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- EMDB-2523: Structure of the mammalian oligosaccharyl-transferase complex in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2523
タイトルStructure of the mammalian oligosaccharyl-transferase complex in the native ER protein translocon
マップデータReconstruction was masked
試料
  • 試料: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating wheat germ 80S ribosome
  • 複合体: Triticum aestivum 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sec61
  • タンパク質・ペプチド: Oligosaccharyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Translocon-Associated Protein omplex
キーワードCo-translational protein translocation / N-Glycosylation
生物種Triticum aestivum (コムギ) / Canis lupus familiaris (イヌ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å
データ登録者Pfeffer S / Dudek J / Gogala M / Schorr S / Linxweiler J / Lang S / Becker T / Beckmann R / Zimmermann F
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structure of the mammalian oligosaccharyl-transferase complex in the native ER protein translocon.
著者: Stefan Pfeffer / Johanna Dudek / Marko Gogala / Stefan Schorr / Johannes Linxweiler / Sven Lang / Thomas Becker / Roland Beckmann / Richard Zimmermann / Friedrich Förster /
要旨: In mammalian cells, proteins are typically translocated across the endoplasmic reticulum (ER) membrane in a co-translational mode by the ER protein translocon, comprising the protein-conducting ...In mammalian cells, proteins are typically translocated across the endoplasmic reticulum (ER) membrane in a co-translational mode by the ER protein translocon, comprising the protein-conducting channel Sec61 and additional complexes involved in nascent chain processing and translocation. As an integral component of the translocon, the oligosaccharyl-transferase complex (OST) catalyses co-translational N-glycosylation, one of the most common protein modifications in eukaryotic cells. Here we use cryoelectron tomography, cryoelectron microscopy single-particle analysis and small interfering RNA-mediated gene silencing to determine the overall structure, oligomeric state and position of OST in the native ER protein translocon of mammalian cells in unprecedented detail. The observed positioning of OST in close proximity to Sec61 provides a basis for understanding how protein translocation into the ER and glycosylation of nascent proteins are structurally coupled. The overall spatial organization of the native translocon, as determined here, serves as a reliable framework for further hypothesis-driven studies.
履歴
登録2013年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月18日-
マップ公開2014年1月22日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2423.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 804.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction was masked
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 600 pix.
= 742.44 Å		1.24 Å/pix.
x 600 pix.
= 742.44 Å		1.24 Å/pix.
x 600 pix.
= 742.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2374 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.41137141 - 0.9818064
平均 (標準偏差)0.00244991 (±0.03538019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-300-300-299
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 742.44006 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23741.23741.2374
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z742.440742.440742.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-300-299
NX/NY/NZ600600600
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-300-300-299
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.4110.9820.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating whe...

全体名称: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating wheat germ 80S ribosome
要素
  • 試料: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating wheat germ 80S ribosome
  • 複合体: Triticum aestivum 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sec61
  • タンパク質・ペプチド: Oligosaccharyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Translocon-Associated Protein omplex

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超分子 #1000: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating whe...

超分子名称: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating wheat germ 80S ribosome
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One 80S ribosome binds one Sec61, one OST and one TRAP
Number unique components: 4

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超分子 #1: Triticum aestivum 80S ribosome

超分子名称: Triticum aestivum 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Wheat germ 80S ribosome / 詳細: Data-subset resulted from computational sorting / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Wheat Germ

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分子 #1: Sec61

分子名称: Sec61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog

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分子 #2: Oligosaccharyltransferase

分子名称: Oligosaccharyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: OST / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog

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分子 #3: Translocon-Associated Protein omplex

分子名称: Translocon-Associated Protein omplex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TRAP / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 30 mM Hepes/KOH 7.6, 10 mM Mg(OAc)2, 180 mM KOAC/HAc pH 7.6, 0.3 % Digitonin, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil grids pre-coated with 2 nm carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2011年7月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 6119 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 148721 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using SIGNATURE, classified using MAPPOS and processed with SPIDER
CTF補正詳細: On 3D-volume (SPIDER)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, Signature, MAPPOS
詳細: This datasubset resulted from computational sorting.
使用した粒子像数: 15705

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wwb

ソフトウェア名称: Chimera, Coot, MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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