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- EMDB-3057: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiati... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3057
タイトルStructure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex
マップデータReconstruction of mammalian preinitiation complex after focused classification on the eIF3g/i/b peripheral subunits complex of eIF3
試料
  • 試料: Mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29
  • 複合体: 40S small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 3
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 2
  • タンパク質・ペプチド: DHX29
  • タンパク質・ペプチド: eIF1
  • タンパク質・ペプチド: eIF1A
  • RNA: initiator transfer RNA
キーワードeIF3 / eIF3 octamer core / mammalian preinitiation 34S complex / eIF3g/i/b / eIF3d
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / translation activator activity / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex ...viral translational termination-reinitiation / translation activator activity / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / mRNA cap binding / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / ribosomal subunit / metal-dependent deubiquitinase activity / protein-synthesizing GTPase / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / laminin receptor activity / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of translational initiation / ribosomal small subunit binding / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / 90S preribosome / phagocytic cup / regulation of translational fidelity / ribosomal small subunit export from nucleus / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / translation initiation factor binding / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation initiation factor activity / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / ribosome assembly / positive regulation of translation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / helicase activity / PML body / spindle / fibrillar center / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translation / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / RNA helicase activity / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / postsynaptic density / RNA helicase / structural constituent of ribosome / ribosome / cadherin binding / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / apoptotic process / synapse / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase DHX29 / : / : / ATP-dependent RNA helicase DHX29, DSRM-like / ATP-dependent RNA helicase DHX29, UBA domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h ...ATP-dependent RNA helicase DHX29 / : / : / ATP-dependent RNA helicase DHX29, DSRM-like / ATP-dependent RNA helicase DHX29, UBA domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / : / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / 40S ribosomal protein SA / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ubiquitin-like protein FUBI / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS32 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / protein-synthesizing GTPase / Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 ...Small ribosomal subunit protein eS32 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / protein-synthesizing GTPase / Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Small ribosomal subunit protein uS15 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Small ribosomal subunit protein eS7 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / ATP-dependent RNA helicase DHX29 / Small ribosomal subunit protein uS7
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者des-Georges A / Dhote V / Kuhn L / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J / Hashem Y
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex.
著者: Amedee des Georges / Vidya Dhote / Lauriane Kuhn / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank / Yaser Hashem /
要旨: During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of ...During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of messenger RNA and scan along it to the initiation codon. Scanning on structured mRNAs also requires the DExH-box protein DHX29. Mammalian eIF3 contains 13 subunits and participates in nearly all steps of translation initiation. Eight subunits having PCI (proteasome, COP9 signalosome, eIF3) or MPN (Mpr1, Pad1, amino-terminal) domains constitute the structural core of eIF3, to which five peripheral subunits are flexibly linked. Here we present a cryo-electron microscopy structure of eIF3 in the context of the DHX29-bound 43S complex, showing the PCI/MPN core at ∼6 Å resolution. It reveals the organization of the individual subunits and their interactions with components of the 43S complex. We were able to build near-complete polyalanine-level models of the eIF3 PCI/MPN core and of two peripheral subunits. The implications for understanding mRNA ribosomal attachment and scanning are discussed.
履歴
登録2015年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月5日-
マップ公開2015年9月9日-
更新2015年10月7日-
現状2015年10月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a5u
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5a5u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3057_ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mammalian preinitiation complex after focused classification on the eIF3g/i/b peripheral subunits complex of eIF3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 300 pix.
= 498. Å		1.66 Å/pix.
x 300 pix.
= 498. Å		1.66 Å/pix.
x 300 pix.
= 498. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.26261827 - 0.40436754
平均 (標準偏差)0.00070926 (±0.01986324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 498.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z498.000498.000498.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2630.4040.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29

全体名称: Mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29
要素
  • 試料: Mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29
  • 複合体: 40S small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 3
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 2
  • タンパク質・ペプチド: DHX29
  • タンパク質・ペプチド: eIF1
  • タンパク質・ペプチド: eIF1A
  • RNA: initiator transfer RNA

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超分子 #1000: Mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29

超分子名称: Mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 7

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超分子 #1: 40S small ribosomal subunit

超分子名称: 40S small ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: SSU / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: Cytoplasm

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分子 #1: eukaryotic initiation factor 3

分子名称: eukaryotic initiation factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: cytoplasm

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分子 #2: eukaryotic initiation factor 2

分子名称: eukaryotic initiation factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eIF2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: cytoplasm

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分子 #3: DHX29

分子名称: DHX29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: cytoplasm
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pQ31

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分子 #4: eIF1

分子名称: eIF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: cytoplasm
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pQ31

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分子 #5: eIF1A

分子名称: eIF1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: cytoplasm
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pQ31

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分子 #6: initiator transfer RNA

分子名称: initiator transfer RNA / タイプ: rna / ID: 6 / Name.synonym: tRNAiMet / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
日付2013年11月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30120 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 54410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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