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- EMDB-2383: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-ra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2383
タイトルThe structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes; class E
マップデータAcetylcholine receptor with three pairs of rapsyns bound
試料
  • 試料: Postsynaptic membrane isolated from Torpedo marmorata electric organ
  • タンパク質・ペプチド: nicotinic acetylcholine receptor
  • タンパク質・ペプチド: Rapsyn
キーワードneurotransmitter receptor / clustering / synapse / neuromuscular junction / nicotinic / acetylcholine receptor / rapsyn / 43K / electric organ
機能・相同性
機能・相同性情報


protein binding / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine receptor binding / acetylcholine receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / cell junction / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cytoskeleton ...protein binding / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine receptor binding / acetylcholine receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / cell junction / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cytoskeleton / neuron projection / synapse / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
43kDa postsynaptic protein / Tetratricopeptide repeat 1 / 43kDa postsynaptic, conserved site / Rapsyn, myristoylation/linker region, N-terminal / : / Nicotinic acetylcholine receptor / Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain ...43kDa postsynaptic protein / Tetratricopeptide repeat 1 / 43kDa postsynaptic, conserved site / Rapsyn, myristoylation/linker region, N-terminal / : / Nicotinic acetylcholine receptor / Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Tetratricopeptide repeat / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Acetylcholine receptor subunit delta / Acetylcholine receptor gamma subunit / Acetylcholine receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo marmorata (エイ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 42.0 Å
データ登録者Zuber B / Unwin N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Structure and superorganization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes.
著者: Benoît Zuber / Nigel Unwin /
要旨: The scaffolding protein at the neuromuscular junction, rapsyn, enables clustering of nicotinic acetylcholine receptors in high concentration and is critical for muscle function. Patients with ...The scaffolding protein at the neuromuscular junction, rapsyn, enables clustering of nicotinic acetylcholine receptors in high concentration and is critical for muscle function. Patients with insufficient receptor clustering suffer from muscle weakness. However, the detailed organization of the receptor-rapsyn network is poorly understood: it is unclear whether rapsyn first forms a wide meshwork to which receptors can subsequently dock or whether it only forms short bridges linking receptors together to make a large cluster. Furthermore, the number of rapsyn-binding sites per receptor (a heteropentamer) has been controversial. Here, we show by cryoelectron tomography and subtomogram averaging of Torpedo postsynaptic membrane that receptors are connected by up to three rapsyn bridges, the minimum number required to form a 2D network. Half of the receptors belong to rapsyn-connected groups comprising between two and fourteen receptors. Our results provide a structural basis for explaining the stability and low diffusion of receptors within clusters.
履歴
登録2013年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月29日-
マップ公開2013年6月26日-
更新2013年7月3日-
現状2013年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4bot
  • 表面レベル: 0.244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2383.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Acetylcholine receptor with three pairs of rapsyns bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.48 Å/pix.
x 60 pix.
= 448.8 Å		7.48 Å/pix.
x 60 pix.
= 448.8 Å		7.48 Å/pix.
x 60 pix.
= 448.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.244 / ムービー #1: 0.244
最小 - 最大-0.77767318 - 1.15812612
平均 (標準偏差)0.0 (±0.06777675)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 448.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.487.487.48
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z448.800448.800448.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-0.7781.1580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Postsynaptic membrane isolated from Torpedo marmorata electric organ

全体名称: Postsynaptic membrane isolated from Torpedo marmorata electric organ
要素
  • 試料: Postsynaptic membrane isolated from Torpedo marmorata electric organ
  • タンパク質・ペプチド: nicotinic acetylcholine receptor
  • タンパク質・ペプチド: Rapsyn

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超分子 #1000: Postsynaptic membrane isolated from Torpedo marmorata electric organ

超分子名称: Postsynaptic membrane isolated from Torpedo marmorata electric organ
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: class average
集合状態: acetylcholine receptors bound to two pairs of rapsyns
Number unique components: 2
分子量理論値: 566 KDa

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分子 #1: nicotinic acetylcholine receptor

分子名称: nicotinic acetylcholine receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: AChR / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Torpedo marmorata (エイ) / 別称: Marble electric ray / 組織: Electric organ / 細胞: Electrocyte / 細胞中の位置: Postsynaptic plasma membrane
分子量実験値: 290 KDa / 理論値: 280 KDa
配列InterPro: Nicotinic acetylcholine receptor

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分子 #2: Rapsyn

分子名称: Rapsyn / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
Name.synonym: 43 kDa receptor-associated protein of the synapse
詳細: the number of copies is suggested by the volume of the rapsyn densities
コピー数: 6 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Torpedo marmorata (エイ) / 別称: Marble electric ray / 組織: Electric organ / 細胞: Electrocyte / 細胞中の位置: Postsynaptic plasma membrane
分子量実験値: 43 KDa / 理論値: 46 KDa
配列GO: chemical synaptic transmission, protein binding, zinc ion binding, acetylcholine receptor binding, cytoskeleton, cell junction, synapse, postsynaptic membrane
InterPro: 43kDa postsynaptic protein, Rapsyn, myristoylation/linker region, N-terminal, Tetratricopeptide-like helical domain superfamily, INTERPRO: IPR013026, Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type, Zinc ...InterPro: 43kDa postsynaptic protein, Rapsyn, myristoylation/linker region, N-terminal, Tetratricopeptide-like helical domain superfamily, INTERPRO: IPR013026, Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type, Zinc finger, RING-type, Tetratricopeptide repeat, Tetratricopeptide repeat 1, 43kDa postsynaptic, conserved site

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 400 mM NaCl, 20 mM phosphate buffer, leupeptin 0.3 mg/l, pepstatin 1 mg/l
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with lacy carbon support, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 78 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: blot from the carbon side

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 95 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 69,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細dual tilt axis tomography
日付2008年7月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 142 / 平均電子線量: 50 e/Å2 / 詳細: dual axis tilt series / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80213 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 69000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PRIISM/IVE / 使用したサブトモグラム数: 3564
最終 3次元分類クラス数: 5

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画像解析 #2

Image processing ID2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 42.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP, ML, TOMO / 使用したサブトモグラム数: 3564
最終 3次元分類クラス数: 5

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2bg9


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4bot:
The structure and super-organization of acetylcholine receptor- rapsyn complexes class E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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