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- EMDB-31088: LptB2FG-LPS from Klebsiella pneumoniae in nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31088
タイトルLptB2FG-LPS from Klebsiella pneumoniae in nanodiscs
マップデータ
試料
  • 複合体: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
    • タンパク質・ペプチド: LPS export ABC transporter permease LptG
  • リガンド: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
キーワードmembrane protein / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Permease / Lipopolysaccharide export system permease protein LptF / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌) / Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Luo QS / Shi HG / Huang YH
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500404 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31625009 中国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of LptBFG and LptBFGC from Klebsiella pneumoniae in complex with lipopolysaccharide.
著者: Qingshan Luo / Huigang Shi / Xueqing Xu /
要旨: Lipopolysaccharide (LPS) is an essential component of the outer membrane (OM) in most Gram-negative bacteria. LPS transport from the inner membrane (IM) to the OM is achieved by seven ...Lipopolysaccharide (LPS) is an essential component of the outer membrane (OM) in most Gram-negative bacteria. LPS transport from the inner membrane (IM) to the OM is achieved by seven lipopolysaccharide transport proteins (LptA-G). LptBFG, an type VI ATP-binding cassette (ABC) transporter, forms a stable complex with LptC, extracts LPS from the IM and powers LPS transport to the OM. Here we report the cryo-EM structures of LptBFG and LptBFGC from Klebsiella pneumoniae in complex with LPS. The KpLptBFG-LPS structure provides detailed interactions between LPS and the transporter, while the KpLptBFGC-LPS structure may represent an intermediate state that the transmembrane helix of LptC has not been fully inserted into the transmembrane domains of LptBFG.
履歴
登録2021年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.612
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.612
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7efo
  • 表面レベル: 0.612
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31088.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 192 pix.
= 199.68 Å		1.04 Å/pix.
x 192 pix.
= 199.68 Å		1.04 Å/pix.
x 192 pix.
= 199.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.612 / ムービー #1: 0.612
最小 - 最大-1.9604559 - 2.762698
平均 (標準偏差)0.003728885 (±0.12806249)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 199.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z199.680199.680199.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-1.9602.7630.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31088_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS

全体名称: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS
要素
  • 複合体: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
    • タンパク質・ペプチド: LPS export ABC transporter permease LptG
  • リガンド: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid

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超分子 #1: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS

超分子名称: LptB2FG from Klebsiella pneumoniae with bound LPS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌)

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分子 #1: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

分子名称: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 26.879768 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATLTAKNLA KAYKGRRVVE DVSLTVNSGE IVGLLGPNGA GKTTTFYMVV GIVPRDAGNI IIDDEDISLL PLHARARRGI GYLPQEASI FRRLSVYDNL MAVLQIRDDL TSEQREDRAK ELMEEFHIEH LRDSLGQALS GGERRRVEIA RALAANPKFI L LDEPFAGV ...文字列:
MATLTAKNLA KAYKGRRVVE DVSLTVNSGE IVGLLGPNGA GKTTTFYMVV GIVPRDAGNI IIDDEDISLL PLHARARRGI GYLPQEASI FRRLSVYDNL MAVLQIRDDL TSEQREDRAK ELMEEFHIEH LRDSLGQALS GGERRRVEIA RALAANPKFI L LDEPFAGV DPISVIDIKR IIEHLRDSGL GVLITDHNVR ETLAVCERAY IVSQGHLIAH GTPQQILEDE QVKRVYLGED FR L

UniProtKB: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

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分子 #2: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF

分子名称: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 40.431551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIIIRYLVRE TLKSQLAILF ILLLIFFCQK LVRILGAAVD GDIPTNLVLS LLGLGIPEMA QLILPLSLFL GLLMTLGKLY TESEITVMH ACGLSKAVLI KAAMILALFT GAVAAVNVMW AGPWSSRHQD EVLAEAKANP GMAALAQGQF QQASDGNAVM F IESVNGNR ...文字列:
MIIIRYLVRE TLKSQLAILF ILLLIFFCQK LVRILGAAVD GDIPTNLVLS LLGLGIPEMA QLILPLSLFL GLLMTLGKLY TESEITVMH ACGLSKAVLI KAAMILALFT GAVAAVNVMW AGPWSSRHQD EVLAEAKANP GMAALAQGQF QQASDGNAVM F IESVNGNR FHDVFLAQLR PKGNARPSVV VADSGELSQQ KDGSQVVTLN KGTRFEGTAM LRDFRITDFN NYQAIIGHQA VS ADPDDTE QMDMRTLWKT HTDRARAELH WRFTLVATVF IMALMVVPLS VVNPRQGRVL SMLPAMLLYL VFFLLQTSIK SNG GKGKMD PAIWMWAINL LYFALAVLLN LWDTVPMRRF RARFNKGAA

UniProtKB: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF

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分子 #3: LPS export ABC transporter permease LptG

分子名称: LPS export ABC transporter permease LptG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 39.662438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQAFGVLDRY IGKTIFNTIM MTLFMLVSLS GIIKFVDQLK KSGQGSYDAL GAGLYTILSV PKDIQIFFPM AALLGALLGL GMLAQRSEL VVMQASGFTR LQVALAVMKT AIPLVLLTMA IGEWVAPQGE QMARNYRAQQ MYGGSLLSTQ QGLWAKDGHN F VYIERVKG ...文字列:
MQAFGVLDRY IGKTIFNTIM MTLFMLVSLS GIIKFVDQLK KSGQGSYDAL GAGLYTILSV PKDIQIFFPM AALLGALLGL GMLAQRSEL VVMQASGFTR LQVALAVMKT AIPLVLLTMA IGEWVAPQGE QMARNYRAQQ MYGGSLLSTQ QGLWAKDGHN F VYIERVKG NDELGGVSIY AFNPERRLQS VRYAASAKFD SENKVWRLSQ VDESDLTDPK QVTGSQMVSG TWKTNLTPDK LG VVALDPD ALSISGLHNY VKYLKSSGQD PGRYQLNMWS KIFQPLSVAV MMLMALSFIF GPLRSVPMGV RVVTGISFGF IFY VLDQIF GPLTLVYGIP PIIGALLPSA SFFLISLWLM MRKA

UniProtKB: Permease

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分子 #4: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(...

分子名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl) ...名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: JSG
分子量理論値: 2.975178 KDa
Chemical component information

ChemComp-JSG:
(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5l75

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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