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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25186 | ||||||||||||
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タイトル | Asymmetric reconstruction of membrane-bound HIV Env from virus-like particles | ||||||||||||
![]() | Asymmetric reconstruction of HIV Env glycoprotein (ADA.CM.v4) on virus-like particle membrane | ||||||||||||
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![]() | HIV-1 / envelope protein / glycoprotein / Env / membrane bound / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.67 Å | ||||||||||||
![]() | Mangala Prasad V / Lee KK | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-ET of Env on intact HIV virions reveals structural variation and positioning on the Gag lattice. 著者: Vidya Mangala Prasad / Daniel P Leaman / Klaus N Lovendahl / Jacob T Croft / Mark A Benhaim / Edgar A Hodge / Michael B Zwick / Kelly K Lee / ![]() 要旨: HIV-1 Env mediates viral entry into host cells and is the sole target for neutralizing antibodies. However, Env structure and organization in its native virion context has eluded detailed ...HIV-1 Env mediates viral entry into host cells and is the sole target for neutralizing antibodies. However, Env structure and organization in its native virion context has eluded detailed characterization. Here, we used cryo-electron tomography to analyze Env in mature and immature HIV-1 particles. Immature particles showed distinct Env positioning relative to the underlying Gag lattice, providing insights into long-standing questions about Env incorporation. A 9.1-Å sub-tomogram-averaged reconstruction of virion-bound Env in conjunction with structural mass spectrometry revealed unexpected features, including a variable central core of the gp41 subunit, heterogeneous glycosylation between protomers, and a flexible stalk that allows Env tilting and variable exposure of neutralizing epitopes. Together, our results provide an integrative understanding of HIV assembly and structural variation in Env antigen presentation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 535.8 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 70.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 367.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Asymmetric reconstruction of HIV Env glycoprotein (ADA.CM.v4) on virus-like particle membrane | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human immunodeficiency virus 1
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: HIV-1 ADA.CM Env glycoprotein displayed on high Env expressing VLPs NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Outer membrane envelope / 直径: 1000.0 Å |
-分子 #1: HIV Envelope glycoprotein
分子 | 名称: HIV Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ADA.CM |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARTEKLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDAKAYDTEV HNVWATHACV PTDPNPQEVV LENVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTDLR NVTNSSSEGM RGEIKNCSFN ITTSIRDKVK ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARTEKLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDAKAYDTEV HNVWATHACV PTDPNPQEVV LENVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTDLR NVTNSSSEGM RGEIKNCSFN ITTSIRDKVK KDYALFYRLD VVPIDNDNTS YRLINCNTST ITQACPKVSF EPIPIHYCTP AGFAILKCKD KKFNGTGPCK NVSTVQCTHG IRPVVSTQLL LNGSLAEEEV VIRSSNFTDN AKNIIVQLKE SVEINCTRPN NNTRKSIHIG PGRAFYTTGE IIGDIRQAHC NISRTKWNNT LNQIATKLKE QFGNNKTIVF NQSSGGDPEI VMHSFNCGGE FFYCNSTQLF NSTWNFNGTW NLTQSNGTEG NDTITLPCRI KQIINMWQEV GKAMYAPPIR GQIRCSSNIT GLILTRDGGT NSSGSEIFRP GGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTK AKRRVVQREK RAVGTIGAMF LGFLGAAGST MGAASMTLTV QARQLLSGIV QQQNNLLRAI EAQQHLLQLT VWGIRQLQAR VLAVERYLRD QQLLGIWGCS GKLICTTAVP WNASWSNKSL EQIWNNMTWM EWDREINNYT SLIHSLIEEA QNQQEKNEQE LLELDKWASL WNWFNITNWL WYIKLFIMIV GGLVGLRIVF AVLSIVNRVR QGYSPLSFQT HLPTPRGPDR PEGIEEEGGE RDRDRSIRLV NGFLAL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: Phosphate buffer saline / 詳細: 1X PBS at pH 7.4 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3ul sample, blotting time of 4-5 seconds. |
詳細 | VLP particles displaying nearly full-length Env glycoprotein on membrane surface |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 58000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |