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万見
- EMDB-30022: Structure of cryptochrome in active conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30022
タイトルStructure of cryptochrome in active conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric complex of ZmCRY1c
    • タンパク質・ペプチド: Cryptochrome2
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / blue light photoreceptor activity / nucleobase-containing compound metabolic process / response to stress / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal ...Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Shao K / Zhang X / Zhang P
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: The oligomeric structures of plant cryptochromes.
著者: Kai Shao / Xue Zhang / Xu Li / Yahui Hao / Xiaowei Huang / Miaolian Ma / Minhua Zhang / Fang Yu / Hongtao Liu / Peng Zhang /
要旨: Cryptochromes (CRYs) are a group of evolutionarily conserved flavoproteins found in many organisms. In plants, the well-studied CRY photoreceptor, activated by blue light, plays essential roles in ...Cryptochromes (CRYs) are a group of evolutionarily conserved flavoproteins found in many organisms. In plants, the well-studied CRY photoreceptor, activated by blue light, plays essential roles in plant growth and development. However, the mechanism of activation remains largely unknown. Here, we determined the oligomeric structures of the blue-light-perceiving PHR domain of Zea mays CRY1 and an Arabidopsis CRY2 constitutively active mutant. The structures form dimers and tetramers whose functional importance is examined in vitro and in vivo with Arabidopsis CRY2. Structure-based analysis suggests that blue light may be perceived by CRY to cause conformational changes, whose precise nature remains to be determined, leading to oligomerization that is essential for downstream signaling. This photoactivation mechanism may be widely used by plant CRYs. Our study reveals a molecular mechanism of plant CRY activation and also paves the way for design of CRY as a more efficient optical switch.
履歴
登録2020年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lz3
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30022.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.64 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.64 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.14682937 - 0.28867164
平均 (標準偏差)0.0006474543 (±0.008206731)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.640254.640254.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ107107101
NX/NY/NZ267267267
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1470.2890.001

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_30022_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_30022_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric complex of ZmCRY1c

全体名称: Tetrameric complex of ZmCRY1c
要素
  • 複合体: Tetrameric complex of ZmCRY1c
    • タンパク質・ペプチド: Cryptochrome2
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: Tetrameric complex of ZmCRY1c

超分子名称: Tetrameric complex of ZmCRY1c / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Cryptochrome2

分子名称: Cryptochrome2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
分子量理論値: 77.609125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRIVVWFRRD LRVEDNPALA AAARAGGEVV PAYVWSPEEE GPYYPGRVSR WWISQSLNHL DASLRRLGAG KLVTRRSADA AVALLQLVR DTGATHVYFN HLYDPISLVR DRRLKEMLAA EGIVVQSFNS DLLYEPWEVV DDEGQPFTMF DPFWNRCLSM P YDPPAPLL ...文字列:
MRIVVWFRRD LRVEDNPALA AAARAGGEVV PAYVWSPEEE GPYYPGRVSR WWISQSLNHL DASLRRLGAG KLVTRRSADA AVALLQLVR DTGATHVYFN HLYDPISLVR DRRLKEMLAA EGIVVQSFNS DLLYEPWEVV DDEGQPFTMF DPFWNRCLSM P YDPPAPLL PPKRINSGDL SMCPSEDLIF EDESERGSNA LLARAWTPGW QNADKALTAF LNGPLADYSV NRKKADSAST SL LSPHLHF GELSVRKVFH LVRMKQLVWS NEGNHAAEES CTLFLRSIGL REYSRYLSFN HPSSHERPLL AHLRFFPWVV DES YFKIWR QGRTGYPLVD AGMRELWATG WLHDRIRVVV ASFFVKVLQL PARWGMKYFW DTLLDADLES DALGWQYITG SLPD GRELD RIDNPQFEGY KFDPHGEYVR RWIPELARLP TEWIHHPWDA PVSVLQAAGI ELGSNYPLPI VELDAAKGRL QAALS EMWQ LEAASRATMN NGTEEGLGDS SEVLFPQELQ MEVDRQPAPA EAAANVHVHV PMPARRRGDQ MVPTMTTSSL NRAGTE VSA DLVVANSEEE DTRAQVPFHA HLHLHPRAEA PPAARRTNNG ARQHDVFQQR RNHRRDALLA PSASEASSSW TGREGAV VP VWSPPAASGH SDAFAADEAD VSSRSYLGRH PQSHRLMNWS QLSQSS

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分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108059
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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