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万見
- EMDB-23629: Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23629
タイトルCryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2
マップデータFocused refinement map, calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
試料
  • 複合体: The ectodomain of the HCMV pentamer bound by domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2
    • 複合体: The ectodomain of the HCMV pentamer
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein UL128
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein UL130
      • タンパク質・ペプチド: UL131A
    • 複合体: Domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2
      • タンパク質・ペプチド: Neuropilin-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus ...vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / NrCAM interactions / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / vascular endothelial growth factor receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / nerve development / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / regulation of postsynapse organization / negative chemotaxis / cytokine binding / growth factor binding / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / cellular response to leukemia inhibitory factor / axon guidance / heparin binding / signaling receptor activity / angiogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / viral envelope / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. ...Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein UL130 / UL128 / Neuropilin-2 / UL131A
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Wrapp D / McLellan JS
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer recognition by neuropilin 2 and neutralizing antibodies.
著者: Daniel Wrapp / Xiaohua Ye / Zhiqiang Ku / Hang Su / Harrison G Jones / Nianshuang Wang / Akaash K Mishra / Daniel C Freed / Fengsheng Li / Aimin Tang / Leike Li / Dabbu Kumar Jaijyan / Hua ...著者: Daniel Wrapp / Xiaohua Ye / Zhiqiang Ku / Hang Su / Harrison G Jones / Nianshuang Wang / Akaash K Mishra / Daniel C Freed / Fengsheng Li / Aimin Tang / Leike Li / Dabbu Kumar Jaijyan / Hua Zhu / Dai Wang / Tong-Ming Fu / Ningyan Zhang / Zhiqiang An / Jason S McLellan /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) encodes multiple surface glycoprotein complexes to infect a variety of cell types. The HCMV Pentamer, composed of gH, gL, UL128, UL130, and UL131A, enhances entry into ...Human cytomegalovirus (HCMV) encodes multiple surface glycoprotein complexes to infect a variety of cell types. The HCMV Pentamer, composed of gH, gL, UL128, UL130, and UL131A, enhances entry into epithelial, endothelial, and myeloid cells by interacting with the cell surface receptor neuropilin 2 (NRP2). Despite the critical nature of this interaction, the molecular determinants that govern NRP2 recognition remain unclear. Here, we describe the cryo-EM structure of NRP2 bound to Pentamer. The high-affinity interaction between these proteins is calcium dependent and differs from the canonical carboxyl-terminal arginine (CendR) binding that NRP2 typically uses. We also determine the structures of four neutralizing human antibodies bound to the HCMV Pentamer to define susceptible epitopes. Two of these antibodies compete with NRP2 binding, but the two most potent antibodies recognize a previously unidentified epitope that does not overlap the NRP2-binding site. Collectively, these findings provide a structural basis for HCMV tropism and antibody-mediated neutralization.
履歴
登録2021年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2022年3月23日-
現状2022年3月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7m22
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7m22
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7m22
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement map, calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 412.032 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 412.032 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 412.032 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17 / ムービー #1: 0.17
最小 - 最大-0.0433535 - 2.5595467
平均 (標準偏差)9.640274e-05 (±0.011446471)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 412.03198 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z412.032412.032412.032
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0432.5600.000

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添付データ

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追加マップ: Full map that was subsequently subjected to focused...

ファイルemd_23629_additional_1.map
注釈Full map that was subsequently subjected to focused refinement. Calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B for focused refinement.

ファイルemd_23629_half_map_1.map
注釈Half-map B for focused refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A for focused refinement.

ファイルemd_23629_half_map_2.map
注釈Half-map A for focused refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The ectodomain of the HCMV pentamer bound by domains a1a2b1b2 of ...

全体名称: The ectodomain of the HCMV pentamer bound by domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2
要素
  • 複合体: The ectodomain of the HCMV pentamer bound by domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2
    • 複合体: The ectodomain of the HCMV pentamer
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein UL128
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein UL130
      • タンパク質・ペプチド: UL131A
    • 複合体: Domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2
      • タンパク質・ペプチド: Neuropilin-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: The ectodomain of the HCMV pentamer bound by domains a1a2b1b2 of ...

超分子名称: The ectodomain of the HCMV pentamer bound by domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: The primary map is the result of a focused refinement that encompasses the HCMV UL proteins (UL128, UL130, UL131) and NRP2 domains a2b1b2. The included additional map is the non-focused ...詳細: The primary map is the result of a focused refinement that encompasses the HCMV UL proteins (UL128, UL130, UL131) and NRP2 domains a2b1b2. The included additional map is the non-focused refinement in which the entire HCMV pentamer ectodomain and the entirety of NRP2 a1a2b1b2 can be observed.
分子量実験値: 230 KDa

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超分子 #2: The ectodomain of the HCMV pentamer

超分子名称: The ectodomain of the HCMV pentamer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2

超分子名称: Domains a1a2b1b2 of human neuropilin 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope protein UL128

分子名称: Envelope protein UL128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 16.684299 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EECCEFINVN HPPERCYDFK MCNRFTVALR CPDGEVCYSP EKTAEIRGIV TTMTHSLTRQ VVHNKLTSCN YNPLYLEADG RIRCGKVND KAQYLLGAAG SVPYRWINLE YDKITRIVGL DQYLESVKKH KRLDVCRAKM GYMLQ

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分子 #2: Envelope glycoprotein UL130

分子名称: Envelope glycoprotein UL130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 21.761678 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SPWSTLTANQ NPSPPWSKLT YSKPHDAATF YCPFLYPSPP RSPLQFSGFQ QVSTGPECRN ETLYLLYNRE GQTLVERSST WVKKVIWYL SGRNQTILQR MPQTASKPSD GNVQISVEDA KIFGAHMVPK QTKLLRFVVN DGTRYQMCVM KLESWAHVFR D YSVSFQVR ...文字列:
SPWSTLTANQ NPSPPWSKLT YSKPHDAATF YCPFLYPSPP RSPLQFSGFQ QVSTGPECRN ETLYLLYNRE GQTLVERSST WVKKVIWYL SGRNQTILQR MPQTASKPSD GNVQISVEDA KIFGAHMVPK QTKLLRFVVN DGTRYQMCVM KLESWAHVFR D YSVSFQVR LTFTEANNQT YTFCTHPNLI V

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分子 #3: UL131A

分子名称: UL131A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 13.005457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QCQRETAEKN DYYRVPHYWD ACSRALPDQT RYKYVEQLVD LTLNYHYDAS HGLDNFDVLK RINVTEVSLL ISDFRRQNRR GGTNKRTTF NAAGSLAPHA RSLEFSVRLF AN

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分子 #4: Neuropilin-2

分子名称: Neuropilin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.430434 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QPDPPCGGRL NSKDAGYITS PGYPQDYPSH QNCEWIVYAP EPNQKIVLNF NPHFEIEKHD CKYDFIEIRD GDSESADLLG KHCGNIAPP TIISSGSMLY IKFTSDYARQ GAGFSLRYEI FKTGSEDCSK NFTSPNGTIE SPGFPEKYPH NLDCTFTILA K PKMEIILQ ...文字列:
QPDPPCGGRL NSKDAGYITS PGYPQDYPSH QNCEWIVYAP EPNQKIVLNF NPHFEIEKHD CKYDFIEIRD GDSESADLLG KHCGNIAPP TIISSGSMLY IKFTSDYARQ GAGFSLRYEI FKTGSEDCSK NFTSPNGTIE SPGFPEKYPH NLDCTFTILA K PKMEIILQ FLIFDLEHDP LQVGEGDCKY DWLDIWDGIP HVGPLIGKYC GTKTPSELRS STGILSLTFH TDMAVAKDGF SA RYYLVHQ EPLENFQCNV PLGMESGRIA NEQISASSTY SDGRWTPQQS RLHGDDNGWT PNLDSNKEYL QVDLRFLTML TAI ATQGAI SRETQNGYYV KSYKLEVSTN GEDWMVYRHG KNHKVFQANN DATEVVLNKL HAPLLTRFVR IRPQTWHSGI ALRL ELFGC RVTDAPCSNM LGMLSGLIAD SQISASSTQE YLWSPSAARL VSSRSGWFPR IPQAQPGEEW LQVDLGTPKT VKGVI IQGA RGGDSITAVE ARAFVRKFKV SYSLNGKDWE YIQDPRTQQP KLFEGNMHYD TPDIRRFDPI PAQYVRVYPE RWSPAG IGM RLEVLGCDWT GSLEVLFQ

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
2.0 mMC4H11NO3Tris
200.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMCaCl2calcium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
0.1 %(C6.2H10.3O1.35N0.65Na0.35)~72amphipol A8-35
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Grid was blotted with a force of -6 for 3 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Collected from a single grid at -30 degrees tilt
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 745025
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 203130
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

5vob

,

2qqk

)
得られたモデル

PDB-7m22:
Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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