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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23527 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | nuclear mRNA export / DEAD-box ATPase / mRNP remodeling / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoplasmic THO complex / cellular response to azide / THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation ...nucleoplasmic THO complex / cellular response to azide / THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / stress granule assembly / transcription elongation by RNA polymerase II / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / DNA recombination / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces bayanus (酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Xie Y / Ren Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the yeast TREX complex and coordination with the SR-like protein Gbp2. 著者: Yihu Xie / Bradley P Clarke / Yong Joon Kim / Austin L Ivey / Pate S Hill / Yi Shi / Yi Ren / 要旨: The evolutionarily conserved TRanscript-EXport (TREX) complex plays central roles during mRNP (messenger ribonucleoprotein) maturation and export from the nucleus to the cytoplasm. In yeast, TREX is ...The evolutionarily conserved TRanscript-EXport (TREX) complex plays central roles during mRNP (messenger ribonucleoprotein) maturation and export from the nucleus to the cytoplasm. In yeast, TREX is composed of the THO sub-complex (Tho2, Hpr1, Tex1, Mft1, and Thp2), the DEAD box ATPase Sub2, and Yra1. Here we present a 3.7 Å cryo-EM structure of the yeast THO•Sub2 complex. The structure reveals the intimate assembly of THO revolving around its largest subunit Tho2. THO stabilizes a semi-open conformation of the Sub2 ATPase via interactions with Tho2. We show that THO interacts with the serine-arginine (SR)-like protein Gbp2 through both the RS domain and RRM domains of Gbp2. Cross-linking mass spectrometry analysis supports the extensive interactions between THO and Gbp2, further revealing that RRM domains of Gbp2 are in close proximity to the C-terminal domain of Tho2. We propose that THO serves as a landing pad to configure Gbp2 to facilitate its loading onto mRNP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23527.map.gz | 325.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23527-v30.xml emd-23527.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23527.png | 48.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23527.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_23527_additional_1.map.gz | 326.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23527 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23527 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23527_validation.pdf.gz | 560.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23527_full_validation.pdf.gz | 560.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23527_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23527_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23527 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23527 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6811 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Assembly composed of four copies of the THO-Sub2 complex.
ファイル | emd_23527_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Assembly composed of four copies of the THO-Sub2 complex. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : THO-Sub2
+超分子 #1: THO-Sub2
+超分子 #2: Sub2
+超分子 #3: THO
+超分子 #4: Tex1
+分子 #1: THO complex subunit HPR1
+分子 #2: THO complex subunit THP2
+分子 #3: THO complex subunit 2
+分子 #4: THO complex subunit MFT1
+分子 #5: Tex1
+分子 #6: ATP-dependent RNA helicase SUB2
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30066 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 114.5 |
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得られたモデル | PDB-7luv: |