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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30845 | |||||||||
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タイトル | FMDV capsid in complex with M170 Nab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Dong H / Liu P | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022 タイトル: Structural and molecular basis for foot-and-mouth disease virus neutralization by two potent protective antibodies. 著者: Hu Dong / Pan Liu / Manyuan Bai / Kang Wang / Rui Feng / Dandan Zhu / Yao Sun / Suyu Mu / Haozhou Li / Michiel Harmsen / Shiqi Sun / Xiangxi Wang / Huichen Guo / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30845.map.gz | 166.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30845-v30.xml emd-30845.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30845.png | 68.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30845 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30845_validation.pdf.gz | 634.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30845_full_validation.pdf.gz | 633.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30845_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30845_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30845 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30845.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : FMDV in complex with M170
全体 | 名称: FMDV in complex with M170 |
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要素 |
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-超分子 #1: FMDV in complex with M170
超分子 | 名称: FMDV in complex with M170 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
-超分子 #2: FMDV
超分子 | 名称: FMDV / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
-超分子 #3: M170
超分子 | 名称: M170 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 |
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-分子 #1: VP1 of O type FMDV capsid
分子 | 名称: VP1 of O type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.849139 KDa |
配列 | 文字列: TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRHHT DVSFILDRFV KVTPKDSINV LDLMQTPSHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHKGDLTWV PNGAPVAALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGKCKYAEG SLPNVRGDLQ VLAQKAARPL P TSFNYGAI ...文字列: TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRHHT DVSFILDRFV KVTPKDSINV LDLMQTPSHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHKGDLTWV PNGAPVAALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGKCKYAEG SLPNVRGDLQ VLAQKAARPL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAVHPSA ARHKQKIVAP |
-分子 #2: VP2 of O type FMDV capsid
分子 | 名称: VP2 of O type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.091078 KDa |
配列 | 文字列: RILTTRNGHT TSTTQSSVGI THGYATAEDF VNGPNTSGLE TRVVQAERFF KTHLFDWVTS DPFGRYYLLE LPTDHKGVYG SLTDSYAYM RNGWDVEVTA VGNQFNGGCL LVAMVPELCS IEQRELFQLT LFPHQFINPR TNMTAHIKVP FVGVNRYDQY K VHKPWTLV ...文字列: RILTTRNGHT TSTTQSSVGI THGYATAEDF VNGPNTSGLE TRVVQAERFF KTHLFDWVTS DPFGRYYLLE LPTDHKGVYG SLTDSYAYM RNGWDVEVTA VGNQFNGGCL LVAMVPELCS IEQRELFQLT LFPHQFINPR TNMTAHIKVP FVGVNRYDQY K VHKPWTLV VMVVAPLTVN TEGAPQIKVY ANIAPTNVHV AGEFPSKE |
-分子 #3: VP3 of O type FMDV capsid
分子 | 名称: VP3 of O type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.754705 KDa |
配列 | 文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNMLPGR FTNLLDVAEA CPTFLHFDGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTVNLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNMLPGR FTNLLDVAEA CPTFLHFDGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTVNLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDAAETT NVQGWVCLFQ ITHGKAEGDA LVVLASAGKD FELRLPVDAR Q |
-分子 #4: VP4 of O type FMDV capsid
分子 | 名称: VP4 of O type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.963328 KDa |
配列 | 文字列: SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGN NAISGGSNEG STDTTSTHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA |
-分子 #5: M170 Nab
分子 | 名称: M170 Nab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 12.939211 KDa |
組換発現 | 生物種: Lama glama (ラマ) |
配列 | 文字列: GGSQVQLQES GGGLVQAGGS LRLSCAASGR TFSSYAMGWF RQAPGSEREF VARISWSGGS TYYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC TAGFALPPSD YWGQGTQVTV SS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3692 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |