[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3sn9: Fic protein from NEISSERIA MENINGITIDIS mutant S182A/E186A in com... -
+
Open data
-
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3sn9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Fic protein from NEISSERIA MENINGITIDIS mutant S182A/E186A in complex with AMPPNP | ||||||
Components | Cell filamentation protein Fic-related protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / AMPylation / adenylylation | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationAMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / protein homodimerization activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Neisseria meningitidis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.03 Å | ||||||
Authors | Goepfert, A. / Stanger, F. / Schirmer, T. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012Title: Adenylylation control by intra- or intermolecular active-site obstruction in Fic proteins. Authors: Engel, P. / Goepfert, A. / Stanger, F.V. / Harms, A. / Schmidt, A. / Schirmer, T. / Dehio, C. | ||||||
| History |
|
-
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
Downloads & links
-
Download
| PDBx/mmCIF format | 3sn9.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3sn9.ent.gz | 878 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3sn9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3sn9_validation.pdf.gz | 5.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3sn9_full_validation.pdf.gz | 5.3 MB | Display | |
| Data in XML | 3sn9_validation.xml.gz | 103.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 3sn9_validation.cif.gz | 120.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sn9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3s6aC ![]() 3se5C ![]() 3shgC ![]() 2g03S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 13 - 170 / Label seq-ID: 10 - 167
|
-
Components
| #1: Protein | Mass: 22049.115 Da / Num. of mol.: 16 / Mutation: S182A, E186A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis (bacteria) / Strain: serogroup B / Gene: NMB0255 / Plasmid: pRSFDuet1 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-ANP / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.07 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 21% PEG3350, 0.2 M di-ammonium tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Number: 222147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.02→87.07 Å / Num. obs: 58488 / % possible obs: 88.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 6.9449 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
| Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 2g03 Resolution: 3.03→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 47.919 / SU ML: 0.386 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.491 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 60.96 Å2 / Biso mean: 65.684 Å2 / Biso min: 21.13 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.03→15 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 1911 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Neisseria meningitidis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation













PDBj




















