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- EMDB-30606: Structure of PKD1L3-CTD/PKD2L1 in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30606
タイトルStructure of PKD1L3-CTD/PKD2L1 in apo state
マップデータapo
試料
  • 複合体: Heterotetrameric TRP channel of PKD1L3/PKD2L1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease protein 1-like 3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / cellular response to pH / muscle alpha-actinin binding / cation channel complex / cellular response to acidic pH / non-motile cilium ...detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / cellular response to pH / muscle alpha-actinin binding / cation channel complex / cellular response to acidic pH / non-motile cilium / inorganic cation transmembrane transport / sodium channel activity / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / calcium channel complex / potassium ion transmembrane transport / protein tetramerization / calcium channel activity / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / receptor complex / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Ferredoxin I 4Fe-4S cluster domain / : / Polycystic kidney disease type 2 protein / Polycystin domain / Polycystin domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif ...Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Ferredoxin I 4Fe-4S cluster domain / : / Polycystic kidney disease type 2 protein / Polycystin domain / Polycystin domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycystin-2-like protein 1 / Polycystin-1-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Su Q / Chen M / Li B / Wang Y / Jing D / Zhan X / Yu Y / Shi Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for Ca activation of the heteromeric PKD1L3/PKD2L1 channel.
著者: Qiang Su / Mengying Chen / Yan Wang / Bin Li / Dan Jing / Xiechao Zhan / Yong Yu / Yigong Shi /
要旨: The heteromeric complex between PKD1L3, a member of the polycystic kidney disease (PKD) protein family, and PKD2L1, also known as TRPP2 or TRPP3, has been a prototype for mechanistic characterization ...The heteromeric complex between PKD1L3, a member of the polycystic kidney disease (PKD) protein family, and PKD2L1, also known as TRPP2 or TRPP3, has been a prototype for mechanistic characterization of heterotetrametric TRP-like channels. Here we show that a truncated PKD1L3/PKD2L1 complex with the C-terminal TRP-fold fragment of PKD1L3 retains both Ca and acid-induced channel activities. Cryo-EM structures of this core heterocomplex with or without supplemented Ca were determined at resolutions of 3.1 Å and 3.4 Å, respectively. The heterotetramer, with a pseudo-symmetric TRP architecture of 1:3 stoichiometry, has an asymmetric selectivity filter (SF) guarded by Lys2069 from PKD1L3 and Asp523 from the three PKD2L1 subunits. Ca-entrance to the SF vestibule is accompanied by a swing motion of Lys2069 on PKD1L3. The S6 of PKD1L3 is pushed inward by the S4-S5 linker of the nearby PKD2L1 (PKD2L1-III), resulting in an elongated intracellular gate which seals the pore domain. Comparison of the apo and Ca-loaded complexes unveils an unprecedented Ca binding site in the extracellular cleft of the voltage-sensing domain (VSD) of PKD2L1-III, but not the other three VSDs. Structure-guided mutagenic studies support this unconventional site to be responsible for Ca-induced channel activation through an allosteric mechanism.
履歴
登録2020年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2021年8月25日-
現状2021年8月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d7e
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30606.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30606.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈apo
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.083603255 - 0.1494105
平均 (標準偏差)0.0004213344 (±0.0046920516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 260.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z260.880260.880260.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0840.1490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Heterotetrameric TRP channel of PKD1L3/PKD2L1 complex

全体名称: Heterotetrameric TRP channel of PKD1L3/PKD2L1 complex
要素
  • 複合体: Heterotetrameric TRP channel of PKD1L3/PKD2L1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease protein 1-like 3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Heterotetrameric TRP channel of PKD1L3/PKD2L1 complex

超分子名称: Heterotetrameric TRP channel of PKD1L3/PKD2L1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein

分子名称: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 69.234734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKGSAAATL VSSCCLHICR SIRGLWGTTL TENTAENREL YVKTTLRELV VYIVFLVDI CLLTYGMTSS SAYYYTKVMS ELFLHTPSDS GVSFQTISSM SDFWDFAQGP LLDSLYWTKW YNNQSLGRGS H SFIYYENL ...文字列:
MGSAGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKGSAAATL VSSCCLHICR SIRGLWGTTL TENTAENREL YVKTTLRELV VYIVFLVDI CLLTYGMTSS SAYYYTKVMS ELFLHTPSDS GVSFQTISSM SDFWDFAQGP LLDSLYWTKW YNNQSLGRGS H SFIYYENL LLGAPRLRQL RVRNDSCVVH EDFREDILNC YDVYSPDKED QLPFGPQNGT AWTYHSQNEL GGSSHWGRLT SY SGGGYYL DLPGSRQASA EALQGLQEGL WLDRGTRVVF IDFSVYNANI NLFCILRLVV EFPATGGTIP SWQIRTVKLI RYV NNWDFF IVGCEVVFCV FIFYYVVEEI LEIHLHRLRY LSSVWNILDL VVILLSIVAV GFHIFRTLEV NRLMGKLLQQ PDTY ADFEF LAFWQTQYNN MNAVNLFFAW IKIFKYISFN KTMTQLSSTL ARCAKDILGF AIMFFIVFFA YAQLGYLLFG TQVEN FSTF VKCIFTQFRI ILGDFDYNAI DNANRILGPV YFVTYVFFVF FVLLNMFLAI INDTYSEVKE ELAGQKDQLQ LSDFLK QSY NKTLLRLRLR KERVSDVQKV LKGGEPEIQF EDFTSTLREL G

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分子 #2: Polycystic kidney disease protein 1-like 3

分子名称: Polycystic kidney disease protein 1-like 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 62.541914 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAGDYKDH DGDYKDHDID YKDDDDKGSA AAPIYTAPAM NNLAKPTRKA WKKQLSKLTG GTLVQILFLT LLMTTVYSAK DSSRFFLHR AIWKRFSHRF SEIKTVEDFY PWANGTLLPN LYGDYRGFIT DGNSFLLGNV LIRQTRIPND IFFPGSLHKQ M KSPPQHQE ...文字列:
MGSAGDYKDH DGDYKDHDID YKDDDDKGSA AAPIYTAPAM NNLAKPTRKA WKKQLSKLTG GTLVQILFLT LLMTTVYSAK DSSRFFLHR AIWKRFSHRF SEIKTVEDFY PWANGTLLPN LYGDYRGFIT DGNSFLLGNV LIRQTRIPND IFFPGSLHKQ M KSPPQHQE DRENYGAGWV PPDTNITKVD SIWHYQNQES LGGYPIQGEL ATYSGGGYVV RLGRNHSAAT RVLQHLEQRR WL DHCTKAL FVEFTVFNAN VNLLCAVTLI LESSGVGTFL TSLQLDSLTS LQSSERGFAW IVSQVVYYLL VCYYAFIQGC RLK RQRLAF FTRKRNLLDT SIVLISFSIL GLSMQSLSLL HKKMQQYHCD RDRFISFYEA LRVNSAVTHL RGFLLLFATV RVWD LLRHH AQLQVINKTL SKAWDEVLGF ILIIVVLLSS YAMTFNLLFG WSISDYQSFF RSIVTVVGLL MGTSKHKEVI ALYPI LGSL LVLSSIILMG LVIINLFVSA ILIAFGKERK ACEKEATLTD MLLQKLSSLL GIRLHQNPSE EHADNTG

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 549716
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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