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万見
- EMDB-30058: KCC3 bound with DIOA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30058
タイトルKCC3 bound with DIOA
マップデータcryo_EM map of KCC3 bound with DIOA
試料
  • 複合体: KCC3 bound with DIOA
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 6
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-[[(2~{R})-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-1-oxidanylidene-3~{H}-inden-5-yl]oxy]ethanoic acid
  • リガンド: water
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane ...Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / potassium ion transmembrane transport / cellular response to glucose stimulus / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / angiogenesis / axon / synapse / protein kinase binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
K/Cl co-transporter / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chi XM / Li XR
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of the full-length human KCC2 and KCC3 cation-chloride cotransporters.
著者: Ximin Chi / Xiaorong Li / Yun Chen / Yuanyuan Zhang / Qiang Su / Qiang Zhou /
履歴
登録2020年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6m22
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30058.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo_EM map of KCC3 bound with DIOA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.06867914 - 0.16116068
平均 (標準偏差)0.0000751686 (±0.003172606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 347.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z347.840347.840347.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0690.1610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KCC3 bound with DIOA

全体名称: KCC3 bound with DIOA
要素
  • 複合体: KCC3 bound with DIOA
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 6
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-[[(2~{R})-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-1-oxidanylidene-3~{H}-inden-5-yl]oxy]ethanoic acid
  • リガンド: water

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超分子 #1: KCC3 bound with DIOA

超分子名称: KCC3 bound with DIOA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 6

分子名称: Solute carrier family 12 member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 123.717906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGRMPHFTVT KVEDPEEGAA ASISQEPSLA DIKARIQDSD EPDLSQNSIT GEHSQLLDDG HKKARNAYLN NSNYEEGDE YFDKNLALFE EEMDTRPKVS SLLNRMANYT NLTQGAKEHE EAENITEGKK KPTKTPQMGT FMGVYLPCLQ N IFGVILFL ...文字列:
MADYKDDDDK SGRMPHFTVT KVEDPEEGAA ASISQEPSLA DIKARIQDSD EPDLSQNSIT GEHSQLLDDG HKKARNAYLN NSNYEEGDE YFDKNLALFE EEMDTRPKVS SLLNRMANYT NLTQGAKEHE EAENITEGKK KPTKTPQMGT FMGVYLPCLQ N IFGVILFL RLTWVVGTAG VLQAFAIVLI CCCCTMLTAI SMSAIATNGV VPAGGSYFMI SRALGPEFGG AVGLCFYLGT TF AAAMYIL GAIEIFLVYI VPRAAIFHSD DALKESAAML NNMRVYGTAF LVLMVLVVFI GVRYVNKFAS LFLACVIVSI LAI YAGAIK SSFAPPHFPV CMLGNRTLSS RHIDVCSKTK EINNMTVPSK LWGFFCNSSQ FFNATCDEYF VHNNVTSIQG IPGL ASGII TENLWSNYLP KGEIIEKPSA KSSDVLGSLN HEYVLVDITT SFTLLVGIFF PSVTGIMAGS NRSGDLKDAQ KSIPI GTIL AILTTSFVYL SNVVLFGACI EGVVLRDKFG DAVKGNLVVG TLSWPSPWVI VIGSFFSTCG AGLQSLTGAP RLLQAI AKD NIIPFLRVFG HSKANGEPTW ALLLTAAIAE LGILIASLDL VAPILSMFFL MCYLFVNLAC ALQTLLRTPN WRPRFRY YH WALSFMGMSI CLALMFISSW YYAIVAMVIA GMIYKYIEYQ GAEKEWGDGI RGLSLSAARF ALLRLEEGPP HTKNWRPQ L LVLLKLDEDL HVKHPRLLTF ASQLKAGKGL TIVGSVIVGN FLENYGEALA AEQTIKHLME AEKVKGFCQL VVAAKLREG ISHLIQSCGL GGMKHNTVVM GWPNGWRQSE DARAWKTFIG TVRVTTAAHL ALLVAKNISF FPSNVEQFSE GNIDVWWIVH DGGMLMLLP FLLKQHKVWR KCSIRIFTVA QLEDNSIQMK KDLATFLYHL RIEAEVEVVE MHDSDISAYT YERTLMMEQR S QMLRHMRL SKTERDREAQ LVKDRNSMLR LTSIGSDEDE ETETYQEKVH MTWTKDKYMA SRGQKAKSME GFQDLLNMRP DQ SNVRRMH TAVKLNEVIV NKSHEAKLVL LNMPGPPRNP EGDENYMEFL EVLTEGLERV LLVRGGGSEV ITIYS

UniProtKB: Solute carrier family 12 member 6

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分子 #3: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: 2-[[(2~{R})-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-1-oxidanylid...

分子名称: 2-[[(2~{R})-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-1-oxidanylidene-3~{H}-inden-5-yl]oxy]ethanoic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: EZC
分子量理論値: 399.308 Da
Chemical component information

ChemComp-EZC:
2-[[(2~{R})-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-1-oxidanylidene-3~{H}-inden-5-yl]oxy]ethanoic acid / DIOA

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 40 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 364959
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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