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- EMDB-3111: Insight into the assembly of viruses with vertical single beta-ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3111
タイトルInsight into the assembly of viruses with vertical single beta-barrel major capsid proteins
マップデータsub-tomogram averaging of five-fold vertices with spike-ON. This has been then gaussian filterd to 15 Ang.
試料
  • 試料: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)
  • ウイルス: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
キーワードarchaeal virus / assembly / spike complex-on
生物種Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 38.0 Å
データ登録者Gil-Carton D / Jaakkola ST / Charro D / Peralta B / Castano-Diez D / Oksanen HM / Bamford DH / Abrescia NG
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Insight into the Assembly of Viruses with Vertical Single β-barrel Major Capsid Proteins.
著者: David Gil-Carton / Salla T Jaakkola / Diego Charro / Bibiana Peralta / Daniel Castaño-Díez / Hanna M Oksanen / Dennis H Bamford / Nicola G A Abrescia /
要旨: Archaeal viruses constitute the least explored niche within the virosphere. Structure-based approaches have revealed close relationships between viruses infecting organisms from different domains of ...Archaeal viruses constitute the least explored niche within the virosphere. Structure-based approaches have revealed close relationships between viruses infecting organisms from different domains of life. Here, using biochemical and cryo-electron microscopy techniques, we solved the structure of euryarchaeal, halophilic, internal membrane-containing Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2). We show that the density of the two major capsid proteins (MCPs) recapitulates vertical single β-barrel proteins and that disulfide bridges stabilize the capsid. Below, ordered density is visible close to the membrane and at the five-fold vertices underneath the host-interacting vertex complex underpinning membrane-protein interactions. The HHIV-2 structure exemplifies the division of conserved architectural elements of a virion, such as the capsid, from those that evolve rapidly due to selective environmental pressure such as host-recognizing structures. We propose that in viruses with two vertical single β-barrel MCPs the vesicle is indispensable, and membrane-protein interactions serve as protein-railings for guiding the assembly.
履歴
登録2015年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月26日-
マップ公開2015年9月9日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB_figure_...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sub-tomogram averaging of five-fold vertices with spike-ON. This has been then gaussian filterd to 15 Ang.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 460.8 Å		7.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 460.8 Å		7.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 460.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-2.31420302 - 2.89222264
平均 (標準偏差)-0.07723363 (±0.65965396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 460.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.27.27.2
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.800460.800460.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-2.3142.892-0.077

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)

全体名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)
要素
  • 試料: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)
  • ウイルス: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)

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超分子 #1000: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)

超分子名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2) / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: While the sample is a virus, the subtomogram averaged map correspond to the components forming the five-fold vertices with the spike complex ON.
集合状態: Icosahedral Virus / Number unique components: 1

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超分子 #1: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2

超分子名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: HHIV-2 is a lipid-containing virus / NCBI-ID: 1154689 / 生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Haloarcula hispanica (好塩性) / 別称: ARCHAEA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: SPIKE COMPLEX-ON

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 20 mM Tris-HCl [pH 7.2], 20 mM MgCl2, 10 mM CaCl2, and 0.5 M NaCl
グリッド詳細: 200-mesh Quantifoil R 3.5/1 holey-carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
温度最低: 80 K / 最高: 103 K / 平均: 99 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV
日付2014年6月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 80 e/Å2
詳細: Single-axis tilt series collection under low-dose conditions was automated with SerialEM data acquisition software.
ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 42147 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: Ultra-high tilt cryotransfer holder (Model 914 High tilt Tomography Holder, GATAN)
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °

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画像解析

詳細The subtomograms were selected using Dynamo with automatic selection of the five-fold vertices. The extracted vertices were then submitted to a multireference alignment procedure with 5 classes.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 852
CTF補正詳細: TOMOCTF method
最終 3次元分類クラス数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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