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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2818 | |||||||||
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タイトル | Dengue virus serotype 2 with Fab fragments of human antibody B7 | |||||||||
![]() | Reconstruction of Dengue Virus Serotype 2 in complex with Human Antibody B7 Fab Fragment. | |||||||||
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![]() | dengue virus / human monoclonal antibody / potent broad neutralization / E-dimer Dependent epitope | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.24 Å | |||||||||
![]() | Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Supasa S / Zhang X / Dai X / Rouvinsky A / Jumnainsong A / Edwards C / Quyen NT / Duangchinda T ...Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Supasa S / Zhang X / Dai X / Rouvinsky A / Jumnainsong A / Edwards C / Quyen NT / Duangchinda T / Grimes JM / Tsai WY / Lai CY / Wang WK / Malasit P / Farrar J / Simmons CP / Zhou ZH / Rey FA / Mongkolsapaya J / Screaton GR | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus. 著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya Duangchinda / Jonathan M Grimes / Wen-Yang Tsai / Chih-Yun Lai / Wei-Kung Wang / Prida Malasit / Jeremy Farrar / Cameron P Simmons / Z Hong Zhou / Felix A Rey / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal ...Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal antibodies (mAbs) and identified a previously unknown epitope, the envelope dimer epitope (EDE), that bridges two envelope protein subunits that make up the 90 repeating dimers on the mature virion. The mAbs to EDE were broadly reactive across the dengue serocomplex and fully neutralized virus produced in either insect cells or primary human cells, with 50% neutralization in the low picomolar range. Our results provide a path to a subunit vaccine against dengue virus and have implications for the design and monitoring of future vaccine trials in which the induction of antibody to the EDE should be prioritized. #1: ![]() タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses 著者: Rouvinski A / Guardado-Calvo P / Barba-Spaeth G / Duquerroy S / Vaney MC / Kikuti CM / Navarro Sanchez E / Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Haouz A / Girard-Blanc C / Petres S / England P / ...著者: Rouvinski A / Guardado-Calvo P / Barba-Spaeth G / Duquerroy S / Vaney MC / Kikuti CM / Navarro Sanchez E / Dejnirattisai W / Wongwiwat W / Haouz A / Girard-Blanc C / Petres S / England P / Supasa S / Shepard WE / Duangchinda T / Siridechadilok B / Despres P / Arenzana-Seisdedos F / Dussart P / Mongkolsapaya J / Screaton GR / Rey FA | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 364 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 318.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 317.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of Dengue Virus Serotype 2 in complex with Human Antibody B7 Fab Fragment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.56 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus
全体 | 名称: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus |
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要素 |
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-超分子 #1000: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus
超分子 | 名称: Fab Fragment of human antibody to Dengue 2 virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Dengue virus 2
超分子 | 名称: Dengue virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 11060 / 生物種: Dengue virus 2 / Sci species strain: NGC / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 500 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: FAB
分子 | 名称: FAB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
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グリッド | 詳細: 200 mesh quantifoil 2/2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2014年6月9日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 実像数: 1000 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: Every image is the average of 25 frames recorded by the direct electron detector ビット/ピクセル: 32 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each Particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Relion, EMAN2 / 使用した粒子像数: 8000 |
FSC曲線 (解像度の算出) | ![]() |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross coefficient |