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- EMDB-2479: Electron microscopy structure of the Drosophila origin recognitio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2479
タイトルElectron microscopy structure of the Drosophila origin recognition complex
マップデータReconstruction of Drosophila ORC in presence of 1mM ATPgS
試料
  • 試料: Drosophila origin recognition complex with ATPgS
  • タンパク質・ペプチド: Orc6
  • タンパク質・ペプチド: Orc5
  • タンパク質・ペプチド: Orc4
  • タンパク質・ペプチド: Orc3
  • タンパク質・ペプチド: Orc2
  • タンパク質・ペプチド: Orc1
キーワードorigin recognition complex / DNA replication initiation
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Bleichert F / Balasov M / Chesnokov I / Nogales E / Botchan MR / Berger JM
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: A Meier-Gorlin syndrome mutation in a conserved C-terminal helix of Orc6 impedes origin recognition complex formation.
著者: Franziska Bleichert / Maxim Balasov / Igor Chesnokov / Eva Nogales / Michael R Botchan / James M Berger /
要旨: In eukaryotes, DNA replication requires the origin recognition complex (ORC), a six-subunit assembly that promotes replisome formation on chromosomal origins. Despite extant homology between certain ...In eukaryotes, DNA replication requires the origin recognition complex (ORC), a six-subunit assembly that promotes replisome formation on chromosomal origins. Despite extant homology between certain subunits, the degree of structural and organizational overlap between budding yeast and metazoan ORC has been unclear. Using 3D electron microscopy, we determined the subunit organization of metazoan ORC, revealing that it adopts a global architecture very similar to the budding yeast complex. Bioinformatic analysis extends this conservation to Orc6, a subunit of somewhat enigmatic function. Unexpectedly, a mutation in the Orc6 C-terminus linked to Meier-Gorlin syndrome, a dwarfism disorder, impedes proper recruitment of Orc6 into ORC; biochemical studies reveal that this region of Orc6 associates with a previously uncharacterized domain of Orc3 and is required for ORC function and MCM2-7 loading in vivo. Together, our results suggest that Meier-Gorlin syndrome mutations in Orc6 impair the formation of ORC hexamers, interfering with appropriate ORC functions. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00882.001.
履歴
登録2013年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月9日-
マップ公開2013年10月30日-
更新2013年10月30日-
現状2013年10月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2479.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Drosophila ORC in presence of 1mM ATPgS
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.36 Å/pix.
x 80 pix.
= 348.8 Å		4.36 Å/pix.
x 80 pix.
= 348.8 Å		4.36 Å/pix.
x 80 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-9.22742558 - 18.94441986
平均 (標準偏差)0.00002795 (±0.9999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.364.364.36
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-9.22718.9440.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila origin recognition complex with ATPgS

全体名称: Drosophila origin recognition complex with ATPgS
要素
  • 試料: Drosophila origin recognition complex with ATPgS
  • タンパク質・ペプチド: Orc6
  • タンパク質・ペプチド: Orc5
  • タンパク質・ペプチド: Orc4
  • タンパク質・ペプチド: Orc3
  • タンパク質・ペプチド: Orc2
  • タンパク質・ペプチド: Orc1

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超分子 #1000: Drosophila origin recognition complex with ATPgS

超分子名称: Drosophila origin recognition complex with ATPgS / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: heterohexamer / Number unique components: 6
分子量理論値: 390 KDa

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分子 #1: Orc6

分子名称: Orc6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High5

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分子 #2: Orc5

分子名称: Orc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High5

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分子 #3: Orc4

分子名称: Orc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High5

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分子 #4: Orc3

分子名称: Orc3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High5

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分子 #5: Orc2

分子名称: Orc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High5

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分子 #6: Orc1

分子名称: Orc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High5

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.0116 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 50mM Tris-HCL pH 7.8, 300mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM ATPgS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were floated on 4 drops of 2% uranyl formate for 10 seconds each
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with continuous carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
温度平均: 297 K
日付2011年10月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 30

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画像解析

詳細Particles were selected using the automated particle selection software DoG Picker. 3D reconstructions were performed with SPIDER.
CTF補正詳細: each micrograph for untilted, each particle for tilted
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Particles were automatically selected with DoG Picker. The contrast transfer function was estimated with CTFFIND/CTFTILT and phases flipped with SPIDER. Projection-matching refinement was ...詳細: Particles were automatically selected with DoG Picker. The contrast transfer function was estimated with CTFFIND/CTFTILT and phases flipped with SPIDER. Projection-matching refinement was performed with SPIDER using a previously determined 3D reconstruction of Drosophila ORC as a starting model.
使用した粒子像数: 70000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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