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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30627 | |||||||||
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タイトル | human melatonin receptor MT1 - Gi1 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 melatonin receptor activity / organic cyclic compound binding / hormone binding / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 ...melatonin receptor activity / organic cyclic compound binding / hormone binding / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / mating behavior / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / circadian rhythm / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor complex / cell cycle / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / nucleolus / GTP binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Rattus rattus (エジプトネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Okamoto HH / Kusakizako T / Shihioya W / Yamashita K / Nishizawa T / Nureki O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the human MT-G signaling complex. 著者: Hiroyuki H Okamoto / Hirotake Miyauchi / Asuka Inoue / Francesco Raimondi / Hirokazu Tsujimoto / Tsukasa Kusakizako / Wataru Shihoya / Keitaro Yamashita / Ryoji Suno / Norimichi Nomura / ...著者: Hiroyuki H Okamoto / Hirotake Miyauchi / Asuka Inoue / Francesco Raimondi / Hirokazu Tsujimoto / Tsukasa Kusakizako / Wataru Shihoya / Keitaro Yamashita / Ryoji Suno / Norimichi Nomura / Takuya Kobayashi / So Iwata / Tomohiro Nishizawa / Osamu Nureki / 要旨: Melatonin receptors (MT and MT) transduce inhibitory signaling by melatonin (N-acetyl-5-methoxytryptamine), which is associated with sleep induction and circadian rhythm modulation. Although recently ...Melatonin receptors (MT and MT) transduce inhibitory signaling by melatonin (N-acetyl-5-methoxytryptamine), which is associated with sleep induction and circadian rhythm modulation. Although recently reported crystal structures of ligand-bound MT and MT elucidated the basis of ligand entry and recognition, the ligand-induced MT rearrangement leading to G-coupling remains unclear. Here we report a cryo-EM structure of the human MT-G signaling complex at 3.3 Å resolution, revealing melatonin-induced conformational changes propagated to the G-protein-coupling interface during activation. In contrast to other G-coupled receptors, MT exhibits a large outward movement of TM6, which is considered a specific feature of G-coupled receptors. Structural comparison of G and G complexes demonstrated conformational diversity of the C-terminal entry of the G protein, suggesting loose and variable interactions at the end of the α5 helix of G protein. These notions, together with our biochemical and computational analyses, highlight variable binding modes of Gα and provide the basis for the selectivity of G-protein signaling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30627.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30627-v30.xml emd-30627.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30627_fsc.xml | 5.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30627.png | 68.8 KB | ||
その他 | emd_30627_half_map_1.map.gz emd_30627_half_map_2.map.gz | 8.6 MB 8.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30627 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30627 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30627_validation.pdf.gz | 530 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30627_full_validation.pdf.gz | 529.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30627_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30627_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30627 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30627 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7db6MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10714 (タイトル: human melatonin receptor MT1 - Gi1 complex / Data size: 878.0 Data #1: Unaligned movies for MT1-Gi complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.44097 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30627_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30627_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human melatonin receptor MT1 - Gi1 complex
全体 | 名称: human melatonin receptor MT1 - Gi1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human melatonin receptor MT1 - Gi1 complex
超分子 | 名称: human melatonin receptor MT1 - Gi1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.415031 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus rattus (エジプトネズミ) |
分子量 | 理論値: 37.79927 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GSQLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT ...文字列: GSQLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HESDINAICF FP NGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAGVLAGHDN RVS CLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 7.547685 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFS |
-分子 #4: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 27.720795 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAASSEDL YFQ |
-分子 #5: Melatonin receptor type 1A
分子 | 名称: Melatonin receptor type 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.222805 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKEFMQGN GSALPNASQP VLRGDGARPS WLASALACVL IFTIVVDILG NLLVILSVYR NKKLRNAGN IFVVSLAVAD LVVAIYPYPL VLMSIFNNGW NLGYLHCQVS GFLMGLSVIG SIFNITGIAI NRYCYICHSL K YDKLYSSK ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKEFMQGN GSALPNASQP VLRGDGARPS WLASALACVL IFTIVVDILG NLLVILSVYR NKKLRNAGN IFVVSLAVAD LVVAIYPYPL VLMSIFNNGW NLGYLHCQVS GFLMGLSVIG SIFNITGIAI NRYCYICHSL K YDKLYSSK NSLCYVLLIW LLTLAAVLPN LRAGTLQYDP RIYSCTFAQS VSSAYTIAVV VFHFLVPMII VIFCYLRIWI LV LQVRQRV KPDRKPKLKP QDFRNFVTMF VVFVLFAICW APLNFIGLAV ASDPASMVPR IPEWLFVASY YMAYFNSCLN AII YGLLNQ NFRKEYRRII VSLCTARVFF VDSSNDVADR VKWKPSPLMT ENLYFQ |
-分子 #6: N-{2-[(8S)-1,6,7,8-tetrahydro-2H-indeno[5,4-b]furan-8-yl]ethyl}pr...
分子 | 名称: N-{2-[(8S)-1,6,7,8-tetrahydro-2H-indeno[5,4-b]furan-8-yl]ethyl}propanamide タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: JEV |
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分子量 | 理論値: 259.343 Da |
Chemical component information | ChemComp-JEV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |