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- EMDB-30314: STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF THIORHODOVIBR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30314
タイトルSTRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF THIORHODOVIBRIO STRAIN 970
マップデータ
試料
  • 複合体: light-harvesting-reaction center complex from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 14種
キーワードLH1-RC / PHOTOSYNTHESIS / PURPLE BACTERIA
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Antenna complex alpha/beta subunit / Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Antenna complex alpha/beta subunit / Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex / Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Antenna complex alpha/beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Tani K / Kanno R
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of a Ca-bound photosynthetic LH1-RC complex containing multiple αβ-polypeptides.
著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Yuki Makino / Malgorzata Hall / Mizuki Takenouchi / Michie Imanishi / Long-Jiang Yu / Jörg Overmann / Michael T Madigan / Yukihiro Kimura / Akira Mizoguchi / ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Yuki Makino / Malgorzata Hall / Mizuki Takenouchi / Michie Imanishi / Long-Jiang Yu / Jörg Overmann / Michael T Madigan / Yukihiro Kimura / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: The light-harvesting-reaction center complex (LH1-RC) from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970 exhibits an LH1 absorption maximum at 960 nm, the most red-shifted absorption ...The light-harvesting-reaction center complex (LH1-RC) from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970 exhibits an LH1 absorption maximum at 960 nm, the most red-shifted absorption for any bacteriochlorophyll (BChl) a-containing species. Here we present a cryo-EM structure of the strain 970 LH1-RC complex at 2.82 Å resolution. The LH1 forms a closed ring structure composed of sixteen pairs of the αβ-polypeptides. Sixteen Ca ions are present in the LH1 C-terminal domain and are coordinated by residues from the αβ-polypeptides that are hydrogen-bonded to BChl a. The Ca-facilitated hydrogen-bonding network forms the structural basis of the unusual LH1 redshift. The structure also revealed the arrangement of multiple forms of α- and β-polypeptides in an individual LH1 ring. Such organization indicates a mechanism of interplay between the expression and assembly of the LH1 complex that is regulated through interactions with the RC subunits inside.
履歴
登録2020年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.037
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  • 原子モデル: PDB-7c9r
  • 表面レベル: 0.037
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30314.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.037 / ムービー #1: 0.037
最小 - 最大-0.15866552 - 0.26283836
平均 (標準偏差)-0.00004934072 (±0.008591025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1590.263-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : light-harvesting-reaction center complex from the purple phototro...

全体名称: light-harvesting-reaction center complex from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970
要素
  • 複合体: light-harvesting-reaction center complex from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: L subunit of the reaction center
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial
    • タンパク質・ペプチド: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: LHC domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: Octadecane
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26-undecaene
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

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超分子 #1: light-harvesting-reaction center complex from the purple phototro...

超分子名称: light-harvesting-reaction center complex from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 42.77891 KDa
配列文字列: MKQRNHHALA LLSLGVAAFI TGCDFPPQDV VQTGYRGLGM QQNYNPKLLQ KVIDATQVPD AIPAATPGGA LAKDVYKNVQ VLGDLSVNE FNRTMVALTT WVAPNEGCTY CHEGTNWESD GVYTKIASRR MLEMTRDTNS NWTGHVADTG VTCYTCHRGK P VPEHVWTT ...文字列:
MKQRNHHALA LLSLGVAAFI TGCDFPPQDV VQTGYRGLGM QQNYNPKLLQ KVIDATQVPD AIPAATPGGA LAKDVYKNVQ VLGDLSVNE FNRTMVALTT WVAPNEGCTY CHEGTNWESD GVYTKIASRR MLEMTRDTNS NWTGHVADTG VTCYTCHRGK P VPEHVWTT DPGPDIPSVF PSNGQNTIGY NVAYTALPFD PFTPFLLGEN EIRVSGNTDL RNTNRKSIKQ AEWTFALMTH FS EALGVNC TYCHNSRAFM DWNQSTPKRV PAWHAIRNVR DINIQYVEPL GEVLPASRKG PLGDPFKVNC LTCHQGAYKP LFG VPMAKD YPALYETAAV EEEAPAEAAP AAEAEAAPAE AVPVAEAPAE AAPVEAAPAA EAEAAPAEAA PAAPPVPADR

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

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分子 #2: L subunit of the reaction center

分子名称: L subunit of the reaction center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 30.497693 KDa
配列文字列: MALLNFEKKY RVRGGTLVGG DLFDFWVGPF YVGFFGVSAV FFATLGTMLI LFGAAIGPTL NIWQISIAPP DLSVGLGFAP IREGGLWQV ITICAVGAFV SWALRQVEIA RKLGMGLHVP FAFSFAILAY LTLVFFRPVL LGAWGHAFPY GLFSHLDWVS N VGYQTLHF ...文字列:
MALLNFEKKY RVRGGTLVGG DLFDFWVGPF YVGFFGVSAV FFATLGTMLI LFGAAIGPTL NIWQISIAPP DLSVGLGFAP IREGGLWQV ITICAVGAFV SWALRQVEIA RKLGMGLHVP FAFSFAILAY LTLVFFRPVL LGAWGHAFPY GLFSHLDWVS N VGYQTLHF HYNPAHMLAI SFFFINTLAL AMHGSLILSV VNPQKGEEVK TAEHENTVFR DIVGYSIGAL AIHRLGLFLA IN AAFWSAV CMILTGPFWT RGWPEWWMWW PNLPIW

UniProtKB: Reaction center protein L chain

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分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 36.323215 KDa
配列文字列: MPEYQNIFNK VQVREPAYPG VELPKGSLPR VGKPIFSYWL GKIGDAQIGP LYLGGWGIAS LISGFIALEV IGLNMLASVG WDPRLFLKE FFWLGLEPPP PAYGLSIPPL AEGGWWLIAG LFLTMSLLLW WVRVYKRAKD LGMGTHLSWA FAVAILFFLT L GFIRPVLM ...文字列:
MPEYQNIFNK VQVREPAYPG VELPKGSLPR VGKPIFSYWL GKIGDAQIGP LYLGGWGIAS LISGFIALEV IGLNMLASVG WDPRLFLKE FFWLGLEPPP PAYGLSIPPL AEGGWWLIAG LFLTMSLLLW WVRVYKRAKD LGMGTHLSWA FAVAILFFLT L GFIRPVLM GSWGEAPPFG IFPHLDWTAA ISIRYGNFYY NPFHGLSIAF MYGSAVLFAM HGGTILAVSR YGGDREIDQI TD RGTAAER AMLFWRWCMG FNASMESIHR WAWWFAVFCI INSILGIILT GTVVDNWYLW AVKHGVAPSY PSELTIDNPY LTQ GVAQ

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial

分子名称: Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 28.694848 KDa
配列文字列: MEFGYITQYF DLAQVTLWAF WLSLLSVIFF NRREDKREGY PQEAVQIFGK TILTEGFPFM PAPKTFKLPH NGGDVVKPGP ERPQYDFKL EQVDRFAGAA YRPVGNPMLA GVGPGAYAVR ANKPDLTNAG DPRIVPMRVA KHFAVVDKDP DPRGMTVIGA D GQVGGKVT ...文字列:
MEFGYITQYF DLAQVTLWAF WLSLLSVIFF NRREDKREGY PQEAVQIFGK TILTEGFPFM PAPKTFKLPH NGGDVVKPGP ERPQYDFKL EQVDRFAGAA YRPVGNPMLA GVGPGAYAVR ANKPDLTNAG DPRIVPMRVA KHFAVVDKDP DPRGMTVIGA D GQVGGKVT EIWVDRAEPQ VRYLELEAGN KKKVLVPIAL CVIKGQKREV KVRSINGIHF NDVPTLSNYD QITLAEEDKV SA YYGAGTL YATPNRAESV L

UniProtKB: Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial

+
分子 #5: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

分子名称: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 8.39386 KDa
配列文字列:
MNAKSFDGMH KLWMIMNPVS TLWAIFIFQI FLGLLIHMVV LSSDLNWHDD QIPVGYQLQG ETLPVNLEMK AAQ

UniProtKB: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

+
分子 #6: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.319267 KDa
配列文字列:
MAEKPSTGLT ESEAKEFHGL FMASMTLWFG LVVLAHILSW MYRPWL

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #7: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.305218 KDa
配列文字列:
MAEKSTTGLT EAESKEFHGI FMASMTLWFG LVVLAHILSW LYRPWL

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #8: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 9.233694 KDa
配列文字列:
MSNDNFTGTY KMWMFIDPRR ALLFIASFQI LLGILIHMIV LGSDLNWHSD GIPKFYFPNA AEASAPIDMS PIPSARNFKF D

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #9: LHC domain-containing protein

分子名称: LHC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 8.822363 KDa
配列文字列:
MNAKSFDGMH KLWMIMNPVS TLWAIFIFQI FLGLLIHMVV LSSDLNWHDD QIPVGYQLQG ETLPVNLEMK AALKDAQ

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

+
分子 #10: Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex

分子名称: Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 9.72239 KDa
配列文字列:
MNSDKFAGMY KLWTFIDPRR TLIFIVAFQI MLGILIHMIV LGSDLNWHND GIPRFYSPRP VDVAVGPAGI PLEIPGSPMP QARNYN

UniProtKB: Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex

+
分子 #11: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #13: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 17 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #14: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #15: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 19 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #16: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 36 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #17: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #18: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

+
分子 #19: Octadecane

分子名称: Octadecane / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: 8K6
分子量理論値: 254.494 Da
Chemical component information

ChemComp-8K6:
Octadecane / オクタデカン

+
分子 #20: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #21: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #22: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #23: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~...

分子名称: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26-undecaene
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 17 / 式: H4X
分子量理論値: 600.956 Da
Chemical component information

ChemComp-H4X:
(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26-undecaene / ジメトキシリコペン

+
分子 #24: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 18 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 30.6 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 153004
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 105234
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5y5s


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7c9r:
STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF THIORHODOVIBRIO STRAIN 970

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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