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- EMDB-23922: Cryo-EM structure of the c-MET II/HGF I complex bound with HGF II... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23922
タイトルCryo-EM structure of the c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation
マップデータCryo-EM map of the c-MET II/HGF I complex bound with a HGF II in rigid conformation
試料
  • 複合体: The c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte growth factor
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte growth factor receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / endothelial cell morphogenesis / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chemoattractant activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6 production / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / epithelial to mesenchymal transition / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / phagocytosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / liver development / basal plasma membrane / cell chemotaxis / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / excitatory postsynaptic potential / epithelial cell proliferation / platelet alpha granule lumen / molecular function activator activity / growth factor activity / cell morphogenesis / receptor protein-tyrosine kinase / Negative regulation of MET activity / neuron differentiation / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / Platelet degranulation / mitotic cell cycle / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphatase binding / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / : / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain ...Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / : / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor receptor / Hepatocyte growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Uchikawa E / Chen ZM / Xiao GY / Zhang XW / Bai XC
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the activation of c-MET receptor.
著者: Emiko Uchikawa / Zhiming Chen / Guan-Yu Xiao / Xuewu Zhang / Xiao-Chen Bai /
要旨: The c-MET receptor is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in normal cell development and motility. Aberrant activation of c-MET can lead to both tumors growth and metastatic ...The c-MET receptor is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in normal cell development and motility. Aberrant activation of c-MET can lead to both tumors growth and metastatic progression of cancer cells. C-MET can be activated by either hepatocyte growth factor (HGF), or its natural isoform NK1. Here, we report the cryo-EM structures of c-MET/HGF and c-MET/NK1 complexes in the active state. The c-MET/HGF complex structure reveals that, by utilizing two distinct interfaces, one HGF molecule is sufficient to induce a specific dimerization mode of c-MET for receptor activation. The binding of heparin as well as a second HGF to the 2:1 c-MET:HGF complex further stabilize this active conformation. Distinct to HGF, NK1 forms a stable dimer, and bridges two c-METs in a symmetrical manner for activation. Collectively, our studies provide structural insights into the activation mechanisms of c-MET, and reveal how two isoforms of the same ligand use dramatically different mechanisms to activate the receptor.
履歴
登録2021年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7moa
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7moa
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23922.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23922.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the c-MET II/HGF I complex bound with a HGF II in rigid conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 270 pix.
= 291.6 Å		1.08 Å/pix.
x 270 pix.
= 291.6 Å		1.08 Å/pix.
x 270 pix.
= 291.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.01883766 - 0.0406026
平均 (標準偏差)0.00017436432 (±0.001932047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 291.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z270270270
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z291.600291.600291.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS270270270
D min/max/mean-0.0190.0410.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation

全体名称: The c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation
要素
  • 複合体: The c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte growth factor
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte growth factor receptor

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超分子 #1: The c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation

超分子名称: The c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hepatocyte growth factor

分子名称: Hepatocyte growth factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.249828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWVTKLLPAL LLQHVLLHLL LLPIAIPYAE GQRKRRNTIH EFKKSAKTTL IKIDPALKIK TKKVNTADQC ANRCTRNKGL PFTCKAFVF DKARKQCLWF PFNSMSSGVK KEFGHEFDLY ENKDYIRNCI IGKGRSYKGT VSITKSGIKC QPWSSMIPHE H SFLPSSYR ...文字列:
MWVTKLLPAL LLQHVLLHLL LLPIAIPYAE GQRKRRNTIH EFKKSAKTTL IKIDPALKIK TKKVNTADQC ANRCTRNKGL PFTCKAFVF DKARKQCLWF PFNSMSSGVK KEFGHEFDLY ENKDYIRNCI IGKGRSYKGT VSITKSGIKC QPWSSMIPHE H SFLPSSYR GKDLQENYCR NPRGEEGGPW CFTSNPEVRY EVCDIPQCSE VECMTCNGES YRGLMDHTES GKICQRWDHQ TP HRHKFLP ERYPDKGFDD NYCRNPDGQP RPWCYTLDPH TRWEYCAIKT CADNTMNDTD VPLETTECIQ GQGEGYRGTV NTI WNGIPC QRWDSQYPHE HDMTPENFKC KDLRENYCRN PDGSESPWCF TTDPNIRVGY CSQIPNCDMS HGQDCYRGNG KNYM GNLSQ TRSGLTCSMW DKNMEDLHRH IFWEPDASKL NENYCRNPDD DAHGPWCYTG NPLIPWDYCP ISRCEGDTTP TIVNL DHPV ISCAKTKQLR VVNGIPTRTN IGWMVSLRYR NKHICGGSLI KESWVLTARQ CFPSRDLKDY EAWLGIHDVH GRGDEK CKQ VLNVSQLVYG PEGSDLVLMK LARPAVLDDF VSTIDLPNYG CTIPEKTSCS VYGWGYTGLI NYDGLLRVAH LYIMGNE KC SQHHRGKVTL NESEICAGAE KIGSGPCEGD YGGPLVCEQH KMRMVLGVIV PGRGCAIPNR PGIFVRVAYY AKWIHKII L TYKVPQS

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分子 #2: Hepatocyte growth factor receptor

分子名称: Hepatocyte growth factor receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 155.720625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKAPAVLAPG ILVLLFTLVQ RSNGECKEAL AKSEMNVNMK YQLPNFTAET PIQNVILHEH HIFLGATNYI YVLNEEDLQK VAEYKTGPV LEHPDCFPCQ DCSSKANLSG GVWKDNINMA LVVDTYYDDQ LISCGSVNRG TCQRHVFPHN HTADIQSEVH C IFSPQIEE ...文字列:
MKAPAVLAPG ILVLLFTLVQ RSNGECKEAL AKSEMNVNMK YQLPNFTAET PIQNVILHEH HIFLGATNYI YVLNEEDLQK VAEYKTGPV LEHPDCFPCQ DCSSKANLSG GVWKDNINMA LVVDTYYDDQ LISCGSVNRG TCQRHVFPHN HTADIQSEVH C IFSPQIEE PSQCPDCVVS ALGAKVLSSV KDRFINFFVG NTINSSYFPD HPLHSISVRR LKETKDGFMF LTDQSYIDVL PE FRDSYPI KYVHAFESNN FIYFLTVQRE TLDAQTFHTR IIRFCSINSG LHSYMEMPLE CILTEKRKKR STKKEVFNIL QAA YVSKPG AQLARQIGAS LNDDILFGVF AQSKPDSAEP MDRSAMCAFP IKYVNDFFNK IVNKNNVRCL QHFYGPNHEH CFNR TLLRN SSGCEARRDE YRTEFTTALQ RVDLFMGQFS EVLLTSISTF IKGDLTIANL GTSEGRFMQV VVSRSGPSTP HVNFL LDSH PVSPEVIVEH TLNQNGYTLV ITGKKITKIP LNGLGCRHFQ SCSQCLSAPP FVQCGWCHDK CVRSEECLSG TWTQQI CLP AIYKVFPNSA PLEGGTRLTI CGWDFGFRRN NKFDLKKTRV LLGNESCTLT LSESTMNTLK CTVGPAMNKH FNMSIII SN GHGTTQYSTF SYVDPVITSI SPKYGPMAGG TLLTLTGNYL NSGNSRHISI GGKTCTLKSV SNSILECYTP AQTISTEF A VKLKIDLANR ETSIFSYRED PIVYEIHPTK SFISGGSTIT GVGKNLNSVS VPRMVINVHE AGRNFTVACQ HRSNSEIIC CTTPSLQQLN LQLPLKTKAF FMLDGILSKY FDLIYVHNPV FKPFEKPVMI SMGNENVLEI KGNDIDPEAV KGEVLKVGNK SCENIHLHS EAVLCTVPND LLKLNSELNI EWKQAISSTV LGKVIVQPDQ NFTGLIAGVV SISTALLLLL GFFLWLKKRK Q IKDLGSEL VRYDARVHTP HLDRLVSARS VSPTTEMVSN ESVDYRATFP EDQFPNSSQN GSCRQVQYPL TDMSPILTSG DS DISSPLL QNTVHIDLSA LNPELVQAVQ HVVIGPSSLI VHFNEVIGRG HFGCVYHGTL LDNDGKKIHC AVKSLNRITD IGE VSQFLT EGIIMKDFSH PNVLSLLGIC LRSEGSPLVV LPYMKHGDLR NFIRNETHNP TVKDLIGFGL QVAKGMKYLA SKKF VHRDL AARNCMLDEK FTVKVADFGL ARDMYDKEYY SVHNKTGAKL PVKWMALESL QTQKFTTKSD VWSFGVLLWE LMTRG APPY PDVNTFDITV YLLQGRRLLQ PEYCPDPLYE VMLKCWHPKA EMRPSFSELV SRISAIFSTF IGEHYVHVNA TYVNVK CVA PYPSLLSSED NADDEVDTRP ASFWETS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 12513
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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