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- EMDB-31137: The structure of SWI/SNF-nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31137
タイトルThe structure of SWI/SNF-nucleosome complex
マップデータThe structure of SWI/SNF-nucleosome complex
試料
  • 複合体: The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex
    • 複合体: SWI/SNF
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite activation of transcription / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / DNA strand invasion ...carbon catabolite activation of transcription / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / DNA strand invasion / HDACs deacetylate histones / DNA translocase activity / rDNA binding / nucleosome array spacer activity / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nucleosome disassembly / SUMOylation of chromatin organization proteins / SWI/SNF complex / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / histone reader activity / histone H4 reader activity / maturation of LSU-rRNA / : / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to amino acid starvation / double-strand break repair via homologous recombination / nucleotide-excision repair / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / double-strand break repair / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ ...Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Actin / Actin family / Actin / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Histone-fold / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / Transcription regulatory protein SNF6 / Transcription regulatory protein SNF2 / SWI/SNF complex subunit SWI3 / SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Transcription regulatory protein SNF12 / Histone H4 ...Histone H2B 1.1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / Transcription regulatory protein SNF6 / Transcription regulatory protein SNF2 / SWI/SNF complex subunit SWI3 / SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Transcription regulatory protein SNF12 / Histone H4 / Histone H3.2 / Actin-like protein ARP9 / Actin-related protein 7 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Chen ZC / Chen KJ / He ZY / Ye YP
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity.
著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen /
履歴
登録2021年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年1月12日-
現状2022年1月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7egp
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31137.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The structure of SWI/SNF-nucleosome complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.15 Å/pix.
x 200 pix.
= 429.68 Å		2.15 Å/pix.
x 200 pix.
= 429.68 Å		2.15 Å/pix.
x 200 pix.
= 429.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1484 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.011665107 - 0.093645476
平均 (標準偏差)0.000613788 (±0.004005623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 429.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.14842.14842.1484
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.680429.680429.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0120.0940.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex

全体名称: The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex
要素
  • 複合体: The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex
    • 複合体: SWI/SNF
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF complex subunit SWI3
      • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF12
      • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF6
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
      • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF2
      • タンパク質・ペプチド: Regulator of Ty1 transposition protein 102
      • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 7
      • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein ARP9
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (239-MER)
      • DNA: DNA (239-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex

超分子名称: The structure of SWI/SNF chromatin remodeler complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16

+
超分子 #2: SWI/SNF

超分子名称: SWI/SNF / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)

+
超分子 #3: Histone

超分子名称: Histone / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#14
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15-#16

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分子 #1: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1

分子名称: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 124.885695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: SNQLISNYAA SNSMDRSSSA SNEFVPNTSD NNNNSNNHNM RNNSNNKTSN NNNVTAVPAA TPANTNNSTS NANTVFSERA AMFAALQQK QQQRFQALQQ QQQQQQNQQQ QNQQPQQQQQ QQQNPKFLQS QRQQQQRSIL QSLNPALQEK ISTELNNKQY E LFMKSLIE ...文字列:
SNQLISNYAA SNSMDRSSSA SNEFVPNTSD NNNNSNNHNM RNNSNNKTSN NNNVTAVPAA TPANTNNSTS NANTVFSERA AMFAALQQK QQQRFQALQQ QQQQQQNQQQ QNQQPQQQQQ QQQNPKFLQS QRQQQQRSIL QSLNPALQEK ISTELNNKQY E LFMKSLIE NCKKRNMPLQ SIPEIGNRKI NLFYLYMLVQ KFGGADQVTR TQQWSMVAQR LQISDYQQLE SIYFRILLPY ER HMISQEG IKETQAKRIF LQQFLQELLK KVQQQQQAAA LANANNNINS ASSAPTPAAP GASVPATAAP GTEAGIVPVS ANT PKSLNS NININVNNNN IGQQQVKKPR KQRVKKKTKK ELELERKERE DFQKRQQKLL EDQQRQQKLL LETKLRQQYE IELK KLPKV YKRSIVRNYK PLINRLKHYN GYDINYISKI GEKIDSNKPI FLFAPELGAI NLHALSMSLQ SKNLGEINTA LNTLL VTSA DSNLKISLVK YPELLDSLAI LGMNLLSNLS QNVVPYHRNT SDYYYEDAGS NQYYVTQHDK MVDKIFEKVN NNATLT PND SNDEKVTILV DSLTGNQLPT PTPTEMEPDL DTECFISMQS TSPAVKQWDL LPEPIRFLPN QFPLKIHRTP YLTSLKK IK DEIDDPFTKI NTRGAEDPKV LINDQLSTIS MILRNISFSD NNSRIMSRNF YLKRFISDLL WLVLIHPENF TCNRKILN F KKDLVIVLSN ISHLLEIASS IDCLLILILV ISFGQPKLNP MASSSSFGSE SLTFNEFQLQ WGKYQTFGVD ILAKLFSLE KPNLNYFKSI LLNKNTGNNL YDRNSNNNHK DKKLLRRLLN LYNDNNKNNN NRHNLLNDVV SFLFSAIPLQ QVLSQSADPS LLIDQFSPV ISQSLTSILV IVQKILPLSN EVFEISENNS DSNSNNNGNK DSSFNFNKNL PFVWLSSEEN IGSGLLKLSE I ILNINNST SKNTLLQQQN YSKVLLPSIN ISCVQLIKCL VEKSICFENC LNNDPEILKK IASIPNLFPT DLEIFQLFTN PS VDIQIIN QYQLLYNLKN DILTNLEGGS GGWSHPQFEK WSHPQFEKWS HPQFEK

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分子 #2: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5

分子名称: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 103.954438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: MNNQPQGTNS VPNSIGNIFS NIGTPSFNMA QIPQQLYQSL TPQQLQMIQQ RHQQLLRSRL QQQQQQQQQT SPPPQTHQSP PPPPQQSQP IANQSATSTP PPPPAPHNLH PQIGQVPLAP APINLPPQIA QLPLATQQQV LNKLRQQAIA KNNPQVVNAI T VAQQQVQR ...文字列:
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分子 #3: SWI/SNF complex subunit SWI3

分子名称: SWI/SNF complex subunit SWI3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 94.178352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: MENTLGEGST VNASVDVDQH GNDNNSDSNA NAAVAGVANT DTAGEESQQQ DESLKDEATV PNTRDAESEA ITVTAKQQPT MQANKLDSQ ETPSTEESRA QNVFGQDNED SDNLFGETES SVSNNEANTP SIPTNPVDNE NNKPAIKEDS TIQDSNGDVK N MEDVKIQK ...文字列:
MENTLGEGST VNASVDVDQH GNDNNSDSNA NAAVAGVANT DTAGEESQQQ DESLKDEATV PNTRDAESEA ITVTAKQQPT MQANKLDSQ ETPSTEESRA QNVFGQDNED SDNLFGETES SVSNNEANTP SIPTNPVDNE NNKPAIKEDS TIQDSNGDVK N MEDVKIQK EEEPENNTVI EGVKEESQPD ENTKEMDEVE EDDEDDDQPM ISPDNSIFGD TKSESKQLGN TSSVANTPSE IP DAHKAEQ EDIIEKTESV DKKVDSGEER NEQEREIMND HSKSANPKKT TITRVEPETF EIPQAHEIVI PSYSKWFNLE KIH SIEVQS LPEFFTNRIP SKTPEVYMRY RNFMVNSYRL NPNEYFSVTT ARRNVSGDAA ALFRLHKFLT KWGLINYQVD SKLL PKNIE PPLTSQYSTR HDAPRGLFPF ESYKPSVQLP DMAKLKKMMN TSDSESTLYK YLKESKRKYD EITHPPSTTD DENGD KNDN GGKMNNEVST STSMTGDANL LEEGETSRPL KKVKILEQID ENWSKEDLQK LLKGIQEFGA DWYKVAKNVG NKSPEQ CIL RFLQLPIEDK FLYGDGNGKG DNDNGLGPLK YAPHLPFSKS ENPVLSTIAF LVGLVNPKTV QSMTQRAIQS AESIKSQ KE EISDQKPIEH IKEGSEIAIS SLGYRSHIFA TNEERQMNFL TNELIRLQME KLDAKLNHLK KLEKFMELER KTLERQQE N LLIQRLNFNQ NSSKIVNVLS KCLNLISDSN INNSSVAEKE EIRSQIDHFK SMLSKPETLS IGKNPFNKPN IETGENHNG QSISNENDVK PISIEAPQFY RYWSAGGSGG HHHHHH

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分子 #4: Transcription regulatory protein SNF12

分子名称: Transcription regulatory protein SNF12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 63.947633 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: MSKVMKPSNG KGSRKSSKAA TPDTKNFFHA KKKDPVNQDK ANNASQITPT VPHSHPSDMV IPDHLAELIP ELYSFQQLVD SEKRLDHFI HLRNLHMKRM VAQWERSKLS QEFLYPHLNF PNVKFLRIFI SNVSENQPWQ MDTNNEADLM ALENATWTMR I EGRLLDNV ...文字列:
MSKVMKPSNG KGSRKSSKAA TPDTKNFFHA KKKDPVNQDK ANNASQITPT VPHSHPSDMV IPDHLAELIP ELYSFQQLVD SEKRLDHFI HLRNLHMKRM VAQWERSKLS QEFLYPHLNF PNVKFLRIFI SNVSENQPWQ MDTNNEADLM ALENATWTMR I EGRLLDNV QANDPAREKF SSFIESIVVD FKNKENDNVP STKFNAAPEE NATEGPSDKK LNLNLPLQFS LPNGDNSTTT NT DQNNATM GEETAKKDMS STTPKLESVK WQYDPNNPVD FDGLDIKRVG SENVECTISI LRKSSPEEPF MSYSPQLTAI IGL KSGTSH DAIFSIYKYI HLNELLTNDE SAFENLMGNR NNHNSNTSTS KMLDAASSQV SIVKLDTQLI TLLPSSLKES SPDT MKLTD LLSLINSTHL LPLQPIEIDY TVRVDKASTY GELVLDIEVP DVNALKFNNT QRESQIGAAE LNENARELEQ IKPKI ALQD KEITSVLSNL HESNKRYRFF KKISEDPVKA LNECIASTSN ALKVLSGDEG YNEDMVRRAN FYKENEAMLR ENIEVI LSN GRM

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分子 #5: Transcription regulatory protein SNF6

分子名称: Transcription regulatory protein SNF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 37.652582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: MGVIKKKRSH HGKASRQQYY SGVQVGGVGS MGAINNNIPS LTSFAEENNY QYGYSGSSAG MNGRSLTYAQ QQLNKQRQDF ERVRLRPEQ LSNIIHDESD TISFRSNLLK NFISSNDAFN MLSLTTVPCD RIEKSRLFSE KTIRYLMQKQ HEMKTQAAEL Q EKPLTPLK ...文字列:
MGVIKKKRSH HGKASRQQYY SGVQVGGVGS MGAINNNIPS LTSFAEENNY QYGYSGSSAG MNGRSLTYAQ QQLNKQRQDF ERVRLRPEQ LSNIIHDESD TISFRSNLLK NFISSNDAFN MLSLTTVPCD RIEKSRLFSE KTIRYLMQKQ HEMKTQAAEL Q EKPLTPLK YTKLIAAAED GSRSTKDMID AVFEQDSHLR YQPDGVVVHR DDPALVGKLR GDLREAPADY WTHAYRDVLA QY HEAKERI RQKEVTAGEA QDEASLQQQQ QQDLQQQQQV VTTVASQSPH ATATEKEPVP AVVDDPLENM FGDYSNEPFN TNF DDEFGD LDAVFF

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分子 #6: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82

分子名称: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 71.510805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: MLGEDEGNTV LEKGNNPSVK QGEVGAVFIV PKILIREHER VILKQILQIL DQDELVQPPL DKFPYKKLEL PKYIDELKTR DATNTSYKM IQLDAYGEKK VGSNGELFGG RHYLFNTFTF TAHMGVLLVL LQDVIKVLYQ SNATHDEDEF IVQHDQILVM E TSEEQTKF ...文字列:
MLGEDEGNTV LEKGNNPSVK QGEVGAVFIV PKILIREHER VILKQILQIL DQDELVQPPL DKFPYKKLEL PKYIDELKTR DATNTSYKM IQLDAYGEKK VGSNGELFGG RHYLFNTFTF TAHMGVLLVL LQDVIKVLYQ SNATHDEDEF IVQHDQILVM E TSEEQTKF LAKNGVIPEE SKGSFKYITA RSAFVEFGAS VIAGGQRIVD DYWESLAKKQ NLSSHQRVFK LSTNLISKIS LL RPSFQNN RISNANEISA NTNNTCTIST SKFESQYPIV TEQPSAEIRE AYIENFAKGE HISAIVPGQS ISGTLELSAQ FRV PRYHSK NSFQQALQMK AMDIPIGRHE ELLAQYESQA PDGSASISLP NHIPSVNPSN KPIKRMLSSI LDINVSSSKN KKSE ENEMI KPMNKGQHKN NTSLNINGWK FESLPLKSAE NSGKQQYYRG LPLYEKNTLL ERLKQLTPNE IKELEHLHDA VFVNT GLQN VRKVRTKKWK KYWQYKAGIP IGLKRSQLDE FKNKYLKDVL AQTSVTTNFN EITNTDETIT TKRVPNPNFL GNCNIK DFK PPYIYSHVNK VPQNVAGDKT AVKLDTEVKN TNANPVVATD PVAAKPDNLA NFSNEVAMNN GGSGGHHHHH H

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分子 #7: Transcription regulatory protein SNF2

分子名称: Transcription regulatory protein SNF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 114.311914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: LQDQYKEGIK VVDIDDPDMM VDSFTMPNIS HSNIDYQTLL ANSDHAKFTI EPGVLPVGID THTATDIYQT LIALNLDTTV NDCLDKLLN DECTESTREN ALYDYYALQL LPLQKAVRGH VLQFEWHQNS LLTNTHPNFL SKIRNINVQD ALLTNQLYKN H ELLKLERK ...文字列:
LQDQYKEGIK VVDIDDPDMM VDSFTMPNIS HSNIDYQTLL ANSDHAKFTI EPGVLPVGID THTATDIYQT LIALNLDTTV NDCLDKLLN DECTESTREN ALYDYYALQL LPLQKAVRGH VLQFEWHQNS LLTNTHPNFL SKIRNINVQD ALLTNQLYKN H ELLKLERK KTEAVARLKS MNKSAINQYN RRQDKKNKRL KFGHRLIATH TNLERDEQKR AEKKAKERLQ ALKANDEEAY IK LLDQTKD TRITHLLRQT NAFLDSLTRA VKDQQKYTKE MIDSHIKEAS EEVDDLSMVP KMKDEEYDDD DDNSNVDYYN VAH RIKEDI KKQPSILVGG TLKDYQIKGL QWMVSLFNNH LNGILADEMG LGKTIQTISL LTYLYEMKNI RGPYLVIVPL STLS NWSSE FAKWAPTLRT ISFKGSPNER KAKQAKIRAG EFDVVLTTFE YIIKERALLS KVKWVHMIID EGHRMKNAQS KLSLT LNTH YHADYRLILT GTPLQNNLPE LWALLNFVLP KIFNSVKSFD EWFNTPFANT GGQDKIELSE EETLLVIRRL HKVLRP FLL RRLKKDVEKE LPDKVEKVVK CKMSALQQIM YQQMLKYRRL FIGDQNNKKM VGLRGFNNQI MQLKKICNHP FVFEEVE DQ INPTRETNDD IWRVAGKFEL LDRILPKLKA TGHRVLIFFQ MTQIMDIMED FLRYINIKYL RLDGHTKSDE RSELLRLF N APDSEYLCFI LSTRAGGLGL NLQTADTVII FDTDWNPHQD LQAQDRAHRI GQKNEVRILR LITTNSVEEV ILERAYKKL DIDGKVIQAG KFDNKSTSEE QEALLRSLLD AEEERRKKRE SGVEEEEELK DSEINEILAR NDEEMAVLTR MDEDRSKKEE ELGVKSRLL EKSELPDIYS RDIGAELKRE ESESAAVYNG RGARERKTAT YNDNMSEEQW LRQFEVSDDE KNDKQARKQR T KKEDKSEA IDGGGSGGHH HHHH

+
分子 #8: Regulator of Ty1 transposition protein 102

分子名称: Regulator of Ty1 transposition protein 102 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 17.817615 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列:
MDPQTLITKA NKVSYYGNPT SKESWRYDWY QPSKVSSNVQ QPQQQLGDME NNLEKYPFRY KTWLRNQEDE KNLQRESCED ILDLKEFDR RILKKSLMTS HTKGDTSKAT GAPSANQGDE ALSVDDIRGA VGNSEAIPGL SAGVNNDNTK ESKDVKMN

+
分子 #9: Actin-related protein 7

分子名称: Actin-related protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 53.863016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: MTLNRKCVVI HNGSHRTVAG FSNVELPQCI IPSSYIKRTD EGGEAEFIFG TYNMIDAAAE KRNGDEVYTL VDSQGLPYNW DALEMQWRY LYDTQLKVSP EELPLVITMP ATNGKPDMAI LERYYELAFD KLNVPVFQIV IEPLAIALSM GKSSAFVIDI G ASGCNVTP ...文字列:
MTLNRKCVVI HNGSHRTVAG FSNVELPQCI IPSSYIKRTD EGGEAEFIFG TYNMIDAAAE KRNGDEVYTL VDSQGLPYNW DALEMQWRY LYDTQLKVSP EELPLVITMP ATNGKPDMAI LERYYELAFD KLNVPVFQIV IEPLAIALSM GKSSAFVIDI G ASGCNVTP IIDGIVVKNA VVRSKFGGDF LDFQVHERLA PLIKEENDME NMADEQKRST DVWYEASTWI QQFKSTMLQV SE KDLFELE RYYKEQADIY AKQQEQLKQM DQQLQYTALT GSPNNPLVQK KNFLFKPLNK TLTLDLKECY QFAEYLFKPQ LIS DKFSPE DGLGPLMAKS VKKAGASINS MKANTSTNPN GLGTSHINTN VGDNNSTASS SNISPEQVYS LLLTNVIITG STSL IEGME QRIIKELSIR FPQYKLTTFA NQVMMDRKIQ GWLGALTMAN LPSWSLGKWY SKEDYETLKR DRKQSQATNA TN

+
分子 #10: Actin-like protein ARP9

分子名称: Actin-like protein ARP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 53.13193 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: MAPFRQDSIL IIYPRSQTTL VQFGLNEETF TVPELEIPTQ IYRTTRQDGS YTYHSTNKDN KAELIKPIQN GEIIDISAFT QFLRLIFVS ILSDRANKNQ DAFEAELSNI PLLLITHHSW SQSDLEIITQ YVFESLEINN LIQLPASLAA TYSMISLQNC C IIDVGTHH ...文字列:
MAPFRQDSIL IIYPRSQTTL VQFGLNEETF TVPELEIPTQ IYRTTRQDGS YTYHSTNKDN KAELIKPIQN GEIIDISAFT QFLRLIFVS ILSDRANKNQ DAFEAELSNI PLLLITHHSW SQSDLEIITQ YVFESLEINN LIQLPASLAA TYSMISLQNC C IIDVGTHH TDIIPIVDYA QLDHLVSSIP MGGQSINDSL KKLLPQWDDD QIESLKKSPI FEVLSDDAKK LSSFDFGNEN ED EDEGTLN VAEIITSGRD TREVLEERER GQKVKNVKNS DLEFNTFWDE KGNEIKVGKQ RFQGCNNLIK NISNRVGLTL DNI DDINKA KAVWENIIIV GGTTSISGFK EALLGQLLKD HLIIEPEEEK SKREEEAKSV LPAATKKKSK FMTNSTAFVP TIEY VQCPT VIKLAKYPDY FPEWKKSGYS EIIFLGAQIV SKQIFTHPKD TFYITREKYN MKGPAALWDV QF

+
分子 #11: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.289904 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

+
分子 #12: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #13: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.978241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK

+
分子 #14: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.524752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKYT SAK

+
分子 #15: DNA (239-MER)

分子名称: DNA (239-MER) / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 72.380109 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)

+
分子 #16: DNA (239-MER)

分子名称: DNA (239-MER) / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 72.740328 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)

+
分子 #17: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #18: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #19: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 229461
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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