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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28405 | |||||||||
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タイトル | Pseudomonas phage E217 baseplate complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Pseudomonas / phage / baseplate / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Phage spike trimer / Phage spike trimer / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / Vgr protein, OB-fold domain superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Li F / Cingolani G / Hou C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217. 著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani / 要旨: E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28405.map.gz | 225.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28405-v30.xml emd-28405.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28405_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28405.png | 107.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28405.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_28405_half_map_1.map.gz emd_28405_half_map_2.map.gz | 193.5 MB 193.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28405 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28405 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28405_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28405_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Pseudomonas phage vB_PaeM_E217
+超分子 #1: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217
+分子 #1: Baseplate component gp33
+分子 #2: Baseplate component gp34
+分子 #3: Baseplate component gp36
+分子 #4: Triplex gp44-b
+分子 #5: Triplex gp45
+分子 #6: Baseplate component gp37
+分子 #7: Baseplate component gp38
+分子 #8: Baseplate hub gp41
+分子 #9: Baseplate spike gp43
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |