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- EMDB-24456: Mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, inhibitor free, -Lpqe cyt c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24456
タイトルMycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, inhibitor free, -Lpqe cyt cc open
マップデータMycobacterium CIII2CIV2 supercomplex, inhibitor free, -Lpqe cyt. cc open.
試料
  • 複合体: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 11種
キーワードElectron transport chain / CIII2CIV2 supercomplex / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III ...Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Uncharacterized protein / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / cytochrome-c oxidase / LpqE protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) / Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Di Trani JM / Yanofsky DJ
資金援助 カナダ, スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)JT162186 カナダ
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0043 スウェーデン
Swedish Research Council2018-04619 スウェーデン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure of mycobacterial CIIICIV respiratory supercomplex bound to the tuberculosis drug candidate telacebec (Q203).
著者: David J Yanofsky / Justin M Di Trani / Sylwia Król / Rana Abdelaziz / Stephanie A Bueler / Peter Imming / Peter Brzezinski / John L Rubinstein /
要旨: The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the ...The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the mycobacterial respiratory supercomplex composed of complexes III and IV (CIIICIV). In mycobacterial electron transport chains, CIIICIV replaces canonical CIII and CIV, transferring electrons from the intermediate carrier menaquinol to the final acceptor, molecular oxygen, while simultaneously transferring protons across the inner membrane to power ATP synthesis. We show that telacebec inhibits the menaquinol:oxygen oxidoreductase activity of purified CIIICIV at concentrations similar to those needed to inhibit electron transfer in mycobacterial membranes and growth in culture. We then used electron cryomicroscopy (cryoEM) to determine structures of CIIICIV both in the presence and absence of telacebec. The structures suggest that telacebec prevents menaquinol oxidation by blocking two different menaquinol binding modes to prevent CIIICIV activity.
履歴
登録2021年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月4日-
マップ公開2021年8月4日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-7rh6
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24456.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24456.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacterium CIII2CIV2 supercomplex, inhibitor free, -Lpqe cyt. cc open.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 330 pix.
= 339.9 Å		1.03 Å/pix.
x 330 pix.
= 339.9 Å		1.03 Å/pix.
x 330 pix.
= 339.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.634 / ムービー #1: 0.634
最小 - 最大-1.9653646 - 3.3004868
平均 (標準偏差)0.009189667 (±0.099729344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 339.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.900339.900339.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-1.9653.3000.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis

全体名称: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis
要素
  • 複合体: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome aa3 subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
    • タンパク質・ペプチド: LpqE protein
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome aa3 subunit 3
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
  • タンパク質・ペプチド: Putative conserved transmembrane protein
  • タンパク質・ペプチド: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

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超分子 #1: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis

超分子名称: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #8-#12
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 23.18399 KDa
配列文字列: QSALLRTGKQ LFETSCVSCH GANLQGVPDR GPSLIGTGEA AVYFQVSTGR MPAMRGEAQA PSKPPHFDES QIDALGAYVQ ANGGGPTVP RDDHGAVAQE SLIGGDVARG GDLFRLNCAS CHNFTGKGGA LSSGKYAPDL GDANPAQIYT AMLTGPQNMP K FSDRQLTP ...文字列:
QSALLRTGKQ LFETSCVSCH GANLQGVPDR GPSLIGTGEA AVYFQVSTGR MPAMRGEAQA PSKPPHFDES QIDALGAYVQ ANGGGPTVP RDDHGAVAQE SLIGGDVARG GDLFRLNCAS CHNFTGKGGA LSSGKYAPDL GDANPAQIYT AMLTGPQNMP K FSDRQLTP DEKRDIVAYV RESAETPSYG GYGLGGFGPA PEGMAMWIIG MVAAIGVAMW IGSRA

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 61.733234 KDa
配列文字列: ELEARRPFPE RMGPKGNLIY KLITTTDHKL IGIMYCVVCF AFFLVGGLMA LFMRTELAMP GLQFLSNEQF NQLFTMHGTV MLLFYATPI VFGFANLVLP LQIGAPDVAF PRLNALSFWL FLFGALIAIA GFITPGGAAD FGWTAYSPLT DAIHSPGAGG D LWIMGLAV ...文字列:
ELEARRPFPE RMGPKGNLIY KLITTTDHKL IGIMYCVVCF AFFLVGGLMA LFMRTELAMP GLQFLSNEQF NQLFTMHGTV MLLFYATPI VFGFANLVLP LQIGAPDVAF PRLNALSFWL FLFGALIAIA GFITPGGAAD FGWTAYSPLT DAIHSPGAGG D LWIMGLAV GGLGTILGGV NMITTVVCMR APGMTMFRMP IFTWNILVTS ILVLIAFPIL TAALFGLAAD RHLGAHIYDP AN GGVLLWQ HLFWFFGHPE VYIIALPFFG IVSEIFPVFS RKPIFGYTTL IYATLAIAAL SVAVWAHHMY ATGAVLLPFF SFM TFLIAV PTGIKFFNWI GTMWKGQLTF ETPMLFSVGF LITFLLGGLS GVLLASPPLD FHVTDSYFVI AHFHYVLFGT IVFA TYAGI YFWFPKMTGR LLDERLGKLH FWLTFIGFHT TFLVQHWLGD EGMPRRYADY LPTDGFTTLN VISTVGAFIL GVSML PFVW NVFKSWRYGE PVTVDDPWGY GNSLEWATSC PPPRHNFTEL PRIRSERPAF ELHYPHMVER MRAEAHVG

+
分子 #3: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 42.210484 KDa
配列文字列: GQPTDAELAE MSREELVKLG GKIDGVETIF KEPRWPVPGT KAEKRTERLV AYWLMLGGLS GLALLLVFLF WPWEYQPFGS EGEFLYSLA TPLYGLTFGL SILSIGIGAV LFQKKFIPEE ISVQDRHDGR SPEVHRKTVA ANLTDALEGS TLKRRKVIGL S LGIGLGAF ...文字列:
GQPTDAELAE MSREELVKLG GKIDGVETIF KEPRWPVPGT KAEKRTERLV AYWLMLGGLS GLALLLVFLF WPWEYQPFGS EGEFLYSLA TPLYGLTFGL SILSIGIGAV LFQKKFIPEE ISVQDRHDGR SPEVHRKTVA ANLTDALEGS TLKRRKVIGL S LGIGLGAF GAGTLVAFIG GLIKNPWKPV VPTAEGKKAV LWTSGWTPRF KGETIYLARA TGRPGESPFV KMRPEDIDAG GM ETVFPWR ESDGDGTTVE SEHKLTEIAM GVRNPVMLIR IKPADMHRVI KRKGQESFNF GELFAYTKVC SHLGCPSSLY EQQ TYRILC PCHQSQFDAL EFAKPIFGPA ARALAQLPIT IDEDGYLVAN GDFVEPVGPA FWERKS

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

+
分子 #4: Cytochrome aa3 subunit 3

分子名称: Cytochrome aa3 subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 22.196883 KDa
配列文字列: MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS ...文字列:
MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS KFTPAQATAA IVVSYYWHFV DIVWIALFAT IYFVR

UniProtKB: Probable cytochrome c oxidase subunit 3

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分子 #5: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 59.110758 KDa
配列文字列: DFAKLAAAQG DAIDSRYHPS AAVRRQLNKV FPTHWSFLLG EIALYSFIIL LLTGVWLTLF FDPSMAHVTY DGVYQPLRGV QMSRAYETA LDISFEVRGG LFVRQVHHWA ALMFAASIMV HLARIFFTGA FRRPREANWV IGSLLLILAM FEGFFGYSLP D DLLSGTGI ...文字列:
DFAKLAAAQG DAIDSRYHPS AAVRRQLNKV FPTHWSFLLG EIALYSFIIL LLTGVWLTLF FDPSMAHVTY DGVYQPLRGV QMSRAYETA LDISFEVRGG LFVRQVHHWA ALMFAASIMV HLARIFFTGA FRRPREANWV IGSLLLILAM FEGFFGYSLP D DLLSGTGI RAALSGITMG IPVIGTWMHW ALFGGDFPGE ILIPRLYALH ILLIPGIILA LIGAHLALVW FQKHTQFPGP GR TETNVVG VRVMPVFAVK SGAFFAMITG VLGLMGGLLT INPIWNLGPY KPSQVSAGSQ PDFYMMWTDG LIRLWPAWEF YPF GHTIPQ GVWVAVGMGL VFALLIAYPF IEKKVTGDDA HHNLLQRPRD VPVRTAIGSM AIALYLLLTF ACMNDIIALK FHIS LNATT WIGRIGMVVL PAIVYFVAYR WAISLQRSDR EVLEHGVETG IIKRLPHGAY VELHQPLGPV DEHGHPIPLE YAGAP LPKR MNKLGSGGAP GTGSFLFPDP AVEHEALTEA AHASEHKSLT ALKEHQDRIH G

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

+
分子 #6: Putative conserved transmembrane protein

分子名称: Putative conserved transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 11.329909 KDa
配列文字列:
MSSTQDRSQL DPEEQPVANT EVERHTGVDV EDVPSAEWGW SHMPIGVMHI GGLLSAAFLL VMMRGNHVGH VEDWFLIGFA AVIVALVGR NWWLRRRGWI R

+
分子 #7: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

分子名称: Superoxide dismutase [Cu-Zn] / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: superoxide dismutase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 21.221863 KDa
配列文字列: CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFADG FATVTIETTT PGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ VRADGSGKLV TTTDAFTAED L LDGAKTAI ...文字列:
CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFADG FATVTIETTT PGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ VRADGSGKLV TTTDAFTAED L LDGAKTAI IIHEKADNFA NIPPERYQQV NGAPGPDQTT MATGDAGSRV ACGVISAG

UniProtKB: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

+
分子 #8: Cytochrome aa3 subunit 2

分子名称: Cytochrome aa3 subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 35.201008 KDa
配列文字列: WSDALALGWP TGITPEAKLN RELWIGSVIA SFAVGAIVWG LIFWTSAFHR KKATDTELPR QFGYNMPLEL TLTVIPFLII SVLFYFTVV VQERMMHKDP NPEVVIDVTA FQWNWKFGYQ KIAFADGSFD YDGADPERKE AMTSRPEGKD EHGIEKVGPI R GMTPEDRT ...文字列:
WSDALALGWP TGITPEAKLN RELWIGSVIA SFAVGAIVWG LIFWTSAFHR KKATDTELPR QFGYNMPLEL TLTVIPFLII SVLFYFTVV VQERMMHKDP NPEVVIDVTA FQWNWKFGYQ KIAFADGSFD YDGADPERKE AMTSRPEGKD EHGIEKVGPI R GMTPEDRT YLNFDKIETL GTSSEIPVLV LPAGKRIEFV LNSADVIHGF WVPEFLFKRD VLPEPKANNS DNVFQVSEIQ QT GAFVGRC TEMCGTFHAM MNFEVRVVEP NDFKAYIDQR NAGKTNAEAL AAINQPPLAI TTEPFESRRG ELVPQ

UniProtKB: cytochrome-c oxidase

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 15.177424 KDa
配列文字列:
MHIEARLFEI LTAFFALAAV VYAVLTAMFA TGGVEWAGTT ALVLTTGLTL ITGTFFRFVA RRLDTRPEDY EDAEISDGAG ELGFFAPHS WWPILISLSF STAAVGAALW LPWLIAAGVA FVITSVCGLV FEYYWGPEKH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 8.365549 KDa
配列文字列:
MSTALTHGLI GGVPLVLFAV LALIFLTRKG PHPDTYKMSD PWTHAPILWA AEEPREHGHG GHGHDSHGVV IGGGASGKW

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

分子名称: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 14.808747 KDa
配列文字列:
ELDLPYGSAL TSSGRISAVT EPGELSVHYP FPTMDLVVLD DALKYGSRAA KARFAVYIGP LGADTAATAR EILANVPTPE NAVLLAVSP DQRAIEVVYG ADVKGRGIES AAPLGVSAAA ASFKEGNLID GLISAVRVMS AGVSPA

UniProtKB: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

+
分子 #12: LpqE protein

分子名称: LpqE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 16.412873 KDa
配列文字列:
CSAGQISQTT TQEPAVNGVN AQAGQVSLRN VHLRAPQQTD YVEPGTTVEL LFVAANDSTE GSNKLKSITS DVGEVTLTGD STVPADGVL IVGEPDGQIQ AVENAEAADA VTAEVELTKP ITNGLLYDFT FTFEDGETTV AVPISAGEQP RRPVPPAGPG

UniProtKB: LpqE protein

+
分子 #13: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #14: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3...

分子名称: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 5 / 式: 9YF
分子量理論値: 853.112 Da
Chemical component information

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

+
分子 #15: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 8 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #16: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #17: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

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分子 #18: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 16 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #19: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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分子 #20: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)...

分子名称: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 5 / 式: 9Y0
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-9Y0:
(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate

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分子 #21: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #22: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #23: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

分子名称: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 3 / 式: 9XX
分子量理論値: 594.992 Da
Chemical component information

ChemComp-9XX:
(2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 43.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150885
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7rh6:
Mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, inhibitor free, -Lpqe cyt cc open

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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