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- EMDB-2818: Dengue virus serotype 2 with Fab fragments of human antibody B7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2818
タイトルDengue virus serotype 2 with Fab fragments of human antibody B7
マップデータReconstruction of Dengue Virus Serotype 2 in complex with Human Antibody B7 Fab Fragment.
試料
  • 試料: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus
  • ウイルス: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: FAB
キーワードdengue virus / human monoclonal antibody / potent broad neutralization / E-dimer Dependent epitope
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.24 Å
データ登録者Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Supasa S / Zhang X / Dai X / Rouvinsky A / Jumnainsong A / Edwards C / Quyen NT / Duangchinda T ...Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Supasa S / Zhang X / Dai X / Rouvinsky A / Jumnainsong A / Edwards C / Quyen NT / Duangchinda T / Grimes JM / Tsai WY / Lai CY / Wang WK / Malasit P / Farrar J / Simmons CP / Zhou ZH / Rey FA / Mongkolsapaya J / Screaton GR
引用
ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2015
タイトル: A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus.
著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya Duangchinda / Jonathan M Grimes / Wen-Yang Tsai / Chih-Yun Lai / Wei-Kung Wang / Prida Malasit / Jeremy Farrar / Cameron P Simmons / Z Hong Zhou / Felix A Rey / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton /
要旨: Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal ...Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal antibodies (mAbs) and identified a previously unknown epitope, the envelope dimer epitope (EDE), that bridges two envelope protein subunits that make up the 90 repeating dimers on the mature virion. The mAbs to EDE were broadly reactive across the dengue serocomplex and fully neutralized virus produced in either insect cells or primary human cells, with 50% neutralization in the low picomolar range. Our results provide a path to a subunit vaccine against dengue virus and have implications for the design and monitoring of future vaccine trials in which the induction of antibody to the EDE should be prioritized.
#1: ジャーナル: NATURE
タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses
著者: Rouvinski A / Guardado-Calvo P / Barba-Spaeth G / Duquerroy S / Vaney MC / Kikuti CM / Navarro Sanchez E / Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Haouz A / Girard-Blanc C / Petres S / England P / ...著者: Rouvinski A / Guardado-Calvo P / Barba-Spaeth G / Duquerroy S / Vaney MC / Kikuti CM / Navarro Sanchez E / Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Haouz A / Girard-Blanc C / Petres S / England P / Supasa S / Shepard WE / Duangchinda T / Siridechadilok B / Despres P / Arenzana-Seisdedos F / Dussart P / Mongkolsapaya J / Screaton GR / Rey FA
履歴
登録2014年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月10日-
マップ公開2014年12月10日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-2818.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Dengue Virus Serotype 2 in complex with Human Antibody B7 Fab Fragment.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.56 Å/pix.
x 320 pix.
= 819.2 Å		2.56 Å/pix.
x 320 pix.
= 819.2 Å		2.56 Å/pix.
x 320 pix.
= 819.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.56 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-8.33887768 - 14.047575950000001
平均 (標準偏差)0.00544979 (±0.94821829)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 819.19995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.562.562.56
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z819.200819.200819.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-8.33914.0480.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus

全体名称: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus
要素
  • 試料: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus
  • ウイルス: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: FAB

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超分子 #1000: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus

超分子名称: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Dengue virus 2

超分子名称: Dengue virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 11060 / 生物種: Dengue virus 2 / Sci species strain: NGC / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 500 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: FAB

分子名称: FAB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッド詳細: 200 mesh quantifoil 2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年6月9日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 実像数: 1000 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Every image is the average of 25 frames recorded by the direct electron detector
ビット/ピクセル: 32
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Relion, EMAN2 / 使用した粒子像数: 8000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j27


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F
ソフトウェア名称: UCSF Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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