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- PDB-3wyf: Crystal structure of Xpo1p-Yrb2p-Gsp1p-GTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wyf
タイトルCrystal structure of Xpo1p-Yrb2p-Gsp1p-GTP complex
要素
  • Exportin-1
  • Gsp1p
  • Ran-specific GTPase-activating protein 2
キーワードGTP-BINDING PROTEIN/GTP-BINDING PROTEIN INHIBITOR / HEAT REPEAT / NUCLEAR EXPORT / GTP-BINDING PROTEIN-GTP-BINDING PROTEIN INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA re-export from nucleus / : / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / NLS-bearing protein import into nucleus / spindle pole body ...tRNA re-export from nucleus / : / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / NLS-bearing protein import into nucleus / spindle pole body / U4 snRNA binding / nuclear export / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MAPK6/MAPK4 signaling / U5 snRNA binding / ribosomal large subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / U1 snRNA binding / mRNA export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / GTPase activator activity / protein export from nucleus / kinetochore / small GTPase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae AWRI796 (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Koyama, M. / Shirai, N. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Structural insights into how yrb2p accelerates the assembly of the xpo1p nuclear export complex
著者: Koyama, M. / Shirai, N. / Matsuura, Y.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gsp1p
B: Ran-specific GTPase-activating protein 2
C: Exportin-1
D: Gsp1p
E: Ran-specific GTPase-activating protein 2
F: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,01710
ポリマ－342,9226
非ポリマー1,0954
水15,997888
1
A: Gsp1p
B: Ran-specific GTPase-activating protein 2
C: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,0095
ポリマ－171,4613
非ポリマー5472
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11390 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area57630 Å2
手法PISA
2
D: Gsp1p
E: Ran-specific GTPase-activating protein 2
F: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,0095
ポリマ－171,4613
非ポリマー5472
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area55310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.490, 155.950, 149.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Gsp1p


分子量: 24825.357 Da / 分子数: 2 / 変異: Q71L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae AWRI796 (パン酵母)
株: AWRI796 / 遺伝子: AWRI796_3356 / プラスミド: PGEX-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E7KFU1
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 2 / Ran-binding protein 2 / RANBP2


分子量: 26237.648 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 90-327 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AWRI796_2363, YIL063C, YRB2 / プラスミド: PET30A-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P40517
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 120398.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 遺伝子: CRM1, G8514, KAP124, XPO1, YGR218W / プラスミド: PET30A-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

-
非ポリマー , 3種, 892分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.1M CITRATE, 17% PEG6000, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.776
11H, -K, -H-L20.224
反射解像度: 2.22→33.69 Å / Num. obs: 187333 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 %
反射 シェル解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 2.6 % / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M1I

3m1i


解像度: 2.22→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.407 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 9474 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 177820 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.4 Å20 Å213.46 Å2
2--0.99 Å20 Å2
3----13.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21466 0 66 888 22420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01921940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.96129737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64252681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.35225.036985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.184153890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3771587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.23460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02116180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 637 -
Rwork0.235 11706 -
obs--87.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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