosis. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31153.map.gz | 21.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31153-v30.xml emd-31153.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31153.png | 208.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31153.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31153 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31153 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31153_validation.pdf.gz | 418.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31153_full_validation.pdf.gz | 417.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31153_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31153_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31153 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31153 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 3.21 angstrom resolution cryoEM structure of yeast Dmc1-ssDNA presynaptic complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.885 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast Dmc1 presynaptic complex
全体 | 名称: Yeast Dmc1 presynaptic complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Yeast Dmc1 presynaptic complex
超分子 | 名称: Yeast Dmc1 presynaptic complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: 3.21 angstrom cryoEM structure of yeast Dmc1-ssDNA presynaptic complex |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: HLJ1_G0016300.mRNA.1.CDS.1
分子 | 名称: HLJ1_G0016300.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 36.657539 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSVTGTEIDS DTAKNILSVD ELQNYGINAS DLQKLKSGGI YTVNTVLSTT RRHLCKIKGL SEVKVEKIKE AAGKIIQVGF IPATVQLDI RQRVYSLSTG SKQLDSILGG GIMTMSITEV FGEFRCGKTQ MSHTLCVTTQ LPREMGGGEG KVAYIDTEGT F RPERIKQI ...文字列: MSVTGTEIDS DTAKNILSVD ELQNYGINAS DLQKLKSGGI YTVNTVLSTT RRHLCKIKGL SEVKVEKIKE AAGKIIQVGF IPATVQLDI RQRVYSLSTG SKQLDSILGG GIMTMSITEV FGEFRCGKTQ MSHTLCVTTQ LPREMGGGEG KVAYIDTEGT F RPERIKQI AEGYELDPES CLANVSYARA LNSEHQMELV EQLGEELSSG DYRLIVVDSI MANFRVDYCG RGELSERQQK LN QHLFKLN RLAEEFNVAV FLTNQVQSDP GASALFASAD GRKPIGGHVL AHASATRILL RKGRGDERVA KLQDSPDMPE KEC VYVIGE KGITDSSD UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6L0Z498 |
-分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 2.692778 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ATP |
---|---|
分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.88 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 56.7 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225795 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |