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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2490 | |||||||||
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タイトル | Structure of the 39S Large Subunit of the Mammalian Mitochondrial Ribosome | |||||||||
マップデータ | Structure of the 39S Large Subunit of the Mammalian Mitochondrial Ribosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | mammalian mitochondrial ribosome / 39S large ribosomal subunit / translation / ribosomal proteins / rRNA / polypeptide exit site / membrane association | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / translation release factor activity / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / microprocessor complex / ribosomal subunit / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / translation release factor activity / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / microprocessor complex / ribosomal subunit / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial translation / organelle membrane / RNA processing / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa domesticus (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Greber BJ / Boehringer D / Leitner A / Bieri P / Voigts-Hoffmann F / Erzberger JP / Leibundgut M / Aebersold R / Ban N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Architecture of the large subunit of the mammalian mitochondrial ribosome. 著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Felix Voigts-Hoffmann / Jan P Erzberger / Marc Leibundgut / Ruedi Aebersold / Nenad Ban / 要旨: Mitochondrial ribosomes synthesize a number of highly hydrophobic proteins encoded on the genome of mitochondria, the organelles in eukaryotic cells that are responsible for energy conversion by ...Mitochondrial ribosomes synthesize a number of highly hydrophobic proteins encoded on the genome of mitochondria, the organelles in eukaryotic cells that are responsible for energy conversion by oxidative phosphorylation. The ribosomes in mammalian mitochondria have undergone massive structural changes throughout their evolution, including ribosomal RNA shortening and acquisition of mitochondria-specific ribosomal proteins. Here we present the three-dimensional structure of the 39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome determined by cryo-electron microscopy at 4.9 Å resolution. The structure, combined with data from chemical crosslinking and mass spectrometry experiments, reveals the unique features of the 39S subunit at near-atomic resolution and provides detailed insight into the architecture of the polypeptide exit site. This region of the mitochondrial ribosome has been considerably remodelled compared to its bacterial counterpart, providing a specialized platform for the synthesis and membrane insertion of the highly hydrophobic protein components of the respiratory chain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2490.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2490-v30.xml emd-2490.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2490-image_EMDB_ray_500px.png | 129.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2490 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2490 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2490_validation.pdf.gz | 331 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2490_full_validation.pdf.gz | 330.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2490_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2490 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2490 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the 39S Large Subunit of the Mammalian Mitochondrial Ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome
全体 | 名称: 39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: 39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome
超分子 | 名称: 39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 1.6 MDa |
-超分子 #1: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome
超分子 | 名称: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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Ref GO | 0: GO:0005761 |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 別称: domestic pig / 組織: Liver / Organelle: Mitochondrion |
分子量 | 理論値: 1.6 MDa |