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- EMDB-2519: Stalled mammalian ribosome bound to canine pancreatic microsomes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2519
タイトルStalled mammalian ribosome bound to canine pancreatic microsomes
マップデータRibosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated with rabbit ribosomes, stalled on the CMV regulatory peptide.
試料
  • 試料: Ribosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated with rabbit ribosomes, stalled on the CMV regulatory peptide.
  • 複合体: ER membrane-associated 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: ER protein translocon
キーワードendoplasmic reticulum / translocon / ribosome / oligosaccharyltransferase / OST / protein-conducting channel / Sec61 / translocon-associated protein complex / TRAP
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Canis lupus familiaris (イヌ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Pfeffer S / Dudek J / Gogala M / Schorr S / Linxweiler J / Lang S / Becker T / Beckmann R / Zimmermann R / Foerster F
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structure of the mammalian oligosaccharyl-transferase complex in the native ER protein translocon.
著者: Stefan Pfeffer / Johanna Dudek / Marko Gogala / Stefan Schorr / Johannes Linxweiler / Sven Lang / Thomas Becker / Roland Beckmann / Richard Zimmermann / Friedrich Förster /
要旨: In mammalian cells, proteins are typically translocated across the endoplasmic reticulum (ER) membrane in a co-translational mode by the ER protein translocon, comprising the protein-conducting ...In mammalian cells, proteins are typically translocated across the endoplasmic reticulum (ER) membrane in a co-translational mode by the ER protein translocon, comprising the protein-conducting channel Sec61 and additional complexes involved in nascent chain processing and translocation. As an integral component of the translocon, the oligosaccharyl-transferase complex (OST) catalyses co-translational N-glycosylation, one of the most common protein modifications in eukaryotic cells. Here we use cryoelectron tomography, cryoelectron microscopy single-particle analysis and small interfering RNA-mediated gene silencing to determine the overall structure, oligomeric state and position of OST in the native ER protein translocon of mammalian cells in unprecedented detail. The observed positioning of OST in close proximity to Sec61 provides a basis for understanding how protein translocation into the ER and glycosylation of nascent proteins are structurally coupled. The overall spatial organization of the native translocon, as determined here, serves as a reliable framework for further hypothesis-driven studies.
履歴
登録2013年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月4日-
マップ公開2014年1月15日-
更新2016年3月2日-
現状2016年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.49
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.49
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2519.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ribosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated with rabbit ribosomes, stalled on the CMV regulatory peptide.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.88 Å/pix.
x 200 pix.
= 576. Å		2.88 Å/pix.
x 200 pix.
= 576. Å		2.88 Å/pix.
x 200 pix.
= 576. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.49 / ムービー #1: 1.49
最小 - 最大-7.01099348 - 9.998406409999999
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 576.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.882.882.88
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z576.000576.000576.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-7.0119.998-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated wit...

全体名称: Ribosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated with rabbit ribosomes, stalled on the CMV regulatory peptide.
要素
  • 試料: Ribosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated with rabbit ribosomes, stalled on the CMV regulatory peptide.
  • 複合体: ER membrane-associated 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: ER protein translocon

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超分子 #1000: Ribosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated wit...

超分子名称: Ribosome-stripped canine pancreatic microsomes were populated with rabbit ribosomes, stalled on the CMV regulatory peptide.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: ER membrane-associated 80S ribosome

超分子名称: ER membrane-associated 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 細胞: Reticulocyte / 細胞中の位置: Cytosol

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分子 #1: ER protein translocon

分子名称: ER protein translocon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
グリッド詳細: Lacey carbon molybdenum grid
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年8月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 60 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Candidate particles were localized using template matching and classified using constrained principal component analysis focusing on the large ribosomal subunit and the ER membrane. At the selected coordinates, unbinned subtomograms were reconstructed individually from the weighted back-projections and aligned to a template.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: av3, tom, PyTom / 使用したサブトモグラム数: 2896
CTF補正詳細: micrograph

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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