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万見
- EMDB-2494: Substrate Recruitment Pathways in the Yeast Exosome by Electron M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2494
タイトルSubstrate Recruitment Pathways in the Yeast Exosome by Electron Microscopy
マップデータExosome incubated with ssRNA(14 nucleotides in length)
試料
  • 試料: Rrp44-Exosome incubated with RNA14
  • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • RNA: x 1種
キーワードexosome / RNA degradation route
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Liu J-J / Bratkowski MA / Liu XQ / Niu C-Y / Ke AL / Wang H-W
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014
タイトル: Visualization of distinct substrate-recruitment pathways in the yeast exosome by EM.
著者: Jun-Jie Liu / Matthew A Bratkowski / Xueqi Liu / Chu-Ya Niu / Ailong Ke / Hong-Wei Wang /
要旨: The eukaryotic exosome is a multisubunit complex typically composed of a catalytically inactive core and the Rrp44 protein, which contains 3'-to-5' exo- and endo-RNase activities. RNA substrates have ...The eukaryotic exosome is a multisubunit complex typically composed of a catalytically inactive core and the Rrp44 protein, which contains 3'-to-5' exo- and endo-RNase activities. RNA substrates have been shown to be recruited through the core to reach Rrp44's exo-RNase (EXO) site. Using single-particle EM and biochemical analysis, we provide visual evidence that two distinct substrate-recruitment pathways exist. In the through-core route, channeling of the single-stranded substrates from the core to Rrp44 induces a characteristic conformational change in Rrp44. In the alternative direct-access route, this conformational change does not take place, and the RNA substrate is visualized to avoid the core and enter Rrp44's EXO site directly. Our results provide mechanistic explanations for several RNA processing scenarios by the eukaryotic exosome and indicate substrate-specific modes of degradation by this complex.
履歴
登録2013年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月30日-
マップ公開2013年12月25日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2494-RNA14-R...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Exosome incubated with ssRNA(14 nucleotides in length)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.4 Å/pix.
x 90 pix.
= 396. Å		4.4 Å/pix.
x 90 pix.
= 396. Å		4.4 Å/pix.
x 90 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 4.89 / ムービー #1: 4.89
最小 - 最大-9.55493736 - 23.383476259999998
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999934)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.44.44.4
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.000396.000396.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-9.55523.383-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rrp44-Exosome incubated with RNA14

全体名称: Rrp44-Exosome incubated with RNA14
要素
  • 試料: Rrp44-Exosome incubated with RNA14
  • タンパク質・ペプチド: Rrp44
  • タンパク質・ペプチド: Rrp43
  • タンパク質・ペプチド: Rrp4
  • タンパク質・ペプチド: Csl4
  • タンパク質・ペプチド: Rrp45
  • タンパク質・ペプチド: Rrp46-TAP
  • タンパク質・ペプチド: Rrp41
  • タンパク質・ペプチド: Rrp42
  • タンパク質・ペプチド: Mtr3
  • タンパク質・ペプチド: Rrp40
  • RNA: RNA14

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超分子 #1000: Rrp44-Exosome incubated with RNA14

超分子名称: Rrp44-Exosome incubated with RNA14 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 11
分子量実験値: 350 KDa / 手法: Mass spectrum

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分子 #1: Rrp44

分子名称: Rrp44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 110 KDa

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分子 #2: Rrp43

分子名称: Rrp43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 40 KDa

+
分子 #3: Rrp4

分子名称: Rrp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 40 KDa

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分子 #4: Csl4

分子名称: Csl4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 30 KDa

+
分子 #5: Rrp45

分子名称: Rrp45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 30 KDa

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分子 #6: Rrp46-TAP

分子名称: Rrp46-TAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 30 KDa

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分子 #7: Rrp41

分子名称: Rrp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 30 KDa

+
分子 #8: Rrp42

分子名称: Rrp42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 30 KDa

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分子 #9: Mtr3

分子名称: Mtr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 30 KDa

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分子 #10: Rrp40

分子名称: Rrp40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 30 KDa

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分子 #11: RNA14

分子名称: RNA14 / タイプ: rna / ID: 11 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 3.5 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 150mM NaCl, 50mM Tris-HCL,1mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: All samples were diluted at a final concentration of ~80 nM of the exosome in the non-digestive buffer and negatively stained in 2% (w/v) uranyl acetate solution following the standard deep ...詳細: All samples were diluted at a final concentration of ~80 nM of the exosome in the non-digestive buffer and negatively stained in 2% (w/v) uranyl acetate solution following the standard deep stain procedure on holey-carbon coated EM copper grids covered with a thin layer of continuous carbon
グリッド詳細: 300 mesh continus carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 300 / 平均電子線量: 30 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 26050
最終 角度割当詳細: SPIDER: theta 90 degrees, phi 359.9 degrees

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ifd


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: J / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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